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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | LAMTOR3P2-201 | ENST00000504479 | 232 nt | BASIC | 2.59 | □□□□□ -1.99 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | LINC02064-202 | ENST00000507876 | 403 nt | TSL 5 BASIC | 2.59 | □□□□□ -1.99 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RNU6-991P-201 | ENST00000516168 | 107 nt | BASIC | 2.59 | □□□□□ -1.99 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RNA5SP282-201 | ENST00000516355 | 108 nt | BASIC | 2.59 | □□□□□ -1.99 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RNU6-572P-201 | ENST00000516724 | 80 nt | BASIC | 2.59 | □□□□□ -1.99 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC009902.1-201 | ENST00000519351 | 183 nt | BASIC | 2.59 | □□□□□ -1.99 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC091953.2-201 | ENST00000623979 | 160 nt | BASIC | 2.59 | □□□□□ -1.99 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC008154.1-201 | ENST00000453087 | 327 nt | TSL 3 BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC005538.1-201 | ENST00000455991 | 594 nt | TSL 3 BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC008662.2-201 | ENST00000522426 | 389 nt | TSL 5 BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC016987.2-201 | ENST00000560696 | 351 nt | TSL 3 BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | MIR3915-201 | ENST00000578518 | 97 nt | BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | LINC01899-202 | ENST00000583756 | 575 nt | TSL 3 BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC020910.1-201 | ENST00000599404 | 413 nt | TSL 5 BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC112191.3-201 | ENST00000604371 | 277 nt | BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AL031775.1-201 | ENST00000607014 | 887 nt | BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RNU6-87P-201 | ENST00000607561 | 108 nt | BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | EYS-211 | ENST00000503581 | 10589 nt | APPRIS P3 TSL 5 BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RGPD6-201 | ENST00000329516 | 7165 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | EMCN-202 | ENST00000305864 | 1575 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC103993.1-201 | ENST00000521500 | 1584 nt | TSL 5 BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC009975.1-201 | ENST00000634588 | 2698 nt | TSL 5 BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | DLEU2_6.3-201 | ENST00000340052 | 136 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | MIR6073-201 | ENST00000352083 | 89 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | SNORD115.1-201 | ENST00000391109 | 76 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AF228730.1-201 | ENST00000397972 | 663 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RNU2-36P-201 | ENST00000410361 | 191 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC064871.1-202 | ENST00000413954 | 382 nt | TSL 5 BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC137499.1-201 | ENST00000427602 | 88 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC011816.1-201 | ENST00000441346 | 546 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC009238.1-201 | ENST00000442165 | 424 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | USP9YP15-201 | ENST00000442391 | 422 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AL353705.4-201 | ENST00000449661 | 238 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | MIR4435-2HG-213 | ENST00000451884 | 423 nt | TSL 3 BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC079943.2-201 | ENST00000488999 | 716 nt | TSL 3 BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RNU6-677P-201 | ENST00000516914 | 101 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | SNORA31.25-201 | ENST00000517242 | 134 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC108449.1-202 | ENST00000517632 | 478 nt | TSL 3 BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC078778.1-201 | ENST00000547177 | 735 nt | TSL 3 BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC020661.3-201 | ENST00000558101 | 414 nt | TSL 3 BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC066612.2-201 | ENST00000559875 | 695 nt | TSL 2 BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | MIR3126-201 | ENST00000577443 | 74 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC019183.1-201 | ENST00000580524 | 505 nt | TSL 3 BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | MIR3118-1-201 | ENST00000581787 | 76 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | MIR4635-201 | ENST00000583759 | 79 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | MIR548AB-201 | ENST00000584917 | 84 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC007621.1-201 | ENST00000604544 | 437 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | ZNRD1-AS1_2.5-201 | ENST00000614729 | 76 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AP001486.3-201 | ENST00000615334 | 372 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC104010.1-201 | ENST00000616889 | 150 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | DLEU2_6.2-201 | ENST00000620994 | 136 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC009878.1-201 | ENST00000621819 | 340 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | WARS-244 | ENST00000627608 | 123 nt | TSL 5 BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | TMPRSS11A-201 | ENST00000334830 | 3054 nt | APPRIS P3 TSL 2 BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | ZCCHC10-202 | ENST00000355372 | 2160 nt | APPRIS ALT2 TSL 2 BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | SNORA16B-201 | ENST00000364674 | 135 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RNU6-898P-201 | ENST00000365627 | 104 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | Y_RNA.598-201 | ENST00000410480 | 95 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |