Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 AC024405.2-202ENST00000532731 184 ntBASIC-0.55□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 AC060780.3-201ENST00000589464 80 ntBASIC-0.55□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 MIR30D-201ENST00000362283 70 ntBASIC-0.56□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 SNORD115-28-201ENST00000363931 81 ntBASIC-0.56□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 Y_RNA.364-201ENST00000365532 101 ntBASIC-0.56□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 Y_RNA.473-201ENST00000384333 102 ntBASIC-0.56□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 Y_RNA.477-201ENST00000384352 108 ntBASIC-0.56□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 RNU6-1199P-201ENST00000411249 104 ntBASIC-0.56□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 AC008440.2-201ENST00000413496 423 ntTSL 5 BASIC-0.56□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 AC100767.1-201ENST00000528178 123 ntBASIC-0.56□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 AP003072.1-201ENST00000531740 145 ntBASIC-0.56□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 OSBPL9P5-201ENST00000542581 171 ntBASIC-0.56□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 MIR6082-201ENST00000613604 109 ntBASIC-0.56□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 DEFB131A-201ENST00000334879 213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC-0.57□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 Y_RNA.38-201ENST00000362617 102 ntBASIC-0.57□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 RNU6-99P-201ENST00000364721 107 ntBASIC-0.57□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 Y_RNA.331-201ENST00000365267 102 ntBASIC-0.57□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 Y_RNA.341-201ENST00000365341 102 ntBASIC-0.57□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 RNU4-70P-201ENST00000384579 139 ntBASIC-0.57□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 Y_RNA.539-201ENST00000384635 107 ntBASIC-0.57□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 AF228730.4-201ENST00000421457 183 ntBASIC-0.57□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 AL390783.1-203ENST00000457058 248 ntTSL 3 BASIC-0.57□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 Y_RNA.631-201ENST00000459607 101 ntBASIC-0.57□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 RPL7P42-201ENST00000481005 679 ntBASIC-0.57□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 RNU6-765P-201ENST00000516916 99 ntBASIC-0.57□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 AC127455.1-201ENST00000565496 145 ntBASIC-0.57□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 MIR2681-201ENST00000581814 105 ntBASIC-0.57□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 MIR6128-201ENST00000615528 109 ntBASIC-0.57□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 AL596211.1-201ENST00000569873 2277 ntBASIC-0.57□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 RNU6-1229P-201ENST00000364295 107 ntBASIC-0.57□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 Y_RNA.450-201ENST00000384198 113 ntBASIC-0.57□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 SNORD115-47-201ENST00000391226 86 ntBASIC-0.57□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 MIR548I3-201ENST00000408378 149 ntBASIC-0.57□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 MIR1278-201ENST00000408753 81 ntBASIC-0.57□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 RNU4-55P-201ENST00000410731 137 ntBASIC-0.57□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 LINC02541-201ENST00000427157 327 ntTSL 3 BASIC-0.57□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 AC124312.5-201ENST00000604451 268 ntBASIC-0.57□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 AC245008.1-201ENST00000608123 476 ntBASIC-0.57□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 AC093726.3-201ENST00000637588 150 ntBASIC-0.57□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 MIR101-2-201ENST00000362195 79 ntBASIC-0.58□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 Y_RNA.101-201ENST00000363154 102 ntBASIC-0.58□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 RNU4-58P-201ENST00000363192 141 ntBASIC-0.58□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 RNU6-1309P-201ENST00000363305 108 ntBASIC-0.58□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 Y_RNA.212-201ENST00000364177 102 ntBASIC-0.58□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 SNORA25.7-201ENST00000364375 127 ntBASIC-0.58□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 RNU6-1062P-201ENST00000383908 107 ntBASIC-0.58□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 SNORA1-201ENST00000384107 130 ntBASIC-0.58□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 