Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC005696.2-201ENST00000610120 626 ntTSL 3 BASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 ST7-AS1_1.1-201ENST00000611142 116 ntBASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AL022401.1-201ENST00000619498 108 ntBASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC099506.2-201ENST00000623074 221 ntBASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 SCARNA4-202ENST00000625402 129 ntBASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 HMCN1-201ENST00000271588 18208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 OXR1-206ENST00000449762 2621 ntTSL 1 (best) BASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 HDAC9-204ENST00000406451 9705 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RDH10-AS1-201ENST00000514599 3261 ntTSL 2 BASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 ADGRL3-202ENST00000504896 4816 ntTSL 5 BASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 TMEM154-201ENST00000304385 10698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 SLMAP-206ENST00000428312 4132 ntTSL 1 (best) BASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 R3HDM1-201ENST00000264160 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 EYA1-205ENST00000388742 3907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.02□□□□□ -1.61
USP4Q13107 FTX-210ENST00000603037 8347 ntTSL 5 BASIC5.02□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC010300.1-201ENST00000600671 5134 ntBASIC5.02□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RNU6-335P-201ENST00000364563 113 ntBASIC5.02□□□□□ -1.61
USP4Q13107 Y_RNA.569-201ENST00000384749 103 ntBASIC5.02□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RPS4XP3-201ENST00000398541 413 ntBASIC5.02□□□□□ -1.61
USP4Q13107 UBA52P6-201ENST00000399822 382 ntBASIC5.02□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC093382.1-201ENST00000413311 379 ntTSL 5 BASIC5.02□□□□□ -1.61
USP4Q13107 LINC02238-202ENST00000436262 320 ntTSL 3 BASIC5.02□□□□□ -1.61
USP4Q13107 COX6CP14-201ENST00000469580 174 ntBASIC5.02□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RPL30P1-201ENST00000488676 339 ntBASIC5.02□□□□□ -1.61
USP4Q13107 LINC01479-202ENST00000546170 444 ntTSL 2 BASIC5.02□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AL110118.1-201ENST00000553543 400 ntBASIC5.02□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC053481.4-201ENST00000583164 216 ntBASIC5.02□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC022726.1-201ENST00000587475 207 ntBASIC5.02□□□□□ -1.61
USP4Q13107 SNRPGP15-201ENST00000600149 222 ntBASIC5.02□□□□□ -1.61
USP4Q13107 MZT1P2-201ENST00000604387 248 ntBASIC5.02□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RPL23AP88-201ENST00000605759 454 ntBASIC5.02□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC037487.3-201ENST00000606668 112 ntBASIC5.02□□□□□ -1.61
USP4Q13107 FAM27B-201ENST00000610601 213 ntBASIC5.02□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RMST_6.1-201ENST00000611980 203 ntBASIC5.02□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RNF123-214ENST00000629802 207 ntTSL 5 BASIC5.02□□□□□ -1.61
USP4Q13107 IFI16-208ENST00000448393 2245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.02□□□□□ -1.61
USP4Q13107 GABRA2-211ENST00000514090 3401 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.02□□□□□ -1.61
USP4Q13107 NLRP11-202ENST00000589824 3231 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.02□□□□□ -1.61
USP4Q13107 VPS13A-206ENST00000376646 2262 ntTSL 5 BASIC5.02□□□□□ -1.61
USP4Q13107 WDR35-202ENST00000345530 6960 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.01□□□□□ -1.61
USP4Q13107 ZNF826P-207ENST00000622273 1910 ntBASIC5.01□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC104662.3-202ENST00000507794 4055 ntTSL 2 BASIC5.01□□□□□ -1.61
USP4Q13107 MTUS1-201ENST00000262102 6160 ntTSL 1 (best) BASIC5.01□□□□□ -1.61
USP4Q13107 CYSLTR1-201ENST00000373304 2576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.01□□□□□ -1.61
USP4Q13107 Y_RNA.170-201ENST00000363746 110 ntBASIC5.01□□□□□ -1.61
USP4Q13107 MIR124-3-201ENST00000384866 87 ntBASIC5.01□□□□□ -1.61
USP4Q13107 DEFB130A-201ENST00000400079 240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.01□□□□□ -1.61
USP4Q13107 SNORD12B-201ENST00000410433 91 ntBASIC5.01□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RN7SKP51-201ENST00000410781 304 ntBASIC5.01□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RNU6-651P-201ENST00000411040 105 ntBASIC5.01□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AL160411.1-201ENST00000429853 400 ntTSL 2 BASIC5.01□□□□□ -1.61
