Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 ZNF573-209ENST00000585724 453 ntTSL 5 BASIC2.04□□□□□ -2.08
SHHQ15465 AC083798.2-205ENST00000608015 575 ntTSL 5 BASIC2.04□□□□□ -2.08
SHHQ15465 AC007684.1-201ENST00000609671 477 ntBASIC2.04□□□□□ -2.08
SHHQ15465 OR5AK4P-201ENST00000635912 903 ntBASIC2.04□□□□□ -2.08
SHHQ15465 AC099654.12-201ENST00000639868 649 ntBASIC2.04□□□□□ -2.08
SHHQ15465 HAS2-201ENST00000303924 4190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.04□□□□□ -2.08
SHHQ15465 OR8K3-203ENST00000641662 2438 ntAPPRIS P1 BASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 SPAM1-206ENST00000460182 2154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 CCDC82-202ENST00000423339 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 CEP57L1-203ENST00000368970 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 CCDC30-201ENST00000340612 2664 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 RNU6-637P-201ENST00000384050 107 ntBASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 RNU6-114P-201ENST00000384704 105 ntBASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 SNORD115-47-201ENST00000391226 86 ntBASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 AL109755.1-201ENST00000401791 649 ntBASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 AL160162.1-202ENST00000417654 244 ntTSL 3 BASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 C1DP2-201ENST00000418167 426 ntBASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 BX005214.1-201ENST00000427327 476 ntTSL 5 BASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 AC064852.1-201ENST00000427571 851 ntTSL 3 BASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 AC093106.2-201ENST00000428212 385 ntBASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 AL596220.1-202ENST00000429768 314 ntTSL 3 BASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 RPL23AP30-201ENST00000432419 501 ntBASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 RPL35AP22-201ENST00000436855 335 ntBASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 HMGB1P31-201ENST00000437242 427 ntBASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 AC015983.2-201ENST00000446053 472 ntTSL 3 BASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 PLCH1-AS2-201ENST00000472913 408 ntTSL 2 BASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 AC021382.1-201ENST00000483523 359 ntBASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 AC007182.2-201ENST00000489251 402 ntBASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 AC024589.1-201ENST00000512207 263 ntBASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 APELA-204ENST00000515275 551 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 RNU6ATAC13P-201ENST00000516152 131 ntBASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 AC022616.6-201ENST00000520479 119 ntBASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 AC100778.1-201ENST00000583579 332 ntTSL 3 BASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 TCF4-AS2-201ENST00000586467 445 ntTSL 2 BASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 AC068790.3-201ENST00000602988 553 ntBASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 AL590491.2-201ENST00000614608 499 ntTSL 5 BASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 AC138649.3-201ENST00000622154 254 ntBASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 AL136313.1-201ENST00000624804 202 ntBASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 THOC2-216ENST00000491737 4452 ntTSL 5 BASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 CCSAP-202ENST00000366686 4399 ntTSL 2 BASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 EBAG9-210ENST00000620557 2186 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 FSIP2-206ENST00000611759 3882 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC2.03□□□□□ -2.08
SHHQ15465 CATSPERB-201ENST00000256343 3623 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC2.03□□□□□ -2.09
SHHQ15465 SCN7A-201ENST00000409855 7183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 ESF1-202ENST00000617257 1470 ntTSL 5 BASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 AC010329.5-201ENST00000623497 2174 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 Y_RNA.256-201ENST00000364594 104 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 Y_RNA.303-201ENST00000364998 94 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 Y_RNA.327-201ENST00000365201 102 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 RNU6-606P-201ENST00000384721 111 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 MIR888-201ENST00000401186 77 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 AL356421.1-201ENST00000403255 413 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 Y_RNA.598-201ENST00000410480 95 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 AL358453.1-201ENST00000422522 250 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 AL596276.1-201ENST00000434465 418 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 DDX3P2-201ENST00000446138 111 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 AC004888.1-201ENST00000450480 547 ntTSL 2 BASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 AL033528.1-201ENST00000453780 140 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 LINC00374-201ENST00000454780 800 ntTSL 3 BASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 AL445465.2-201ENST00000455530 461 ntTSL 2 BASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 AC092264.1-201ENST00000456002 713 ntTSL 5 BASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 AC092989.1-201ENST00000481235 277 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 AC055855.1-201ENST00000489563 579 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 RPS29P11-201ENST00000496507 171 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 AC008883.2-201ENST00000505796 414 ntTSL 3 BASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 AC022447.3-201ENST00000506865 495 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 AC091133.4-201ENST00000511142 308 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 LINC01256-201ENST00000513270 508 ntTSL 2 BASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 RNA5SP216-201ENST00000516111 123 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 AC026991.1-201ENST00000520815 463 ntTSL 3 BASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 HMGN1P28-201ENST00000521340 364 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 AC022039.1-201ENST00000527110 488 ntTSL 2 BASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 AC090124.2-201ENST00000527727 563 ntTSL 4 BASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 FAM92A1P1-201ENST00000528023 890 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 AP003781.1-201ENST00000543403 404 ntTSL 3 BASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 AC068993.2-201ENST00000546563 395 ntTSL 5 BASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 MIR3117-201ENST00000584034 78 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 AL391646.1-201ENST00000603860 190 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 AP000860.1-201ENST00000605250 559 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 AL512598.1-201ENST00000610158 273 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 AL449363.1-201ENST00000617815 186 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 SEPT14P19-203ENST00000633205 211 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 MTND1P37-201ENST00000636562 264 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 TRIQK-212ENST00000520686 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 EYS-202ENST00000342421 2168 ntTSL 1 (best) BASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 AC005336.3-201ENST00000623833 2679 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
SHHQ15465 LRRCC1-202ENST00000414626 4493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.01□□□□□ -2.09
SHHQ15465 MIER3-202ENST00000381199 5188 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC2.01□□□□□ -2.09
SHHQ15465 COMMD6-201ENST00000355801 486 ntTSL 2 BASIC2.01□□□□□ -2.09
SHHQ15465 Y_RNA.159-201ENST00000363674 87 ntBASIC2.01□□□□□ -2.09
SHHQ15465 RNU6-1078P-201ENST00000364522 103 ntBASIC2.01□□□□□ -2.09
SHHQ15465 C6orf62-201ENST00000378102 741 ntTSL 5 BASIC2.01□□□□□ -2.09
SHHQ15465 RNU6-39P-201ENST00000384344 107 ntBASIC2.01□□□□□ -2.09
SHHQ15465 RNU6-1072P-201ENST00000384703 107 ntBASIC2.01□□□□□ -2.09
SHHQ15465 RNU6-443P-201ENST00000384780 107 ntBASIC2.01□□□□□ -2.09
SHHQ15465 MIR1305-201ENST00000408300 86 ntBASIC2.01□□□□□ -2.09
SHHQ15465 RNU6ATAC16P-201ENST00000408591 138 ntBASIC2.01□□□□□ -2.09
SHHQ15465 MTCO3P30-201ENST00000426425 670 ntBASIC2.01□□□□□ -2.09
SHHQ15465 SNRPEP7-201ENST00000438350 220 ntBASIC2.01□□□□□ -2.09
SHHQ15465 AC097347.1-201ENST00000438499 517 ntTSL 3 BASIC2.01□□□□□ -2.09
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