Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 CYP3A52P-201ENST00000563326 91 ntBASIC2.7□□□□□ -1.98
USP4Q13107 MIR4529-201ENST00000578110 78 ntBASIC2.7□□□□□ -1.98
USP4Q13107 PCDH11Y-203ENST00000362095 4220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.7□□□□□ -1.98
USP4Q13107 Y_RNA.140-201ENST00000363474 103 ntBASIC2.69□□□□□ -1.98
USP4Q13107 SNORD38.1-201ENST00000363863 68 ntBASIC2.69□□□□□ -1.98
USP4Q13107 DEFA7P-201ENST00000382676 285 ntBASIC2.69□□□□□ -1.98
USP4Q13107 RNU6-1124P-201ENST00000384169 107 ntBASIC2.69□□□□□ -1.98
USP4Q13107 RNU1-52P-201ENST00000384190 164 ntBASIC2.69□□□□□ -1.98
USP4Q13107 RNU6-242P-201ENST00000384359 107 ntBASIC2.69□□□□□ -1.98
USP4Q13107 MIR34C-201ENST00000384831 77 ntBASIC2.69□□□□□ -1.98
USP4Q13107 AC004965.1-201ENST00000413033 213 ntBASIC2.69□□□□□ -1.98
USP4Q13107 RPS12P2-201ENST00000439728 269 ntBASIC2.69□□□□□ -1.98
USP4Q13107 RPS29P28-201ENST00000446439 141 ntBASIC2.69□□□□□ -1.98
USP4Q13107 RNA5SP320-201ENST00000516263 124 ntBASIC2.69□□□□□ -1.98
USP4Q13107 RNU6-1006P-201ENST00000516998 103 ntBASIC2.69□□□□□ -1.98
USP4Q13107 RNA5SP402-201ENST00000517148 110 ntBASIC2.69□□□□□ -1.98
USP4Q13107 AL137847.3-201ENST00000611521 109 ntBASIC2.69□□□□□ -1.98
USP4Q13107 AC105081.1-201ENST00000617727 106 ntBASIC2.69□□□□□ -1.98
USP4Q13107 AC130466.1-201ENST00000636354 4683 ntTSL 5 BASIC2.69□□□□□ -1.98
USP4Q13107 AC003984.1-201ENST00000450977 4104 ntTSL 1 (best) BASIC2.69□□□□□ -1.98
USP4Q13107 AGTPBP1-205ENST00000376083 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.69□□□□□ -1.98
USP4Q13107 RNU6-1163P-201ENST00000364516 107 ntBASIC2.68□□□□□ -1.98
USP4Q13107 Y_RNA.448-201ENST00000384185 108 ntBASIC2.68□□□□□ -1.98
USP4Q13107 RPL31P63-201ENST00000422565 375 ntBASIC2.68□□□□□ -1.98
USP4Q13107 AC008413.1-201ENST00000511864 177 ntBASIC2.68□□□□□ -1.98
USP4Q13107 PNRC2-204ENST00000579103 171 ntTSL 2 BASIC2.68□□□□□ -1.98
USP4Q13107 MIR6715A-201ENST00000615929 79 ntBASIC2.68□□□□□ -1.98
USP4Q13107 MIR4251-201ENST00000635819 61 ntBASIC2.68□□□□□ -1.98
USP4Q13107 SENP7-201ENST00000314261 4736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.68□□□□□ -1.98
USP4Q13107 MAP3K2-203ENST00000409947 10992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.67□□□□□ -1.98
USP4Q13107 Z82195.2-201ENST00000612348 18351 ntBASIC2.67□□□□□ -1.98
USP4Q13107 RNU6-228P-201ENST00000362700 106 ntBASIC2.67□□□□□ -1.98
USP4Q13107 RNU6-865P-201ENST00000364772 107 ntBASIC2.67□□□□□ -1.98
USP4Q13107 RNU6-1276P-201ENST00000365372 104 ntBASIC2.67□□□□□ -1.98
USP4Q13107 RNU6-675P-201ENST00000384236 104 ntBASIC2.67□□□□□ -1.98
USP4Q13107 AC103810.7-201ENST00000607821 91 ntBASIC2.67□□□□□ -1.98
USP4Q13107 GS1-279B7.1-204ENST00000641809 378 ntBASIC2.67□□□□□ -1.98
USP4Q13107 FAR1-204ENST00000532502 5820 ntTSL 2 BASIC2.66□□□□□ -1.98
USP4Q13107 SNORD116-10-201ENST00000363791 102 ntBASIC2.66□□□□□ -1.98
USP4Q13107 SNORD38B-201ENST00000384690 67 ntBASIC2.66□□□□□ -1.98
USP4Q13107 MIR194-1-201ENST00000384892 85 ntBASIC2.66□□□□□ -1.98
USP4Q13107 AC019129.1-201ENST00000403786 261 ntBASIC2.66□□□□□ -1.98
USP4Q13107 RNU6ATAC41P-201ENST00000408600 126 ntBASIC2.66□□□□□ -1.98
USP4Q13107 RNU6-322P-201ENST00000516010 103 ntBASIC2.66□□□□□ -1.98
USP4Q13107 AL035078.1-202ENST00000531627 413 ntTSL 2 BASIC2.66□□□□□ -1.98
USP4Q13107 AC121758.2-201ENST00000553271 193 ntBASIC2.66□□□□□ -1.98
USP4Q13107 SNORD38B-202ENST00000625943 69 ntBASIC2.66□□□□□ -1.98
USP4Q13107 ZNF470-202ENST00000391709 6601 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.66□□□□□ -1.98
