Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Camsap1-201ENSMUST00000091268 7978 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Sema4c-203ENSMUST00000191677 3779 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 E130218I03Rik-201ENSMUST00000122952 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Gm13546-201ENSMUST00000135735 401 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Gm11361-201ENSMUST00000223428 607 ntAPPRIS P1 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Fdx1-201ENSMUST00000034552 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Tmem205-201ENSMUST00000046831 785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Tpsb2-201ENSMUST00000069616 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Gm5874-201ENSMUST00000096101 508 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Rassf7-208ENSMUST00000209500 1560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Xpo6-201ENSMUST00000009344 4455 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Rexo4-202ENSMUST00000114020 2278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Ppt2-204ENSMUST00000168391 1342 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Gabbr1-202ENSMUST00000172789 1460 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Slc25a20-201ENSMUST00000035222 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Arap3-201ENSMUST00000042944 5224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Slc48a1-201ENSMUST00000117892 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Pdgfa-201ENSMUST00000046901 1543 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Lias-202ENSMUST00000122026 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Dok1-201ENSMUST00000089651 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Arhgef2-223ENSMUST00000176804 3086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Thap12-201ENSMUST00000033009 3723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Wscd1-202ENSMUST00000108510 2956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Crtc3-201ENSMUST00000122255 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Eml5-210ENSMUST00000223282 7595 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Pnma1-201ENSMUST00000061425 2359 ntAPPRIS P1 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Layn-201ENSMUST00000098782 1786 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Mef2d-204ENSMUST00000119251 3488 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Klhl42-201ENSMUST00000036003 6267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Zkscan3-201ENSMUST00000070785 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Gm37728-201ENSMUST00000195025 2292 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Gbp5-201ENSMUST00000090127 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Slc22a1-201ENSMUST00000024596 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Ddx20-201ENSMUST00000090680 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Slc25a39-201ENSMUST00000018821 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 BC037032-201ENSMUST00000140003 3974 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Plcb1-205ENSMUST00000131552 7202 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Tarsl2-201ENSMUST00000032728 3192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Elmo2-202ENSMUST00000074046 3502 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Gm11960-202ENSMUST00000181063 2858 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Cpz-201ENSMUST00000038676 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Slc12a5-201ENSMUST00000099092 6028 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Cdk9-202ENSMUST00000120105 1565 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Aldh7a1-201ENSMUST00000066208 1914 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Zfp637-201ENSMUST00000112858 650 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Zfp637-203ENSMUST00000112860 1231 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Bnip1-201ENSMUST00000015725 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Gm24841-201ENSMUST00000158676 357 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Gm6211-202ENSMUST00000167849 925 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Smn1-201ENSMUST00000022147 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Cdk2ap2-201ENSMUST00000025779 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Faim-201ENSMUST00000035038 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Gm11273-201ENSMUST00000044043 390 ntAPPRIS P1 BASIC16.65■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Krtap5-3-201ENSMUST00000084414 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Miga1-204ENSMUST00000199334 4024 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Mex3c-201ENSMUST00000091852 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Slc30a2-201ENSMUST00000081094 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Sirt6-202ENSMUST00000119324 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Unc5a-202ENSMUST00000109994 3827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Ccdc137-201ENSMUST00000058370 2778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Tead1-201ENSMUST00000059768 9964 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Chd1l-201ENSMUST00000029730 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Csnk2a2-201ENSMUST00000056919 3773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.26
Rnf40Q3U319 Gfod1-201ENSMUST00000055341 6928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Gm15939-201ENSMUST00000160756 2147 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Ubash3b-201ENSMUST00000044155 6354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Grn-201ENSMUST00000049460 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Esr1-202ENSMUST00000105588 2733 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Smox-203ENSMUST00000110180 1617 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 B230217O12Rik-201ENSMUST00000181921 1642 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 4930467K11Rik-201ENSMUST00000180831 723 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Gm44732-201ENSMUST00000208055 635 ntTSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Ccdc84-211ENSMUST00000217270 681 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 AC164629.5-201ENSMUST00000220387 632 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 AC166341.7-201ENSMUST00000221698 126 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Platr31-201ENSMUST00000180653 1466 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Lurap1l-201ENSMUST00000055922 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Malt1-201ENSMUST00000049248 5073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Lonrf3-201ENSMUST00000016383 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Hnrnpm-201ENSMUST00000087582 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 St6gal2-201ENSMUST00000025000 6066 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Jph4-201ENSMUST00000022819 4489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Wt1-202ENSMUST00000111099 2441 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Anxa4-201ENSMUST00000001187 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Usp1-201ENSMUST00000030289 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Cacnb1-201ENSMUST00000017552 3396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Ntng2-203ENSMUST00000091153 1695 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Mpped1-201ENSMUST00000046168 3265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Tpm1-209ENSMUST00000113690 2890 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Kcnt1-213ENSMUST00000198204 4714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Tspan2os-201ENSMUST00000146624 590 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Phf7-203ENSMUST00000226565 1971 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Tle1-202ENSMUST00000072695 3644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Adamts17-201ENSMUST00000098382 6025 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Mir22hg-202ENSMUST00000149940 1752 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Hoxd3-203ENSMUST00000111983 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Rnf13-205ENSMUST00000198214 2027 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Mtcp1-201ENSMUST00000033542 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Alas1-207ENSMUST00000141118 3399 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
Rnf40Q3U319 Mocs1-201ENSMUST00000024797 2646 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.9 ms