Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 AC022469.2-201ENST00000554759 396 ntTSL 5 BASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 MIR4503-201ENST00000582187 83 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 MIR3136-201ENST00000583498 78 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC005899.2-201ENST00000584353 90 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 JMJD1C-212ENST00000639129 7901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC1.3□□□□□ -2.2
SHHQ15465 KIAA1551-201ENST00000312561 6230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.3□□□□□ -2.2
SHHQ15465 MIR340-201ENST00000362125 95 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
SHHQ15465 Y_RNA.39-201ENST00000362620 98 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU6-545P-201ENST00000362681 104 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
SHHQ15465 Y_RNA.143-201ENST00000363520 106 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
SHHQ15465 SNORD32B-201ENST00000364460 84 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU1-115P-201ENST00000365329 160 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU6-338P-201ENST00000383888 105 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
SHHQ15465 Y_RNA.483-201ENST00000384380 101 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU6-159P-201ENST00000391080 106 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
SHHQ15465 NPS-201ENST00000398023 270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC1.3□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU4-30P-201ENST00000410245 143 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC114482.1-201ENST00000418010 247 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
SHHQ15465 USP9YP16-201ENST00000430287 407 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
SHHQ15465 MTND3P2-201ENST00000438452 342 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
SHHQ15465 DYNLT3P2-201ENST00000442517 295 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
SHHQ15465 Z68323.1-201ENST00000450365 519 ntTSL 3 BASIC1.3□□□□□ -2.2
SHHQ15465 PCNPP5-201ENST00000452246 481 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
SHHQ15465 USP9YP23-201ENST00000455085 407 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNA5SP57-201ENST00000459463 123 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
SHHQ15465 KRTAP13-6P-201ENST00000508999 371 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU6-1045P-201ENST00000516321 107 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
SHHQ15465 Y_RNA.706-201ENST00000516933 99 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC090617.3-201ENST00000573670 475 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC006504.6-201ENST00000590142 199 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC092070.3-201ENST00000596041 337 ntTSL 3 BASIC1.3□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AL162730.1-201ENST00000605734 292 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC240442.1-201ENST00000616055 283 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AL161722.3-201ENST00000605789 2983 ntBASIC1.3□□□□□ -2.2
SHHQ15465 OR4C11-202ENST00000641580 2737 ntAPPRIS P1 BASIC1.29□□□□□ -2.2
SHHQ15465 Y_RNA.47-201ENST00000362697 108 ntBASIC1.29□□□□□ -2.2
SHHQ15465 snoU2_19.2-201ENST00000363024 80 ntBASIC1.29□□□□□ -2.2
SHHQ15465 Y_RNA.145-201ENST00000363527 102 ntBASIC1.29□□□□□ -2.2
SHHQ15465 SNORD14.1-201ENST00000365609 90 ntBASIC1.29□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU6-472P-201ENST00000384299 107 ntBASIC1.29□□□□□ -2.2
SHHQ15465 TRAJ23-201ENST00000390514 63 ntAPPRIS P1 BASIC1.29□□□□□ -2.2
SHHQ15465 SNORD12B-201ENST00000410433 91 ntBASIC1.29□□□□□ -2.2
SHHQ15465 ELOCP21-201ENST00000412558 336 ntBASIC1.29□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC078809.1-201ENST00000427601 140 ntBASIC1.29□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC133865.1-201ENST00000438619 339 ntTSL 3 BASIC1.29□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC004386.2-201ENST00000441858 148 ntBASIC1.29□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC009237.7-201ENST00000447357 229 ntBASIC1.29□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC016717.1-201ENST00000448918 286 ntBASIC1.29□□□□□ -2.2
SHHQ15465 LINC01399-202ENST00000458450 244 ntBASIC1.29□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC093259.1-201ENST00000509755 300 ntBASIC1.29□□□□□ -2.2
SHHQ15465 MTND1P19-201ENST00000511780 315 ntBASIC1.29□□□□□ -2.2
SHHQ15465 SNORA25.14-201ENST00000516481 132 ntBASIC1.29□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU1-117P-201ENST00000517041 158 ntBASIC1.29□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU6-570P-201ENST00000517051 105 ntBASIC1.29□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC091144.1-201ENST00000519573 138 ntBASIC1.29□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AL442163.3-201ENST00000554110 156 ntBASIC1.29□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AL117187.1-201ENST00000555482 181 ntBASIC1.29□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AL160236.1-201ENST00000556317 195 ntBASIC1.29□□□□□ -2.2
SHHQ15465 PWRN1-203ENST00000564898 389 ntTSL 5 BASIC1.29□□□□□ -2.2
SHHQ15465 MIR4659A-201ENST00000580269 81 ntBASIC1.29□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC100812.1-201ENST00000607622 580 ntBASIC1.29□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AL357054.2-201ENST00000607644 423 ntTSL 5 BASIC1.29□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC137590.2-201ENST00000619709 240 ntBASIC1.29□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC068700.1-201ENST00000565862 3754 ntBASIC1.29□□□□□ -2.2
SHHQ15465 GAGE12B-201ENST00000361446 117 ntAPPRIS P1 BASIC1.28□□□□□ -2.2
SHHQ15465 MIR373-201ENST00000362273 69 ntBASIC1.28□□□□□ -2.2
SHHQ15465 Y_RNA.101-201ENST00000363154 102 ntBASIC1.28□□□□□ -2.2
SHHQ15465 Y_RNA.193-201ENST00000363979 102 ntBASIC1.28□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU6-142P-201ENST00000384019 107 ntBASIC1.28□□□□□ -2.2
SHHQ15465 SNORA67.2-201ENST00000384300 149 ntBASIC1.28□□□□□ -2.2
SHHQ15465 Y_RNA.471-201ENST00000384312 102 ntBASIC1.28□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU6-160P-201ENST00000384591 107 ntBASIC1.28□□□□□ -2.2
SHHQ15465 MIR153-2-201ENST00000385225 87 ntBASIC1.28□□□□□ -2.2
SHHQ15465 MTCYBP2-201ENST00000407745 171 ntBASIC1.28□□□□□ -2.2
SHHQ15465 SNRPG-202ENST00000413456 398 ntTSL 3 BASIC1.28□□□□□ -2.2
SHHQ15465 SNRPG-205ENST00000449935 428 ntTSL 1 (best) BASIC1.28□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU6-408P-201ENST00000515910 100 ntBASIC1.28□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNA5SP61-201ENST00000516453 100 ntBASIC1.28□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU6-1012P-201ENST00000516606 109 ntBASIC1.28□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC112481.1-201ENST00000549669 901 ntTSL 2 BASIC1.28□□□□□ -2.2
SHHQ15465 CYP4A27P-201ENST00000567218 190 ntBASIC1.28□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC099850.3-201ENST00000577678 321 ntTSL 3 BASIC1.28□□□□□ -2.2
SHHQ15465 MIR3145-201ENST00000580727 82 ntBASIC1.28□□□□□ -2.2
SHHQ15465 VN1R91P-201ENST00000594377 169 ntBASIC1.28□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RPL17P51-201ENST00000605218 238 ntBASIC1.28□□□□□ -2.2
SHHQ15465 DLEU2_2.2-201ENST00000615474 90 ntBASIC1.28□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC092268.1-201ENST00000342691 405 ntBASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 Y_RNA.19-201ENST00000362462 99 ntBASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 SNORD81.1-201ENST00000363064 77 ntBASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 SNORD115-32-201ENST00000364079 82 ntBASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNU6-454P-201ENST00000364292 107 ntBASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 Y_RNA.332-201ENST00000365271 113 ntBASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 Y_RNA.376-201ENST00000365638 108 ntBASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNU6-1145P-201ENST00000384246 107 ntBASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNU6-541P-201ENST00000384709 110 ntBASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 MIR150-201ENST00000385048 84 ntBASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 TRAJ6-201ENST00000390531 62 ntAPPRIS P1 BASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNU6-1109P-201ENST00000391187 107 ntBASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 MIR1252-201ENST00000408861 65 ntBASIC1.27□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNU6-955P-201ENST00000410497 104 ntBASIC1.27□□□□□ -2.21
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