USP4Q13107 DEFB130B-201ENST00000437818 240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.01□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC016831.4-201ENST00000438302 307 ntBASIC5.01□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AL139383.1-203ENST00000445227 420 ntTSL 3 BASIC5.01□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AP000870.1-201ENST00000472927 406 ntBASIC5.01□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RPS29P26-201ENST00000477483 171 ntBASIC5.01□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RPL23AP49-201ENST00000492925 468 ntBASIC5.01□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RPL7P47-201ENST00000497299 556 ntBASIC5.01□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC024909.1-201ENST00000549278 599 ntTSL 4 BASIC5.01□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC107016.1-201ENST00000550463 337 ntBASIC5.01□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC072026.1-201ENST00000605023 201 ntBASIC5.01□□□□□ -1.61
USP4Q13107 STON1-GTF2A1L-201ENST00000394751 3534 ntTSL 2 BASIC5.01□□□□□ -1.61
USP4Q13107 SALL4P2-201ENST00000423288 2910 ntBASIC5.01□□□□□ -1.61
USP4Q13107 PKHD1-202ENST00000371117 16282 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC5.01□□□□□ -1.61
USP4Q13107 BMPR2-201ENST00000374574 9683 ntTSL 2 BASIC5.01□□□□□ -1.61
USP4Q13107 ZFX-203ENST00000379177 7558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.01□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RIMS2-201ENST00000262231 3854 ntTSL 1 (best) BASIC5□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AL359854.1-201ENST00000614203 1594 ntBASIC5□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC139713.2-214ENST00000642059 1811 ntBASIC5□□□□□ -1.61
USP4Q13107 SLC4A10-206ENST00000446997 5551 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC5□□□□□ -1.61
USP4Q13107 KLHL4-202ENST00000373119 5818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RNA5SP44-201ENST00000410446 133 ntBASIC5□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RNU5A-5P-201ENST00000411054 116 ntBASIC5□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RNA5SP31-201ENST00000411144 127 ntBASIC5□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AL645608.4-201ENST00000423619 154 ntBASIC5□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AL590383.1-201ENST00000428602 75 ntBASIC5□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC004875.1-201ENST00000432702 378 ntTSL 3 BASIC5□□□□□ -1.61
USP4Q13107 SNRPEP9-201ENST00000436794 238 ntBASIC5□□□□□ -1.61
USP4Q13107 GYPA-208ENST00000512064 441 ntTSL 1 (best) BASIC5□□□□□ -1.61
USP4Q13107 SNORA70.16-201ENST00000516390 95 ntBASIC5□□□□□ -1.61
USP4Q13107 Y_RNA.679-201ENST00000516416 91 ntBASIC5□□□□□ -1.61
USP4Q13107 SNORA43.2-201ENST00000516652 128 ntBASIC5□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AL132819.1-201ENST00000555595 208 ntTSL 3 BASIC5□□□□□ -1.61
USP4Q13107 MIR4782-201ENST00000577987 79 ntBASIC5□□□□□ -1.61
USP4Q13107 MIR548AI-201ENST00000579940 88 ntBASIC5□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC136601.2-201ENST00000604356 474 ntBASIC5□□□□□ -1.61
USP4Q13107 ZBED5-201ENST00000413761 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RBM39-201ENST00000253363 2488 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC5□□□□□ -1.61
USP4Q13107 ATP7A-202ENST00000343533 8289 ntTSL 5 BASIC5□□□□□ -1.61
USP4Q13107 OR2H1-202ENST00000377133 3021 ntAPPRIS P1 BASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 INTU-201ENST00000335251 13233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 AC007390.2-201ENST00000606229 3803 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 TLR8-201ENST00000218032 4216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 BIRC3-206ENST00000532808 4238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 OR56A1-202ENST00000641423 6096 ntAPPRIS P1 BASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 OR8J3-203ENST00000641913 3047 ntAPPRIS P1 BASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 LANCL1-204ENST00000441020 4503 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 SNORD115-32-201ENST00000364079 82 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 SNORD113-1-201ENST00000365321 69 ntBASIC4.99□□□□□ -1.61
USP4Q13107 RGS4-201ENST00000367906 930 ntTSL 1 (best) BASIC4.99□□□□□ -1.61
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