RNU6-1144P-201ENST00000384247 104 ntBASIC-0.58□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 RNU6-95P-201ENST00000384697 107 ntBASIC-0.58□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 TRAJ21-201ENST00000390516 55 ntAPPRIS P1 BASIC-0.58□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 MTND3P8-201ENST00000412909 339 ntBASIC-0.58□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 AC074085.1-201ENST00000413598 418 ntBASIC-0.58□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 SUMO1P3-201ENST00000439961 304 ntBASIC-0.58□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 MIR4752-201ENST00000579672 72 ntBASIC-0.58□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 AC005357.1-201ENST00000588399 301 ntBASIC-0.58□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 CYP19A1-220ENST00000613097 123 ntTSL 5 BASIC-0.58□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 MIR3662-201ENST00000637030 95 ntBASIC-0.58□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 Y_RNA.13-201ENST00000362403 112 ntBASIC-0.59□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 Y_RNA.413-201ENST00000384007 102 ntBASIC-0.59□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 RNU6-1162P-201ENST00000384443 104 ntBASIC-0.59□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 MIR514A2-201ENST00000385131 88 ntBASIC-0.59□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 MIR514A3-201ENST00000385132 88 ntBASIC-0.59□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 RNU6-373P-201ENST00000411247 98 ntBASIC-0.59□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 RNU7-141P-201ENST00000459304 62 ntBASIC-0.59□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 AC107297.1-201ENST00000459991 176 ntBASIC-0.59□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 Y_RNA.754-201ENST00000476024 102 ntBASIC-0.59□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 Y_RNA.790-201ENST00000614282 102 ntBASIC-0.59□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 Y_RNA.782-201ENST00000614695 102 ntBASIC-0.59□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 uc_338.10-201ENST00000621872 182 ntBASIC-0.59□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 MIR4320-201ENST00000636981 65 ntBASIC-0.59□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 MIR655-201ENST00000362159 97 ntBASIC-0.59□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 Y_RNA.49-201ENST00000362714 112 ntBASIC-0.59□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 RNU6-490P-201ENST00000362985 107 ntBASIC-0.59□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 Y_RNA.246-201ENST00000364495 108 ntBASIC-0.59□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 Y_RNA.371-201ENST00000365591 113 ntBASIC-0.59□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 RNU6-597P-201ENST00000365620 102 ntBASIC-0.59□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 RNU6-926P-201ENST00000384075 107 ntBASIC-0.59□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 MIR876-201ENST00000401147 81 ntBASIC-0.59□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 MTND1P14-201ENST00000427400 950 ntBASIC-0.59□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 RNU7-87P-201ENST00000459343 62 ntBASIC-0.59□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 AL080274.1-201ENST00000605565 220 ntBASIC-0.59□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 AP001282.2-201ENST00000616149 309 ntBASIC-0.59□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 NAA50-211ENST00000630058 177 ntTSL 5 BASIC-0.59□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 AC108866.1-201ENST00000503073 2339 ntTSL 5 BASIC-0.59□□□□□ -2.5
CHD3Q12873 RNU4-36P-201ENST00000364294 144 ntBASIC-0.6□□□□□ -2.51
CHD3Q12873 RNU6-1264P-201ENST00000383891 107 ntBASIC-0.6□□□□□ -2.51
CHD3Q12873 Y_RNA.404-201ENST00000383978 102 ntBASIC-0.6□□□□□ -2.51
CHD3Q12873 Y_RNA.468-201ENST00000384298 102 ntBASIC-0.6□□□□□ -2.51
CHD3Q12873 Y_RNA.588-201ENST00000391254 102 ntBASIC-0.6□□□□□ -2.51
CHD3Q12873 LINC02238-202ENST00000436262 320 ntTSL 3 BASIC-0.6□□□□□ -2.51
CHD3Q12873 SPINT5P-201ENST00000448174 155 ntBASIC-0.6□□□□□ -2.51
CHD3Q12873 AC008243.1-201ENST00000504955 389 ntTSL 3 BASIC-0.6□□□□□ -2.51
CHD3Q12873 RNU6-874P-201ENST00000362390 105 ntBASIC-0.6□□□□□ -2.51
CHD3Q12873 SNORA63.5-201ENST00000363548 123 ntBASIC-0.6□□□□□ -2.51
CHD3Q12873 RNU6-553P-201ENST00000364047 96 ntBASIC-0.6□□□□□ -2.51
CHD3Q12873 RNA5SP205-201ENST00000364653 136 ntBASIC-0.6□□□□□ -2.51
CHD3Q12873 SNORD116-11-201ENST00000383882 92 ntBASIC-0.6□□□□□ -2.51
CHD3Q12873 SNORD56B-201ENST00000384713 71 ntBASIC-0.6□□□□□ -2.51
CHD3Q12873 AC073641.1-201ENST00000425192 429 ntTSL 3 BASIC-0.6□□□□□ -2.51
CHD3Q12873 AL035258.1-201ENST00000439450 439 ntTSL 3 BASIC-0.6□□□□□ -2.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 106.3 ms