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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RNU6-201P-201 | ENST00000517100 | 61 nt | BASIC | 2.65 | □□□□□ -1.99 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | IGLV3-17-201 | ENST00000519099 | 244 nt | BASIC | 2.65 | □□□□□ -1.99 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | FRG1KP-201 | ENST00000623592 | 341 nt | BASIC | 2.64 | □□□□□ -1.99 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | UHMK1-204 | ENST00000545294 | 8117 nt | TSL 2 BASIC | 2.64 | □□□□□ -1.99 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | SNX10-209 | ENST00000619420 | 2361 nt | APPRIS ALT1 TSL 5 BASIC | 2.64 | □□□□□ -1.99 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | BCHE-201 | ENST00000264381 | 2454 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.63 | □□□□□ -1.99 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | DEUP1-201 | ENST00000298050 | 2664 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 2.63 | □□□□□ -1.99 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC108747.1-201 | ENST00000609508 | 535 nt | BASIC | 2.63 | □□□□□ -1.99 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | MIR5739-201 | ENST00000619803 | 80 nt | BASIC | 2.63 | □□□□□ -1.99 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC091931.1-201 | ENST00000623488 | 728 nt | BASIC | 2.63 | □□□□□ -1.99 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC007494.3-201 | ENST00000624660 | 743 nt | BASIC | 2.63 | □□□□□ -1.99 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | DNAH14-210 | ENST00000439375 | 13548 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 2.63 | □□□□□ -1.99 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC114316.2-202 | ENST00000502934 | 2957 nt | TSL 2 BASIC | 2.62 | □□□□□ -1.99 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | SENP7-205 | ENST00000394091 | 4434 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 2.62 | □□□□□ -1.99 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RNA5SP289-201 | ENST00000362332 | 137 nt | BASIC | 2.62 | □□□□□ -1.99 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | SNORD114-30-201 | ENST00000364448 | 72 nt | BASIC | 2.62 | □□□□□ -1.99 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AL356057.3-201 | ENST00000402607 | 340 nt | BASIC | 2.62 | □□□□□ -1.99 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | MIR1289-2-201 | ENST00000408360 | 111 nt | BASIC | 2.62 | □□□□□ -1.99 | | |