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| TTF1 | Q15361 | TRAPPC2P7-201 | ENST00000509650 | 231 nt | BASIC | 2.59 | □□□□□ -1.99 | | |
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| TTF1 | Q15361 | AC006435.5-201 | ENST00000624486 | 112 nt | BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
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| TTF1 | Q15361 | Y_RNA.152-201 | ENST00000363578 | 100 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| TTF1 | Q15361 | Y_RNA.462-201 | ENST00000384268 | 102 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
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| TTF1 | Q15361 | SNORA48.1-201 | ENST00000390879 | 135 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
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| TTF1 | Q15361 | RNU6-271P-201 | ENST00000363858 | 105 nt | BASIC | 2.54 | □□□□□ -2 | | |
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| TTF1 | Q15361 | AC005002.2-201 | ENST00000438228 | 269 nt | BASIC | 2.54 | □□□□□ -2 | | |
| TTF1 | Q15361 | IPO7P1-201 | ENST00000442031 | 636 nt | BASIC | 2.54 | □□□□□ -2 | | |
| TTF1 | Q15361 | SNORD65B-201 | ENST00000459126 | 73 nt | BASIC | 2.54 | □□□□□ -2 | | |
| TTF1 | Q15361 | RNU6-764P-201 | ENST00000516396 | 105 nt | BASIC | 2.54 | □□□□□ -2 | | |
| TTF1 | Q15361 | AP002001.1-203 | ENST00000534002 | 267 nt | BASIC | 2.54 | □□□□□ -2 | | |
| TTF1 | Q15361 | AC008749.1-201 | ENST00000597650 | 306 nt | BASIC | 2.54 | □□□□□ -2 | | |
| TTF1 | Q15361 | AL355297.3-201 | ENST00000604082 | 446 nt | BASIC | 2.54 | □□□□□ -2 | | |
| TTF1 | Q15361 | AC069114.2-201 | ENST00000604699 | 304 nt | BASIC | 2.54 | □□□□□ -2 | | |
| TTF1 | Q15361 | GS1-279B7.1-204 | ENST00000641809 | 378 nt | BASIC | 2.54 | □□□□□ -2 | | |
| TTF1 | Q15361 | ENAM-201 | ENST00000396073 | 5679 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.54 | □□□□□ -2 | | |
| TTF1 | Q15361 | SLCO1B3-202 | ENST00000381545 | 2805 nt | APPRIS P1 TSL 2 BASIC | 2.53 | □□□□□ -2 | | |
| TTF1 | Q15361 | ZNF720P1-201 | ENST00000562403 | 1939 nt | BASIC | 2.53 | □□□□□ -2 | | |
| TTF1 | Q15361 | RNU6-862P-201 | ENST00000362804 | 105 nt | BASIC | 2.53 | □□□□□ -2 | | |
| TTF1 | Q15361 | SNORA67.3-201 | ENST00000384366 | 140 nt | BASIC | 2.53 | □□□□□ -2 | | |
| TTF1 | Q15361 | AL512604.1-201 | ENST00000404812 | 257 nt | BASIC | 2.53 | □□□□□ -2 | | |
| TTF1 | Q15361 | RNA5SP501-201 | ENST00000410990 | 112 nt | BASIC | 2.53 | □□□□□ -2 | | |