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| NAE1 | Q13564 | CFH-202 | ENST00000367429 | 4127 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | Y_RNA.187-201 | ENST00000363918 | 113 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | SNORD115-32-201 | ENST00000364079 | 82 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | U8.10-201 | ENST00000384260 | 133 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
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| NAE1 | Q13564 | AC006026.1-201 | ENST00000444025 | 1803 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | Z82209.1-201 | ENST00000422141 | 2135 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | AL136360.1-201 | ENST00000503377 | 1900 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | RTL4-201 | ENST00000340433 | 2613 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | SNORA38-201 | ENST00000363946 | 132 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
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| NAE1 | Q13564 | Y_RNA.419-201 | ENST00000384041 | 102 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | Y_RNA.451-201 | ENST00000384200 | 100 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
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| NAE1 | Q13564 | RNU6-1093P-201 | ENST00000391194 | 107 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
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| NAE1 | Q13564 | AC022493.2-201 | ENST00000506122 | 481 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | RNU7-175P-201 | ENST00000515915 | 61 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
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| NAE1 | Q13564 | AL157688.1-201 | ENST00000555990 | 369 nt | TSL 3 BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | LUZP6-201 | ENST00000589735 | 177 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | ZNF271P-202 | ENST00000465539 | 1970 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
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| NAE1 | Q13564 | MTND5P10-201 | ENST00000603719 | 1809 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | LCORL-202 | ENST00000382224 | 4984 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | XPO4-202 | ENST00000400602 | 9884 nt | APPRIS ALT1 TSL 5 BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | MIR6073-201 | ENST00000352083 | 89 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | GAGE12B-201 | ENST00000361446 | 117 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | Y_RNA.146-201 | ENST00000363549 | 102 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | Y_RNA.431-201 | ENST00000384086 | 102 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | RNU6-17P-201 | ENST00000384245 | 107 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | RNU6-18P-201 | ENST00000384527 | 107 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | MIR144-201 | ENST00000384886 | 86 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | MIR487A-201 | ENST00000385009 | 80 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | Y_RNA.579-201 | ENST00000390939 | 94 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | CBX3P6-201 | ENST00000430257 | 527 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | LINC02064-201 | ENST00000506492 | 470 nt | TSL 5 BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | RNA5SP82-201 | ENST00000516707 | 92 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | HSPE1P18-201 | ENST00000517602 | 280 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | LINC01570-201 | ENST00000561572 | 434 nt | TSL 3 BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | DISC1FP1-204 | ENST00000563681 | 466 nt | TSL 3 BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | SUB1P3-201 | ENST00000564581 | 315 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | MIR3162-201 | ENST00000581818 | 82 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | LINC01533-205 | ENST00000593056 | 607 nt | TSL 3 BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC023490.3-201 | ENST00000621762 | 358 nt | TSL 3 BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | COMMD6-213 | ENST00000626103 | 120 nt | TSL 5 BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | AP000550.4-201 | ENST00000639507 | 358 nt | TSL 3 BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| NAE1 | Q13564 | CEP44-203 | ENST00000426172 | 3037 nt | TSL 5 BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.04 | | |
| NAE1 | Q13564 | EYS-211 | ENST00000503581 | 10589 nt | APPRIS P3 TSL 5 BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| NAE1 | Q13564 | ZMYM1-203 | ENST00000373330 | 4203 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| NAE1 | Q13564 | SENP7-205 | ENST00000394091 | 4434 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| NAE1 | Q13564 | MIR21-201 | ENST00000362134 | 72 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |