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| HOXD1 | Q9GZZ0 | RNU6-942P-201 | ENST00000363002 | 107 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | MIR27B-201 | ENST00000385129 | 97 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | EIF4E2P1-201 | ENST00000393781 | 255 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | AL122016.1-201 | ENST00000403365 | 367 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
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| HOXD1 | Q9GZZ0 | ZBED5-201 | ENST00000413761 | 2512 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | EYS-211 | ENST00000503581 | 10589 nt | APPRIS P3 TSL 5 BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
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| HOXD1 | Q9GZZ0 | XPO4-202 | ENST00000400602 | 9884 nt | APPRIS ALT1 TSL 5 BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | AC005336.3-201 | ENST00000623833 | 2679 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | AC121333.1-201 | ENST00000567488 | 2709 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | PCDH11Y-201 | ENST00000215473 | 4595 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | Y_RNA.160-201 | ENST00000363677 | 92 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | U3.12-201 | ENST00000364498 | 214 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | MIR196B-201 | ENST00000384852 | 84 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | SNORD73A-201 | ENST00000386062 | 65 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
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| HOXD1 | Q9GZZ0 | AL133475.1-201 | ENST00000404414 | 305 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | RAP1BP3-201 | ENST00000407180 | 549 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | SNORD56-201 | ENST00000413522 | 71 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | AC092660.1-201 | ENST00000420648 | 371 nt | TSL 2 BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | AL513185.2-201 | ENST00000425543 | 193 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | AC092427.1-202 | ENST00000430569 | 476 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | ARL5AP4-201 | ENST00000430731 | 512 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | PRDX4P1-201 | ENST00000507189 | 574 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | BMPR1B-AS1-201 | ENST00000510795 | 511 nt | TSL 3 BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | AC008869.1-201 | ENST00000510938 | 442 nt | TSL 2 BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
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| HOXD1 | Q9GZZ0 | SNORA43.2-201 | ENST00000516652 | 128 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
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| HOXD1 | Q9GZZ0 | LINC01195-201 | ENST00000570118 | 451 nt | TSL 3 BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
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| HOXD1 | Q9GZZ0 | AC087749.2-201 | ENST00000583910 | 352 nt | TSL 5 BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | OR1M4P-201 | ENST00000589199 | 287 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | AC159540.2-206 | ENST00000619371 | 355 nt | TSL 3 BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | ZBTB6-201 | ENST00000373659 | 4106 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | ZNF519P1-201 | ENST00000449011 | 1626 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.04 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | CHD1-201 | ENST00000284049 | 6457 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.04 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | UHMK1-204 | ENST00000545294 | 8117 nt | TSL 2 BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.04 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | FAR1-204 | ENST00000532502 | 5820 nt | TSL 2 BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | RNU6-78P-201 | ENST00000362897 | 107 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | RNA5SP456-201 | ENST00000364002 | 114 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | RNU5E-7P-201 | ENST00000365290 | 117 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | RNU6-19P-201 | ENST00000384718 | 107 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | U3.26-201 | ENST00000391236 | 204 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | MIR450B-201 | ENST00000401182 | 78 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | RNU2-52P-201 | ENST00000410680 | 190 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | AC096649.2-201 | ENST00000416186 | 393 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | AC009161.1-201 | ENST00000417306 | 376 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | PTGES3P4-201 | ENST00000426243 | 356 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | AC004383.1-201 | ENST00000438135 | 289 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | AL031659.1-201 | ENST00000447075 | 539 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | AL031274.1-201 | ENST00000450334 | 232 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | RNU7-66P-201 | ENST00000459469 | 62 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | RPL31P41-201 | ENST00000477967 | 372 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | AC096576.1-201 | ENST00000489014 | 359 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | GZMAP1-201 | ENST00000503054 | 631 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | MTCO2P30-201 | ENST00000503662 | 364 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | RNA5SP356-201 | ENST00000515972 | 94 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | SCARNA17.1-201 | ENST00000516211 | 143 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | SCARNA17.2-201 | ENST00000516334 | 143 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | RNU6-273P-201 | ENST00000516937 | 96 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | AC091944.1-201 | ENST00000521984 | 449 nt | TSL 3 BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | AC078889.1-201 | ENST00000536412 | 523 nt | TSL 2 BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| HOXD1 | Q9GZZ0 | PSMA3P-201 | ENST00000555485 | 635 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |