Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Spata33-206ENSMUST00000212637 569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Tsr3-201ENSMUST00000063574 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Kdelr2-201ENSMUST00000110731 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Gm26560-201ENSMUST00000181240 2619 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Fam166b-201ENSMUST00000052829 1349 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Ets1-206ENSMUST00000184887 2107 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Selplg-201ENSMUST00000100874 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Fam3a-206ENSMUST00000114143 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Usp4P35123 P3h1-203ENSMUST00000102662 2977 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Ubp1-202ENSMUST00000084885 3850 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Ppp3cb-201ENSMUST00000022355 3074 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Rgma-204ENSMUST00000139780 3371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Mtmr12-201ENSMUST00000038172 6840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Usp4P35123 0610012G03Rik-201ENSMUST00000202722 1445 ntAPPRIS P1 BASIC16.87■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Esr1-203ENSMUST00000105589 2612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Mir22hg-202ENSMUST00000149940 1752 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Ldha-201ENSMUST00000005051 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Ap1m1-201ENSMUST00000003117 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Rfx5-201ENSMUST00000029772 4189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Wnt5b-202ENSMUST00000118120 2115 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Gpsm1-202ENSMUST00000066936 3384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Cdkl3-209ENSMUST00000120374 2770 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Ccdc125-202ENSMUST00000170347 1216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Mir5130-201ENSMUST00000175160 84 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Gm6728-201ENSMUST00000178117 1065 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Gm38027-201ENSMUST00000192315 235 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Rps2-ps2-201ENSMUST00000194305 881 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Hist1h2aj-201ENSMUST00000091710 352 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Grhl2-203ENSMUST00000161405 1996 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Cacna1b-204ENSMUST00000102939 9736 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
Usp4P35123 She-201ENSMUST00000050401 5733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Rrbp1-201ENSMUST00000016072 5177 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Wwox-207ENSMUST00000160862 1715 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Rfc5-201ENSMUST00000086461 2796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Ssfa2-201ENSMUST00000111784 4999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Shroom3-201ENSMUST00000113051 6435 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Rasa2-201ENSMUST00000034984 5813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Usp4P35123 St8sia5-201ENSMUST00000075290 1841 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Npdc1-202ENSMUST00000071442 1485 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Gm10501-201ENSMUST00000151136 2200 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Fnbp1-204ENSMUST00000100208 1859 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Rpn2-201ENSMUST00000029171 2621 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Shq1-202ENSMUST00000113312 6816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Trmo-201ENSMUST00000030015 1527 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Cd40-202ENSMUST00000073707 1596 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Chst14-202ENSMUST00000110837 1991 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Nfkbie-201ENSMUST00000024742 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Gapdh-202ENSMUST00000117757 1273 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Usp4P35123 D3Ertd751e-205ENSMUST00000120167 773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
Usp4P35123 AA414768-201ENSMUST00000121924 1257 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Casp3-203ENSMUST00000210534 583 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Ugcg-201ENSMUST00000030074 4012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Msl1-201ENSMUST00000037915 4593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Gabrb3-201ENSMUST00000039697 5579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Smox-208ENSMUST00000110188 1991 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Iars2-201ENSMUST00000027921 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Actl10-201ENSMUST00000104928 1501 ntAPPRIS P1 BASIC16.86■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Actl10-202ENSMUST00000226583 1501 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Rnf145-201ENSMUST00000019333 3570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Tpd52-205ENSMUST00000120143 6317 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Hdac2-202ENSMUST00000105510 3250 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Pdia3-201ENSMUST00000028683 2770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Tfap2c-201ENSMUST00000030391 2838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Gcat-202ENSMUST00000171999 1763 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Dok2-201ENSMUST00000022698 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Chpf-202ENSMUST00000094818 3065 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Txnrd3-202ENSMUST00000101171 2494 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Olfr279-201ENSMUST00000050451 933 ntAPPRIS P1 BASIC16.85■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Prss27-201ENSMUST00000059482 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Olfr464-201ENSMUST00000074874 1084 ntAPPRIS P1 BASIC16.85■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Gm10819-201ENSMUST00000099988 561 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Khdc1c-201ENSMUST00000070223 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Usp4P35123 St7l-211ENSMUST00000200132 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Chst8-204ENSMUST00000205259 1980 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Ppp1r1b-204ENSMUST00000137634 1343 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Ggt6-202ENSMUST00000100903 1387 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Ppp2r5e-201ENSMUST00000021447 4810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Tpm2-202ENSMUST00000107913 2098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Mrps2-201ENSMUST00000038600 2080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Ptgs1-201ENSMUST00000062069 2867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Rsu1-201ENSMUST00000028059 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Arfgap2-202ENSMUST00000080008 3068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Rassf7-208ENSMUST00000209500 1560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Ascl2-201ENSMUST00000009392 1605 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Usp4P35123 R74862-202ENSMUST00000133630 2482 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Fam199x-201ENSMUST00000047852 8299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Sirt6-202ENSMUST00000119324 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Gm12866-201ENSMUST00000128998 1671 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Dock1-206ENSMUST00000211593 2589 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Usp4P35123 E330011M16Rik-201ENSMUST00000193614 1794 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
Usp4P35123 AC154412.1-201ENSMUST00000226540 2786 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
Usp4P35123 AC163637.1-201ENSMUST00000215491 1894 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Prodh2-201ENSMUST00000058280 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Chaf1b-201ENSMUST00000023666 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Pigb-207ENSMUST00000184389 2079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Usp4P35123 App-202ENSMUST00000226232 3120 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Mfge8-201ENSMUST00000032825 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Adck1-204ENSMUST00000222695 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Ppfia3-207ENSMUST00000211067 4565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
Usp4P35123 Hnrnpm-205ENSMUST00000139302 2428 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.9 ms