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| RUNX3 | Q13761 | ZNFX1-AS1_2.1-201 | ENST00000610973 | 93 nt | BASIC | 2.39 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | DCAF17-212 | ENST00000611110 | 975 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.39 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC012409.4-201 | ENST00000612923 | 249 nt | BASIC | 2.39 | □□□□□ -2.03 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC005609.4-201 | ENST00000625071 | 447 nt | BASIC | 2.39 | □□□□□ -2.03 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | MTND5P17-201 | ENST00000418405 | 1603 nt | BASIC | 2.39 | □□□□□ -2.03 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AL596276.1-201 | ENST00000434465 | 418 nt | BASIC | 2.38 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC022364.2-201 | ENST00000457963 | 554 nt | BASIC | 2.38 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU7-63P-201 | ENST00000459054 | 62 nt | BASIC | 2.38 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-953P-201 | ENST00000459154 | 107 nt | BASIC | 2.38 | □□□□□ -2.03 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | RNU6-928P-201 | ENST00000516876 | 104 nt | BASIC | 2.38 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-677P-201 | ENST00000516914 | 101 nt | BASIC | 2.38 | □□□□□ -2.03 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC068205.1-204 | ENST00000532989 | 481 nt | TSL 3 BASIC | 2.38 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC025030.2-201 | ENST00000552558 | 567 nt | TSL 2 BASIC | 2.38 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | DNAJC8P1-201 | ENST00000554535 | 372 nt | BASIC | 2.38 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL157687.1-201 | ENST00000554853 | 619 nt | BASIC | 2.38 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC009163.5-201 | ENST00000575421 | 637 nt | BASIC | 2.38 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR4703-201 | ENST00000577728 | 79 nt | BASIC | 2.38 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MTCO3P13-201 | ENST00000577757 | 781 nt | BASIC | 2.38 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC005909.1-201 | ENST00000577835 | 755 nt | TSL 3 BASIC | 2.38 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC022893.3-201 | ENST00000607665 | 437 nt | BASIC | 2.38 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC01515-217 | ENST00000620859 | 694 nt | TSL 5 BASIC | 2.38 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC068544.1-201 | ENST00000635064 | 248 nt | TSL 5 BASIC | 2.38 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR1321-201 | ENST00000637766 | 79 nt | BASIC | 2.38 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC114316.2-202 | ENST00000502934 | 2957 nt | TSL 2 BASIC | 2.38 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC103710.2-202 | ENST00000641454 | 2853 nt | BASIC | 2.38 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | NXPE1-204 | ENST00000536271 | 2289 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.38 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.9-201 | ENST00000362354 | 101 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-451P-201 | ENST00000362921 | 107 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.89-201 | ENST00000363031 | 102 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1322P-201 | ENST00000364309 | 107 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.402-201 | ENST00000383972 | 102 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-190P-201 | ENST00000384154 | 102 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-140P-201 | ENST00000384566 | 108 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MTND1P23-201 | ENST00000416931 | 372 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | USP9YP27-201 | ENST00000418455 | 438 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC073311.1-201 | ENST00000420146 | 505 nt | TSL 5 BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ZNF863P-201 | ENST00000426746 | 417 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AP001117.1-201 | ENST00000428205 | 609 nt | TSL 2 BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL592045.1-201 | ENST00000429867 | 352 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC00844-201 | ENST00000432535 | 477 nt | TSL 2 BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL591212.2-201 | ENST00000433923 | 257 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FABP5P13-201 | ENST00000452144 | 328 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC116666.1-201 | ENST00000453915 | 551 nt | TSL 5 BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL844175.1-201 | ENST00000455153 | 323 nt | TSL 5 BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU7-182P-201 | ENST00000459009 | 62 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MTCO3P38-201 | ENST00000468910 | 766 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPS29P25-201 | ENST00000481709 | 171 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC079467.1-201 | ENST00000508512 | 503 nt | TSL 3 BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1281P-201 | ENST00000516223 | 105 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-685P-201 | ENST00000517088 | 95 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SUB1P1-201 | ENST00000524415 | 382 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC109635.3-201 | ENST00000529536 | 185 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RANP3-201 | ENST00000530970 | 276 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC021979.1-201 | ENST00000553822 | 336 nt | TSL 3 BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC009145.1-201 | ENST00000563230 | 433 nt | TSL 3 BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC104365.1-201 | ENST00000588835 | 394 nt | TSL 5 BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC022335.1-204 | ENST00000590779 | 600 nt | APPRIS ALT2 TSL 2 BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC007001.1-201 | ENST00000590912 | 670 nt | TSL 5 BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FTX_3.1-201 | ENST00000610451 | 147 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC034238.1-213 | ENST00000611148 | 150 nt | TSL 5 BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RMST_3.1-201 | ENST00000611651 | 109 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL359198.2-201 | ENST00000611836 | 194 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL354950.2-201 | ENST00000617939 | 290 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | YWHAEP7-203 | ENST00000622054 | 312 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | EFCAB5-213 | ENST00000638539 | 168 nt | TSL 5 BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC091564.4-201 | ENST00000533934 | 2194 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MAP3K2-203 | ENST00000409947 | 10992 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |