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| ZNHIT3 | Q15649 | RNU6-1038P-201 | ENST00000516516 | 104 nt | BASIC | 0.07 | □□□□□ -2.4 | | |
| ZNHIT3 | Q15649 | AC091996.1-201 | ENST00000522274 | 600 nt | TSL 3 BASIC | 0.07 | □□□□□ -2.4 | | |
| ZNHIT3 | Q15649 | AC023442.1-201 | ENST00000531247 | 422 nt | BASIC | 0.07 | □□□□□ -2.4 | | |
| ZNHIT3 | Q15649 | AL118558.2-201 | ENST00000556294 | 238 nt | BASIC | 0.07 | □□□□□ -2.4 | | |
| ZNHIT3 | Q15649 | MIR3915-201 | ENST00000578518 | 97 nt | BASIC | 0.07 | □□□□□ -2.4 | | |
| ZNHIT3 | Q15649 | MIR4431-201 | ENST00000579990 | 94 nt | BASIC | 0.07 | □□□□□ -2.4 | | |
| ZNHIT3 | Q15649 | AC005014.3-201 | ENST00000605985 | 190 nt | BASIC | 0.07 | □□□□□ -2.4 | | |
| ZNHIT3 | Q15649 | AL136370.1-201 | ENST00000608166 | 691 nt | BASIC | 0.07 | □□□□□ -2.4 | | |
| ZNHIT3 | Q15649 | AC073534.2-201 | ENST00000620377 | 381 nt | BASIC | 0.07 | □□□□□ -2.4 | | |
| ZNHIT3 | Q15649 | MIR6759-201 | ENST00000638110 | 65 nt | BASIC | 0.07 | □□□□□ -2.4 | | |
| ZNHIT3 | Q15649 | DEUP1-202 | ENST00000525646 | 1920 nt | TSL 1 (best) BASIC | 0.07 | □□□□□ -2.4 | | |
| ZNHIT3 | Q15649 | RNU6-407P-201 | ENST00000365280 | 104 nt | BASIC | 0.06 | □□□□□ -2.4 | | |
| ZNHIT3 | Q15649 | Y_RNA.378-201 | ENST00000365652 | 113 nt | BASIC | 0.06 | □□□□□ -2.4 | | |
| ZNHIT3 | Q15649 | LINC00583-201 | ENST00000381010 | 387 nt | TSL 2 BASIC | 0.06 | □□□□□ -2.4 | | |
| ZNHIT3 | Q15649 | MIR136-201 | ENST00000385207 | 82 nt | BASIC | 0.06 | □□□□□ -2.4 | | |
| ZNHIT3 | Q15649 | MT-TH-201 | ENST00000387441 | 69 nt | BASIC | 0.06 | □□□□□ -2.4 | | |
| ZNHIT3 | Q15649 | RNU6-1304P-201 | ENST00000411374 | 106 nt | BASIC | 0.06 | □□□□□ -2.4 | | |
| ZNHIT3 | Q15649 | AL137792.2-201 | ENST00000443484 | 235 nt | BASIC | 0.06 | □□□□□ -2.4 | | |
| ZNHIT3 | Q15649 | MTND2P39-201 | ENST00000457230 | 764 nt | BASIC | 0.06 | □□□□□ -2.4 | | |