USP4Q13107 MIPOL1-203ENST00000537471 5954 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.65□□□□□ -1.99
USP4Q13107 SNORA70B-201ENST00000384210 135 ntBASIC2.65□□□□□ -1.99
USP4Q13107 RNY1P4-201ENST00000384595 115 ntBASIC2.65□□□□□ -1.99
USP4Q13107 MIR27B-201ENST00000385129 97 ntBASIC2.65□□□□□ -1.99
USP4Q13107 MIR653-201ENST00000385279 96 ntBASIC2.65□□□□□ -1.99
USP4Q13107 TRAJ26-201ENST00000390511 60 ntAPPRIS P1 BASIC2.65□□□□□ -1.99
USP4Q13107 RNU6-1321P-201ENST00000390905 107 ntBASIC2.65□□□□□ -1.99
USP4Q13107 MIR1261-201ENST00000408659 82 ntBASIC2.65□□□□□ -1.99
USP4Q13107 AL445685.2-201ENST00000422551 342 ntBASIC2.65□□□□□ -1.99
USP4Q13107 RNU7-41P-201ENST00000515917 61 ntBASIC2.65□□□□□ -1.99
USP4Q13107 MIR3935-201ENST00000583472 104 ntBASIC2.65□□□□□ -1.99
USP4Q13107 TXLNGY-201ENST00000253320 7299 ntTSL 2 BASIC2.65□□□□□ -1.99
USP4Q13107 SNORD114-10-201ENST00000363409 72 ntBASIC2.64□□□□□ -1.99
USP4Q13107 RNU6-219P-201ENST00000364728 107 ntBASIC2.64□□□□□ -1.99
USP4Q13107 RNA5SP210-201ENST00000391034 120 ntBASIC2.64□□□□□ -1.99
USP4Q13107 MIR1255A-201ENST00000408338 113 ntBASIC2.64□□□□□ -1.99
USP4Q13107 AC074131.1-201ENST00000514662 253 ntTSL 2 BASIC2.64□□□□□ -1.99
USP4Q13107 RNA5SP24-201ENST00000516478 95 ntBASIC2.64□□□□□ -1.99
USP4Q13107 RNU7-137P-201ENST00000516788 62 ntBASIC2.64□□□□□ -1.99
USP4Q13107 MIR4668-201ENST00000582284 70 ntBASIC2.64□□□□□ -1.99
USP4Q13107 U4.3-201ENST00000621047 82 ntBASIC2.64□□□□□ -1.99
USP4Q13107 Metazoa_SRP.32-201ENST00000622685 286 ntBASIC2.64□□□□□ -1.99
USP4Q13107 PCM1-222ENST00000524226 5955 ntTSL 1 (best) BASIC2.64□□□□□ -1.99
USP4Q13107 SACS-201ENST00000382292 15324 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.64□□□□□ -1.99
USP4Q13107 AGL-204ENST00000370161 6923 ntTSL 5 BASIC2.63□□□□□ -1.99
USP4Q13107 MIR6073-201ENST00000352083 89 ntBASIC2.63□□□□□ -1.99
USP4Q13107 RNA5SP259-201ENST00000365541 109 ntBASIC2.63□□□□□ -1.99
USP4Q13107 RNA5SP225-201ENST00000410874 135 ntBASIC2.63□□□□□ -1.99
USP4Q13107 AC099850.3-201ENST00000577678 321 ntTSL 3 BASIC2.63□□□□□ -1.99
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USP4Q13107 SEPT14P17-201ENST00000617978 177 ntBASIC2.63□□□□□ -1.99
USP4Q13107 MIR3202-2-201ENST00000635980 79 ntBASIC2.63□□□□□ -1.99
USP4Q13107 SNORA67.1-201ENST00000364749 141 ntBASIC2.62□□□□□ -1.99
USP4Q13107 Y_RNA.567-201ENST00000384736 106 ntBASIC2.62□□□□□ -1.99
USP4Q13107 MIR548G-201ENST00000408442 89 ntBASIC2.62□□□□□ -1.99
USP4Q13107 Y_RNA.620-201ENST00000411009 88 ntBASIC2.62□□□□□ -1.99
USP4Q13107 SPINT5P-201ENST00000448174 155 ntBASIC2.62□□□□□ -1.99
USP4Q13107 AC025887.1-201ENST00000578349 264 ntTSL 3 BASIC2.62□□□□□ -1.99
USP4Q13107 SNORD53-201ENST00000579969 78 ntBASIC2.62□□□□□ -1.99
USP4Q13107 FGF7-201ENST00000267843 5467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.62□□□□□ -1.99
USP4Q13107 RNA5SP289-201ENST00000362332 137 ntBASIC2.61□□□□□ -1.99
USP4Q13107 RNA5SP276-201ENST00000362580 94 ntBASIC2.61□□□□□ -1.99
USP4Q13107 Y_RNA.98-201ENST00000363109 102 ntBASIC2.61□□□□□ -1.99
USP4Q13107 RNU6-979P-201ENST00000383896 107 ntBASIC2.61□□□□□ -1.99
USP4Q13107 RNU6-447P-201ENST00000410293 104 ntBASIC2.61□□□□□ -1.99
USP4Q13107 RNU6-1118P-201ENST00000410382 104 ntBASIC2.61□□□□□ -1.99
USP4Q13107 RNU6-1076P-201ENST00000410397 104 ntBASIC2.61□□□□□ -1.99
USP4Q13107 RNU6-355P-201ENST00000410427 104 ntBASIC2.61□□□□□ -1.99
USP4Q13107 RNU6-791P-201ENST00000410467 104 ntBASIC2.61□□□□□ -1.99
USP4Q13107 RNU6-705P-201ENST00000410601 104 ntBASIC2.61□□□□□ -1.99
USP4Q13107 RNU6-1100P-201ENST00000410691 104 ntBASIC2.61□□□□□ -1.99
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