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| UPP1 | Q16831 | RNU1-105P-201 | ENST00000363470 | 161 nt | BASIC | 2.42 | □□□□□ -2.02 | | |
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| UPP1 | Q16831 | HSFY1-201 | ENST00000307393 | 1444 nt | APPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC | 2.42 | □□□□□ -2.02 | | |
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| UPP1 | Q16831 | VPS54-202 | ENST00000354504 | 3594 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
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| UPP1 | Q16831 | OR51A4-201 | ENST00000380373 | 1002 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
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| UPP1 | Q16831 | MIR767-201 | ENST00000390228 | 109 nt | BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
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| UPP1 | Q16831 | SMIM2-AS1-204 | ENST00000619472 | 746 nt | TSL 3 BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
| UPP1 | Q16831 | MIR6873-201 | ENST00000622788 | 63 nt | BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
| UPP1 | Q16831 | LUZP4-201 | ENST00000371920 | 1701 nt | APPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
| UPP1 | Q16831 | ZCCHC10-202 | ENST00000355372 | 2160 nt | APPRIS ALT2 TSL 2 BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
| UPP1 | Q16831 | AC093536.2-201 | ENST00000565257 | 1406 nt | BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
| UPP1 | Q16831 | GPBP1-201 | ENST00000264779 | 1786 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
| UPP1 | Q16831 | AC110491.1-201 | ENST00000562191 | 2010 nt | BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
| UPP1 | Q16831 | CCDC66-201 | ENST00000326595 | 3027 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.02 | | |
| UPP1 | Q16831 | OR13G1-202 | ENST00000642119 | 2568 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.02 | | |
| UPP1 | Q16831 | Y_RNA.256-201 | ENST00000364594 | 104 nt | BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| UPP1 | Q16831 | RNU6-1303P-201 | ENST00000364841 | 107 nt | BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| UPP1 | Q16831 | RNU4-20P-201 | ENST00000365601 | 151 nt | BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| UPP1 | Q16831 | Z98749.2-208 | ENST00000381646 | 500 nt | BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| UPP1 | Q16831 | RNU6-45P-201 | ENST00000384471 | 107 nt | BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| UPP1 | Q16831 | SNORA16.2-201 | ENST00000390991 | 127 nt | BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| UPP1 | Q16831 | SNORD70.1-201 | ENST00000391007 | 85 nt | BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| UPP1 | Q16831 | MDM2-210 | ENST00000393413 | 657 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| UPP1 | Q16831 | CIR1P3-201 | ENST00000405137 | 479 nt | BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |