Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Pmm1-202ENSMUST00000071462 1059 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Mrps36-202ENSMUST00000078573 571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Aanat-205ENSMUST00000153476 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Nadk2-203ENSMUST00000100790 3665 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Plppr2-203ENSMUST00000190387 2608 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Rara-202ENSMUST00000107473 3238 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Gm16401-202ENSMUST00000197463 2074 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Pigt-201ENSMUST00000103101 2562 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Mal-202ENSMUST00000028854 2778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Cadm1-204ENSMUST00000114548 4482 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Tmem176a-201ENSMUST00000101426 1540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Atoh1-201ENSMUST00000101351 2121 ntAPPRIS P1 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Wasf1-202ENSMUST00000105509 2719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Kdm2a-202ENSMUST00000075856 7242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Haglr-201ENSMUST00000100000 2085 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Polr2i-202ENSMUST00000108192 508 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Gm4913-201ENSMUST00000117075 1290 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Gm7222-201ENSMUST00000117512 906 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Tcp1-207ENSMUST00000143961 614 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Egfl7-216ENSMUST00000174211 1163 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 AC158804.1-201ENSMUST00000219046 541 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Spr-201ENSMUST00000045986 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Slc6a8-204ENSMUST00000114467 2509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 AK157302-201ENSMUST00000104942 1924 ntAPPRIS P1 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Tcp11-202ENSMUST00000043925 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Slc27a4-201ENSMUST00000080065 4054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Ager-209ENSMUST00000174496 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Dusp4-201ENSMUST00000033930 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 9330151L19Rik-201ENSMUST00000181850 2545 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Nap1l1-201ENSMUST00000065917 1486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Ldb1-205ENSMUST00000137771 2014 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Hmgb1-208ENSMUST00000139443 923 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Gm36972-201ENSMUST00000194000 676 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Gm20383-201ENSMUST00000203799 1227 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Pts-201ENSMUST00000034570 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Dnajb8-201ENSMUST00000061866 990 ntAPPRIS P1 BASIC17.71■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Igsf8-201ENSMUST00000039506 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Tnfrsf25-202ENSMUST00000035275 1603 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Chka-202ENSMUST00000072055 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Mtcl1-202ENSMUST00000097291 7274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 9430097D07Rik-201ENSMUST00000100190 1501 ntAPPRIS P1 BASIC17.71■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Dlgap4-212ENSMUST00000169464 4851 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
Col6a1Q04857 Pdss2-201ENSMUST00000095725 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Foxp4-203ENSMUST00000113263 3156 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Bfsp2-201ENSMUST00000124310 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Sfrp2-201ENSMUST00000029625 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Prodh-201ENSMUST00000003620 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Dvl2-201ENSMUST00000019362 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Sept10-203ENSMUST00000220156 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Ddn-201ENSMUST00000075444 3740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Ccdc184-201ENSMUST00000031914 2329 ntAPPRIS P1 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Synpo-201ENSMUST00000097566 5060 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Cdc42ep3-201ENSMUST00000068958 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Zfp446-202ENSMUST00000108535 2594 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Mink1-202ENSMUST00000072873 4610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Rhof-201ENSMUST00000031401 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Cyp11b2-201ENSMUST00000167634 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Wdtc1-201ENSMUST00000043305 4191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Rhox7b-201ENSMUST00000115156 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Retsat-204ENSMUST00000176168 1203 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Vsig2-206ENSMUST00000215957 851 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 AC114585.2-202ENSMUST00000228094 426 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Miox-201ENSMUST00000023282 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Orc6-201ENSMUST00000034132 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Rhox7a-201ENSMUST00000096454 983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Wdr86-201ENSMUST00000068693 2364 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Abcb10-201ENSMUST00000075578 4306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Evx1-201ENSMUST00000031787 2877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Cyb561d2-201ENSMUST00000041459 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Synpo-205ENSMUST00000130044 4970 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 C920006O11Rik-201ENSMUST00000180974 1444 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Htr5b-201ENSMUST00000055884 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 1700029H14Rik-203ENSMUST00000134023 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Dtwd2-203ENSMUST00000163590 2857 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Gm14317-201ENSMUST00000151754 1464 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Coro2a-202ENSMUST00000107756 4154 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Vamp4-203ENSMUST00000132158 2752 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Coq8b-202ENSMUST00000108378 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Mfsd12-201ENSMUST00000044844 3971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Gm16499-203ENSMUST00000204633 2177 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Rsph3a-201ENSMUST00000097423 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Vps25-203ENSMUST00000100414 1220 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Edn3-203ENSMUST00000140908 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Rab10os-206ENSMUST00000179908 746 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Gm44872-201ENSMUST00000207864 420 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 D530014G21Rik-201ENSMUST00000208416 587 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Krtap9-3-201ENSMUST00000062683 759 ntAPPRIS P1 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Immp2l-201ENSMUST00000080160 239 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Crxos-201ENSMUST00000098801 934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Tm9sf1-205ENSMUST00000122358 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Prlhr-201ENSMUST00000051277 1572 ntAPPRIS P1 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Slc25a11-201ENSMUST00000014750 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Ltbp4-202ENSMUST00000108369 5377 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Slc1a6-201ENSMUST00000005490 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Zfyve19-201ENSMUST00000090174 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Pld2-201ENSMUST00000018429 3659 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 D17Wsu92e-203ENSMUST00000114863 3828 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Plppr5-202ENSMUST00000106473 4294 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Elk4-202ENSMUST00000086556 4433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Col6a1Q04857 Fbrsl1-202ENSMUST00000069483 4720 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 36.3 ms