Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 TRAJ49-201ENST00000390488 56 ntAPPRIS P1 BASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 SNORA46.1-201ENST00000391069 153 ntBASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 RNU6-174P-201ENST00000410406 106 ntBASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 RNU2-8P-201ENST00000410727 190 ntBASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 EEF1A1P40-201ENST00000412883 573 ntBASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 AC005482.1-201ENST00000420758 575 ntTSL 4 BASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 KCNJ6-AS1-201ENST00000435001 357 ntTSL 5 BASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 NEFMP1-201ENST00000443423 1006 ntBASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 RPL37P6-201ENST00000460682 294 ntBASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 GMFBP1-201ENST00000467831 427 ntBASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 RPL7P43-201ENST00000478876 753 ntBASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 LINC02046-202ENST00000481334 390 ntTSL 3 BASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 AC026780.2-201ENST00000503489 730 ntTSL 5 BASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 LINC02514-201ENST00000509058 498 ntTSL 3 BASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 MIR449C-201ENST00000516047 92 ntBASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 RNU6-273P-201ENST00000516937 96 ntBASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 SKP1-203ENST00000517625 876 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 AF235103.2-201ENST00000525753 346 ntBASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 AP003034.1-201ENST00000534621 422 ntBASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 AL445074.1-201ENST00000555362 318 ntTSL 2 BASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 AC015720.1-201ENST00000565251 277 ntBASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 AC087463.2-201ENST00000565943 472 ntTSL 3 BASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 MIR4765-201ENST00000585007 77 ntBASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 MIR3942-201ENST00000585264 109 ntBASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 AL162413.1-201ENST00000603198 110 ntBASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 RNU6-89P-201ENST00000606519 100 ntBASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 AC022709.1-201ENST00000615967 87 ntBASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 AL359314.1-201ENST00000616913 261 ntBASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 AC006504.8-201ENST00000621046 635 ntBASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 AC091932.3-201ENST00000624223 323 ntBASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 AC091895.1-201ENST00000624494 256 ntBASIC1.78□□□□□ -2.12
SHHQ15465 ZBBX-205ENST00000455345 3185 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 EYS-205ENST00000393380 5450 ntTSL 1 (best) BASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 FSD1L-201ENST00000374707 7062 ntTSL 1 (best) BASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 OR4G1P-203ENST00000641984 1631 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 Y_RNA.58-201ENST00000362807 102 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 RNU6-1097P-201ENST00000363586 107 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 Y_RNA.154-201ENST00000363624 102 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 RNY3P1-201ENST00000365085 102 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 RNU6-53P-201ENST00000365367 106 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 RNY3-201ENST00000365484 102 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 TSHB-202ENST00000369517 474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 Y_RNA.490-201ENST00000384413 102 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 Y_RNA.529-201ENST00000384586 119 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 MIR578-201ENST00000384828 96 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 MIR218-1-201ENST00000384999 110 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 MIR514A2-201ENST00000385131 88 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 MIR514A3-201ENST00000385132 88 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 SNORA16.2-201ENST00000390991 127 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 RNU6-817P-201ENST00000391083 104 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 MDM2-208ENST00000393410 732 ntTSL 1 (best) BASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 RNU4-14P-201ENST00000410858 122 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 AC012370.1-201ENST00000419244 530 ntTSL 3 BASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 AC005062.1-206ENST00000424516 710 ntTSL 3 BASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 EIF4EP4-201ENST00000424916 578 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 AL669831.1-202ENST00000428504 417 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 GTF2IP13-201ENST00000438487 386 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 AL161651.1-201ENST00000440882 223 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 BRK1P2-201ENST00000442875 223 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 AC069542.1-201ENST00000445235 557 ntTSL 3 BASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 AC046136.1-201ENST00000459855 533 ntTSL 3 BASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 HMGN2P26-201ENST00000463169 339 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 AC069528.1-201ENST00000490344 705 ntTSL 3 BASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 AC018437.1-201ENST00000492214 406 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 RNU4ATAC8P-201ENST00000516196 109 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 RNU6-1153P-201ENST00000516760 105 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 RNU2-44P-201ENST00000516795 194 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 RNU1-92P-201ENST00000517017 135 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 AP005660.1-201ENST00000522972 293 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 CENPUP1-201ENST00000526649 1202 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 AP003498.1-201ENST00000532530 347 ntTSL 3 BASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 BNIP3P6-201ENST00000549284 499 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 ADI1P3-201ENST00000549509 470 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 MIR4419B-201ENST00000577260 68 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 BNIP3P25-201ENST00000596023 559 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 AC073539.2-201ENST00000597113 165 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 AC012493.3-201ENST00000604494 112 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 MIR15A-201ENST00000607334 83 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 AC022893.3-201ENST00000607665 437 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 AC012409.4-201ENST00000612923 249 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 MIR6515-201ENST00000619843 57 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 CYLC1-202ENST00000621735 379 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 AC009033.1-201ENST00000624279 431 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 GPR22-201ENST00000304402 2942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.77□□□□□ -2.13
SHHQ15465 SHOC2-201ENST00000265277 3691 ntTSL 2 BASIC1.76□□□□□ -2.13
SHHQ15465 XIRP2-201ENST00000295237 5246 ntTSL 2 BASIC1.76□□□□□ -2.13
SHHQ15465 ZNF209P-201ENST00000593450 2304 ntBASIC1.76□□□□□ -2.13
SHHQ15465 Y_RNA.132-201ENST00000363421 102 ntBASIC1.76□□□□□ -2.13
SHHQ15465 RNU6-960P-201ENST00000364056 120 ntBASIC1.76□□□□□ -2.13
SHHQ15465 SNORD81.2-201ENST00000365153 76 ntBASIC1.76□□□□□ -2.13
SHHQ15465 RNU4-66P-201ENST00000365199 138 ntBASIC1.76□□□□□ -2.13
SHHQ15465 Y_RNA.373-201ENST00000365600 103 ntBASIC1.76□□□□□ -2.13
SHHQ15465 Y_RNA.473-201ENST00000384333 102 ntBASIC1.76□□□□□ -2.13
SHHQ15465 RNU1-148P-201ENST00000384472 162 ntBASIC1.76□□□□□ -2.13
SHHQ15465 RNU6-1127P-201ENST00000384580 107 ntBASIC1.76□□□□□ -2.13
SHHQ15465 MIR17-201ENST00000385012 84 ntBASIC1.76□□□□□ -2.13
SHHQ15465 SNORA67.6-201ENST00000391093 99 ntBASIC1.76□□□□□ -2.13
SHHQ15465 RNU2-62P-201ENST00000410868 191 ntBASIC1.76□□□□□ -2.13
SHHQ15465 AL356379.1-201ENST00000414105 126 ntBASIC1.76□□□□□ -2.13
SHHQ15465 RAC1P6-201ENST00000423911 575 ntBASIC1.76□□□□□ -2.13
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