| RUNX3 | Q13761 | AL358075.3-201 | ENST00000426289 | 226 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL139397.1-201 | ENST00000430456 | 644 nt | TSL 2 BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL353680.1-201 | ENST00000433788 | 337 nt | TSL 3 BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CR769767.1-201 | ENST00000436337 | 346 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | IFNA20P-201 | ENST00000436840 | 528 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TRBVA-201 | ENST00000498804 | 316 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL359273.1-202 | ENST00000505585 | 905 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-875P-201 | ENST00000516488 | 106 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1332P-201 | ENST00000516666 | 104 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-256P-201 | ENST00000516747 | 97 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ACA59.2-201 | ENST00000517061 | 156 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MDM2-221 | ENST00000517852 | 393 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC025524.1-201 | ENST00000518489 | 606 nt | TSL 4 BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ZNF436-AS1-205 | ENST00000518600 | 376 nt | TSL 5 BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC090568.2-205 | ENST00000518631 | 576 nt | TSL 4 BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AP004607.1-201 | ENST00000524456 | 203 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CYCSP27-201 | ENST00000527643 | 293 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | GLYCAM1-201 | ENST00000546596 | 285 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL121821.1-201 | ENST00000557067 | 530 nt | TSL 3 BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC02253-201 | ENST00000559321 | 448 nt | TSL 2 BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC007151.1-201 | ENST00000572774 | 483 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ELOCP5-201 | ENST00000604924 | 333 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-85P-201 | ENST00000605989 | 107 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.783-201 | ENST00000613546 | 102 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SCARNA4-202 | ENST00000625402 | 129 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Clostridiales-1.2-201 | ENST00000636724 | 160 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ZBTB6-201 | ENST00000373659 | 4106 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OR8K3-203 | ENST00000641662 | 2438 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SHOC2-201 | ENST00000265277 | 3691 nt | TSL 2 BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CDK1-209 | ENST00000614696 | 1884 nt | TSL 5 BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNHG14-215 | ENST00000551631 | 4008 nt | TSL 5 BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-78P-201 | ENST00000362897 | 107 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1159P-201 | ENST00000362933 | 107 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.135-201 | ENST00000363439 | 95 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD113-7-201 | ENST00000363762 | 77 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.212-201 | ENST00000364177 | 102 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU5E-4P-201 | ENST00000364931 | 120 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL356432.1-201 | ENST00000405809 | 419 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RAP1BP3-201 | ENST00000407180 | 549 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNA5SP181-201 | ENST00000410246 | 98 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MTND3P8-201 | ENST00000412909 | 339 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD56-201 | ENST00000413522 | 71 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC01853-201 | ENST00000417715 | 444 nt | TSL 3 BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC093151.3-203 | ENST00000422305 | 514 nt | TSL 3 BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PTGES3P4-201 | ENST00000426243 | 356 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC004383.1-201 | ENST00000438135 | 289 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC092755.1-201 | ENST00000441746 | 97 nt | TSL 3 BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC02264-201 | ENST00000442020 | 576 nt | TSL 3 BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MTCO2P3-201 | ENST00000442543 | 421 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OSTCP8-201 | ENST00000445117 | 448 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MTND5P20-201 | ENST00000448677 | 143 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MTND3P10-201 | ENST00000450967 | 341 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL034345.2-203 | ENST00000453417 | 383 nt | TSL 3 BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ANKRD20A9P-201 | ENST00000457997 | 2978 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU7-138P-201 | ENST00000459479 | 64 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MRPL42P6-201 | ENST00000486397 | 371 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC069528.1-201 | ENST00000490344 | 705 nt | TSL 3 BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC103851.1-201 | ENST00000506833 | 274 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC121154.1-201 | ENST00000507299 | 430 nt | TSL 3 BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC079140.5-201 | ENST00000507882 | 310 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LIAS-206 | ENST00000513731 | 826 nt | TSL 5 BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SCARNA17.1-201 | ENST00000516211 | 143 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SCARNA17.2-201 | ENST00000516334 | 143 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU7-30P-201 | ENST00000516835 | 62 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.702-201 | ENST00000516843 | 96 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC104576.1-201 | ENST00000524225 | 88 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC008115.2-201 | ENST00000539988 | 241 nt | TSL 3 BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | DISC1FP1-204 | ENST00000563681 | 466 nt | TSL 3 BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ZNF616-202 | ENST00000596290 | 568 nt | TSL 4 BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC064836.2-201 | ENST00000609491 | 462 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SCARNA17.4-201 | ENST00000614296 | 143 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL138726.1-201 | ENST00000614873 | 333 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ZNF271P-202 | ENST00000465539 | 1970 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AK9-203 | ENST00000368948 | 2478 nt | TSL 5 BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CFH-202 | ENST00000367429 | 4127 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SCN7A-201 | ENST00000409855 | 7183 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-428P-201 | ENST00000362942 | 107 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.166-201 | ENST00000363730 | 102 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR583-201 | ENST00000384846 | 75 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL139156.1-201 | ENST00000412785 | 841 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC007314.1-201 | ENST00000414538 | 565 nt | TSL 4 BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL117339.3-201 | ENST00000418733 | 162 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL356277.2-201 | ENST00000421318 | 441 nt | TSL 2 BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPS15AP7-201 | ENST00000439294 | 405 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL359853.2-201 | ENST00000442108 | 353 nt | TSL 2 BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL360091.2-201 | ENST00000446847 | 650 nt | TSL 5 BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MTND4P17-201 | ENST00000470444 | 350 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AKIRIN2P1-201 | ENST00000505898 | 352 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC096711.2-201 | ENST00000510592 | 454 nt | TSL 5 BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC092436.3-201 | ENST00000511788 | 257 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPL39P5-202 | ENST00000512505 | 151 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC110009.1-201 | ENST00000512965 | 451 nt | TSL 5 BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORA31.6-201 | ENST00000516241 | 130 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RN7SKP256-201 | ENST00000517201 | 314 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | COPS8P3-201 | ENST00000526024 | 482 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AP005639.2-201 | ENST00000527592 | 928 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC090592.1-203 | ENST00000533942 | 575 nt | TSL 3 BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MYL12BP1-201 | ENST00000569826 | 507 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC131274.4-201 | ENST00000577879 | 398 nt | TSL 3 BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC103810.1-201 | ENST00000579873 | 453 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |