| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.274-201 | ENST00000364714 | 101 nt | BASIC | 1.11 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-923P-201 | ENST00000364753 | 107 nt | BASIC | 1.11 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR653-201 | ENST00000385279 | 96 nt | BASIC | 1.11 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD41-201 | ENST00000386967 | 70 nt | BASIC | 1.11 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MT-TG-201 | ENST00000387429 | 68 nt | BASIC | 1.11 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-493P-201 | ENST00000391321 | 108 nt | BASIC | 1.11 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6ATAC23P-201 | ENST00000408448 | 123 nt | BASIC | 1.11 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.618-201 | ENST00000410949 | 107 nt | BASIC | 1.11 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL591704.2-201 | ENST00000421658 | 181 nt | BASIC | 1.11 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC137770.1-201 | ENST00000504620 | 530 nt | TSL 3 BASIC | 1.11 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC009779.6-201 | ENST00000603972 | 165 nt | BASIC | 1.11 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR6788-201 | ENST00000618842 | 66 nt | BASIC | 1.11 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | snoU2-30.1-201 | ENST00000365012 | 70 nt | BASIC | 1.1 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU4-17P-201 | ENST00000365598 | 141 nt | BASIC | 1.1 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR516B2-201 | ENST00000385190 | 85 nt | BASIC | 1.1 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR891A-201 | ENST00000401237 | 79 nt | BASIC | 1.1 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR1298-201 | ENST00000408783 | 112 nt | BASIC | 1.1 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL353742.1-201 | ENST00000453455 | 224 nt | TSL 3 BASIC | 1.1 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD77.4-201 | ENST00000516158 | 81 nt | BASIC | 1.1 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-561P-201 | ENST00000516222 | 102 nt | BASIC | 1.1 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU4-71P-201 | ENST00000516258 | 113 nt | BASIC | 1.1 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU7-149P-201 | ENST00000516739 | 59 nt | BASIC | 1.1 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-922P-201 | ENST00000516753 | 99 nt | BASIC | 1.1 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC090142.3-201 | ENST00000519012 | 385 nt | BASIC | 1.1 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC02277-202 | ENST00000556472 | 453 nt | TSL 3 BASIC | 1.1 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR3937-201 | ENST00000580135 | 106 nt | BASIC | 1.1 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AP000942.4-201 | ENST00000604811 | 241 nt | BASIC | 1.1 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC022709.1-201 | ENST00000615967 | 87 nt | BASIC | 1.1 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | uc_338.4-201 | ENST00000616635 | 176 nt | BASIC | 1.1 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FAS-AS1.2-201 | ENST00000620386 | 170 nt | BASIC | 1.1 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | C9orf84-205 | ENST00000394779 | 5060 nt | APPRIS ALT2 TSL 2 BASIC | 1.1 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1084P-201 | ENST00000362498 | 107 nt | BASIC | 1.09 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.262-201 | ENST00000364641 | 102 nt | BASIC | 1.09 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-47P-201 | ENST00000383866 | 107 nt | BASIC | 1.09 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD26-201 | ENST00000384147 | 75 nt | BASIC | 1.09 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.587-201 | ENST00000391210 | 103 nt | BASIC | 1.09 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNX2P2-201 | ENST00000424553 | 323 nt | BASIC | 1.09 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC015922.2-201 | ENST00000435593 | 184 nt | BASIC | 1.09 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | DEFB131B-201 | ENST00000530210 | 213 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 1.09 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC138625.2-201 | ENST00000563968 | 551 nt | TSL 3 BASIC | 1.09 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR2681-201 | ENST00000581814 | 105 nt | BASIC | 1.09 | □□□□□ -2.23 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MT-ATP8-201 | ENST00000361851 | 207 nt | APPRIS P1 BASIC | 1.08 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR411-201 | ENST00000362239 | 96 nt | BASIC | 1.08 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-268P-201 | ENST00000364174 | 107 nt | BASIC | 1.08 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-484P-201 | ENST00000384016 | 107 nt | BASIC | 1.08 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.489-201 | ENST00000384410 | 101 nt | BASIC | 1.08 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1065P-201 | ENST00000384513 | 106 nt | BASIC | 1.08 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNA5SP496-201 | ENST00000391240 | 109 nt | BASIC | 1.08 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR548J-201 | ENST00000408833 | 112 nt | BASIC | 1.08 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1007P-201 | ENST00000516586 | 107 nt | BASIC | 1.08 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1223P-201 | ENST00000517124 | 104 nt | BASIC | 1.08 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-165P-201 | ENST00000517170 | 99 nt | BASIC | 1.08 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL512310.8-201 | ENST00000550183 | 120 nt | BASIC | 1.08 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC090049.2-201 | ENST00000550377 | 109 nt | BASIC | 1.08 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR151B-201 | ENST00000584249 | 96 nt | BASIC | 1.08 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD114-21-201 | ENST00000606412 | 72 nt | BASIC | 1.08 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL121890.5-201 | ENST00000620848 | 304 nt | BASIC | 1.08 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.91-201 | ENST00000363042 | 107 nt | BASIC | 1.07 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD14E-201 | ENST00000364009 | 85 nt | BASIC | 1.07 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.199-201 | ENST00000364014 | 102 nt | BASIC | 1.07 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.200-201 | ENST00000364018 | 102 nt | BASIC | 1.07 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.336-201 | ENST00000365307 | 109 nt | BASIC | 1.07 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORA2.2-201 | ENST00000365473 | 135 nt | BASIC | 1.07 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.466-201 | ENST00000384294 | 113 nt | BASIC | 1.07 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.486-201 | ENST00000384398 | 107 nt | BASIC | 1.07 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-939P-201 | ENST00000384634 | 107 nt | BASIC | 1.07 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR616-201 | ENST00000385293 | 97 nt | BASIC | 1.07 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-918P-201 | ENST00000391219 | 106 nt | BASIC | 1.07 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL606845.1-201 | ENST00000404881 | 255 nt | BASIC | 1.07 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.622-201 | ENST00000411091 | 108 nt | BASIC | 1.07 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC022559.1-201 | ENST00000520905 | 205 nt | BASIC | 1.07 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR3664-201 | ENST00000579074 | 99 nt | BASIC | 1.07 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR5688-201 | ENST00000580619 | 83 nt | BASIC | 1.07 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC087685.1-201 | ENST00000587507 | 141 nt | BASIC | 1.07 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL513534.2-201 | ENST00000603836 | 250 nt | BASIC | 1.07 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU2-4P-201 | ENST00000606190 | 192 nt | BASIC | 1.07 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CTDSPL2-202 | ENST00000558373 | 4255 nt | TSL 1 (best) BASIC | 1.06 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | DEFB131A-201 | ENST00000334879 | 213 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 1.06 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1138P-201 | ENST00000365359 | 106 nt | BASIC | 1.06 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.354-201 | ENST00000365448 | 111 nt | BASIC | 1.06 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.476-201 | ENST00000384347 | 108 nt | BASIC | 1.06 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR548A2-201 | ENST00000384956 | 97 nt | BASIC | 1.06 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1228P-201 | ENST00000391014 | 107 nt | BASIC | 1.06 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNRPGP8-201 | ENST00000454064 | 226 nt | BASIC | 1.06 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | snoU13.25-201 | ENST00000458945 | 104 nt | BASIC | 1.06 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC095059.1-201 | ENST00000502570 | 349 nt | TSL 5 BASIC | 1.06 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.666-201 | ENST00000516187 | 112 nt | BASIC | 1.06 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC007751.1-201 | ENST00000529260 | 376 nt | BASIC | 1.06 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL391903.3-201 | ENST00000612158 | 163 nt | BASIC | 1.06 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC141273.2-201 | ENST00000618989 | 130 nt | BASIC | 1.06 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR6515-201 | ENST00000619843 | 57 nt | BASIC | 1.06 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD45.3-201 | ENST00000363836 | 72 nt | BASIC | 1.05 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-442P-201 | ENST00000383968 | 104 nt | BASIC | 1.05 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR452-201 | ENST00000385020 | 85 nt | BASIC | 1.05 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6ATAC20P-201 | ENST00000408436 | 127 nt | BASIC | 1.05 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HMGN2P32-201 | ENST00000444648 | 269 nt | BASIC | 1.05 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPL30P7-201 | ENST00000479312 | 323 nt | BASIC | 1.05 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-138P-201 | ENST00000515952 | 107 nt | BASIC | 1.05 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RN7SKP164-201 | ENST00000516138 | 266 nt | BASIC | 1.05 | □□□□□ -2.24 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU7-25P-201 | ENST00000516544 | 62 nt | BASIC | 1.05 | □□□□□ -2.24 | | |