Protein–RNA interactions for Protein: Q9CWT6

Ddx28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddx28Q9CWT6 Tnfrsf11a-201ENSMUST00000027559 5027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Pacsin3-202ENSMUST00000059566 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Tpm3-202ENSMUST00000118566 2190 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Ccdc106-204ENSMUST00000207974 2492 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Commd7-202ENSMUST00000109782 1343 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Spock1-201ENSMUST00000172326 1320 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Cldn7-201ENSMUST00000018713 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Adgrb2-208ENSMUST00000121049 4871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Bcap29-201ENSMUST00000020979 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Zfp212-201ENSMUST00000009411 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Ugcg-201ENSMUST00000030074 4012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Slc35a1-201ENSMUST00000029970 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Tulp1-202ENSMUST00000114794 1738 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Tor1aip2-205ENSMUST00000111757 6118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Slc39a11-203ENSMUST00000106633 2688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Itgb7-201ENSMUST00000001327 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Myrf-202ENSMUST00000186056 3636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Ace-201ENSMUST00000001963 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 AC154855.1-201ENSMUST00000227353 1458 ntBASIC15.08■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Eme2-202ENSMUST00000121542 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Gpc3-201ENSMUST00000069360 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Matn4-201ENSMUST00000103103 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Cyp4f41-ps-201ENSMUST00000126790 1077 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Snrnp48-202ENSMUST00000178564 847 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Gng11-201ENSMUST00000031670 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Rps28-201ENSMUST00000087342 392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Cnot11-203ENSMUST00000161515 3482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Ppp1r1b-204ENSMUST00000137634 1343 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Rffl-202ENSMUST00000071152 3633 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Yipf4-201ENSMUST00000024873 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Igf2-202ENSMUST00000097936 2503 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Arhgef18-201ENSMUST00000004684 5271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Rogdi-207ENSMUST00000202281 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Skp1a-203ENSMUST00000109072 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 B4galt3-205ENSMUST00000126699 1758 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Usb1-201ENSMUST00000034245 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Rb1-201ENSMUST00000022701 4656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Ubash3b-201ENSMUST00000044155 6354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Grwd1-201ENSMUST00000107723 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Cxcl12-202ENSMUST00000112866 1878 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Zfp648-201ENSMUST00000086195 1892 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Col5a3-201ENSMUST00000004201 6119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Amz2-202ENSMUST00000092500 2816 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Skap1-203ENSMUST00000100521 1539 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Skap1-204ENSMUST00000103154 1507 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Ebf3-208ENSMUST00000210774 2994 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Pdzd4-201ENSMUST00000002080 3970 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 St6galnac2-201ENSMUST00000079545 3643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Irak2-203ENSMUST00000089023 1734 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Gm15565-201ENSMUST00000118890 427 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Nrn1-202ENSMUST00000122286 691 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Tpsg1-202ENSMUST00000160377 1040 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Pdxk-ps-203ENSMUST00000183934 680 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Gm19610-201ENSMUST00000202894 408 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Olfr464-201ENSMUST00000074874 1084 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Rdx-201ENSMUST00000000590 4380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Trappc3-201ENSMUST00000030660 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Tef-201ENSMUST00000023024 4079 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Tmem248-202ENSMUST00000111298 3570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Pi4k2b-202ENSMUST00000031082 3034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Tmprss5-201ENSMUST00000070390 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Opn4-202ENSMUST00000168444 2075 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Stk40-202ENSMUST00000116286 3860 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Gpaa1-201ENSMUST00000023221 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Runx2-202ENSMUST00000113571 5898 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Pdlim5-211ENSMUST00000198381 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Dkk1-201ENSMUST00000025803 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Gcat-202ENSMUST00000171999 1763 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Casp8ap2-201ENSMUST00000029950 6799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Men1-205ENSMUST00000113501 2508 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Pacsin1-202ENSMUST00000097360 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Irak1-205ENSMUST00000114353 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Gata4-202ENSMUST00000118022 3374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Klhdc8b-201ENSMUST00000035232 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Cdh11-201ENSMUST00000075190 5647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Slc46a1-201ENSMUST00000001126 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Kat5-201ENSMUST00000113641 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Mdm1-204ENSMUST00000169817 2022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Hilpda-202ENSMUST00000115289 658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Gm14453-201ENSMUST00000139677 553 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Khdc3-204ENSMUST00000173734 1228 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Gm4217-201ENSMUST00000182243 1002 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Krtap5-1-202ENSMUST00000188274 742 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Gm30025-201ENSMUST00000218555 728 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Pfdn4-201ENSMUST00000063682 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Usf3-201ENSMUST00000088356 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 C130074G19Rik-201ENSMUST00000048308 3035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 4933402J07Rik-201ENSMUST00000093342 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Dlg4-201ENSMUST00000018700 3204 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Lrrc36-206ENSMUST00000216765 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Mtg2-202ENSMUST00000108901 1444 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 E030042O20Rik-201ENSMUST00000135244 1427 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Gpd1l-201ENSMUST00000084853 1436 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Sec24a-204ENSMUST00000109097 6581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Msl2-201ENSMUST00000085177 4889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Erich2-201ENSMUST00000100041 1749 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Dhx33-202ENSMUST00000108527 5184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Mrpl49-201ENSMUST00000007482 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Repin1-207ENSMUST00000163452 2959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Ddx28Q9CWT6 Rnf138-202ENSMUST00000072847 3002 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.4 ms