Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 CEP192-203ENST00000506447 7960 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 Y_RNA.82-201ENST00000363000 102 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RNU6-942P-201ENST00000363002 107 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 Y_RNA.92-201ENST00000363043 102 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 Y_RNA.235-201ENST00000364412 102 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 Y_RNA.306-201ENST00000365015 102 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 Y_RNA.312-201ENST00000365089 102 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 Y_RNA.322-201ENST00000365151 102 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RNU6-142P-201ENST00000384019 107 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 Y_RNA.446-201ENST00000384178 104 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RNU6-281P-201ENST00000384212 103 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RNU6-1289P-201ENST00000384431 106 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 MIR10B-201ENST00000385011 110 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 MIR708-201ENST00000390708 88 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RN7SKP267-201ENST00000410381 285 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RPL19P1-201ENST00000411635 428 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 ELOCP19-201ENST00000411919 318 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AL354726.1-201ENST00000411981 402 ntTSL 2 BASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC140479.3-201ENST00000418944 1126 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC121342.1-201ENST00000423914 550 ntTSL 3 BASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 ZBTB40-IT1-201ENST00000438551 273 ntTSL 3 BASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AL136164.1-201ENST00000456795 352 ntTSL 3 BASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 Y_RNA.650-201ENST00000459002 102 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 SCARNA10-201ENST00000459255 330 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RPL36AP41-201ENST00000493820 306 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC091959.1-201ENST00000495857 238 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC016598.2-201ENST00000514942 525 ntTSL 5 BASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RNY3P16-201ENST00000516338 101 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 SNORA27.4-201ENST00000516650 95 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RNU6-567P-201ENST00000516746 107 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 Y_RNA.777-201ENST00000516982 102 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 IGKV2-38-201ENST00000517443 247 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC068992.1-201ENST00000521411 543 ntTSL 5 BASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC069133.1-201ENST00000522857 566 ntTSL 4 BASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC084365.1-201ENST00000552470 310 ntTSL 3 BASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC027288.2-201ENST00000553028 243 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RPL21P9-201ENST00000556149 474 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 UBL5P4-201ENST00000562584 236 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 Y_RNA.771-201ENST00000598668 102 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AL590392.1-201ENST00000604960 446 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC135050.6-201ENST00000610813 528 ntTSL 3 BASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 Y_RNA.789-201ENST00000622480 102 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 IGHVIII-44-202ENST00000636235 289 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 OR56B2P-202ENST00000641377 2453 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AL672167.1-203ENST00000641299 2975 ntBASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 KCNJ16-211ENST00000615244 4190 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 PREPL-205ENST00000409411 4725 ntTSL 1 (best) BASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 ZNF660-201ENST00000322734 5834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RNMT-209ENST00000592764 4108 ntTSL 2 BASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 DNAH6-202ENST00000389394 12795 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.9□□□□□ -1.63
USP4Q13107 SLC4A10-203ENST00000415876 5578 ntTSL 1 (best) BASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 FOXP2-220ENST00000634411 4065 ntTSL 5 BASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 MYBPC1-204ENST00000452455 3861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 USP44-201ENST00000258499 4022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC125257.1-201ENST00000560400 2930 ntBASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RTKN2-201ENST00000315289 2383 ntTSL 2 BASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 SMAD5-212ENST00000545620 6937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 MIR410-201ENST00000362222 80 ntBASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RNU6-961P-201ENST00000363893 105 ntBASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 Y_RNA.240-201ENST00000364469 95 ntBASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 Y_RNA.319-201ENST00000365138 92 ntBASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC068538.1-201ENST00000376856 336 ntBASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RNU6-1035P-201ENST00000384477 107 ntBASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 HLFP1-201ENST00000402375 499 ntBASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RNA5SP146-201ENST00000410743 123 ntBASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AL160275.2-201ENST00000412010 394 ntBASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC009237.10-201ENST00000414112 510 ntBASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AL451074.5-201ENST00000415894 435 ntBASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 MAMDC2-AS1-203ENST00000420573 339 ntTSL 3 BASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC092047.1-201ENST00000424997 240 ntBASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RPEP3-201ENST00000425462 676 ntBASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 ARHGAP26-IT1-201ENST00000433186 388 ntTSL 3 BASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AL033380.1-201ENST00000442781 421 ntTSL 2 BASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AL592309.2-201ENST00000444647 607 ntTSL 5 BASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC097716.1-201ENST00000509136 180 ntTSL 2 BASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RNU1-103P-201ENST00000516502 125 ntBASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 IGHVIII-2-1-201ENST00000518843 291 ntBASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 ACTG1P17-203ENST00000561222 537 ntTSL 3 BASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC024581.2-201ENST00000619986 252 ntBASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC006001.4-201ENST00000622243 395 ntBASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC025031.4-201ENST00000621248 3271 ntBASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 CFL2-202ENST00000341223 3131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 PNISR-201ENST00000369239 5112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC118273.1-201ENST00000525324 3006 ntBASIC4.89□□□□□ -1.63
USP4Q13107 FAR2-203ENST00000547116 1787 ntTSL 2 BASIC4.88□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RAB23-201ENST00000317483 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.88□□□□□ -1.63
USP4Q13107 PANK1-202ENST00000322191 2513 ntTSL 1 (best) BASIC4.88□□□□□ -1.63
USP4Q13107 BX322639.1-202ENST00000423987 2213 ntBASIC4.88□□□□□ -1.63
USP4Q13107 MYOZ2-201ENST00000307128 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.88□□□□□ -1.63
USP4Q13107 BCLAF1-202ENST00000392348 2610 ntTSL 5 BASIC4.88□□□□□ -1.63
USP4Q13107 UBE2WP1-201ENST00000362030 340 ntBASIC4.88□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RNU5B-2P-201ENST00000363036 113 ntBASIC4.88□□□□□ -1.63
USP4Q13107 Y_RNA.304-201ENST00000365011 112 ntBASIC4.88□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RNU6-1175P-201ENST00000365200 107 ntBASIC4.88□□□□□ -1.63
USP4Q13107 Y_RNA.570-201ENST00000384750 101 ntBASIC4.88□□□□□ -1.63
USP4Q13107 MIR518D-201ENST00000385014 87 ntBASIC4.88□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RNU6-394P-201ENST00000410735 107 ntBASIC4.88□□□□□ -1.63
USP4Q13107 RNU6-1001P-201ENST00000411265 100 ntBASIC4.88□□□□□ -1.63
USP4Q13107 AC093159.1-201ENST00000416845 424 ntTSL 3 BASIC4.88□□□□□ -1.63
USP4Q13107 CKS1BP6-201ENST00000424932 240 ntBASIC4.88□□□□□ -1.63
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