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| RUNX3 | Q13761 | AC093106.2-201 | ENST00000428212 | 385 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPL23AP30-201 | ENST00000432419 | 501 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FCF1P1-201 | ENST00000432690 | 571 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC119618.1-201 | ENST00000434191 | 222 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | OR5H6-203 | ENST00000642105 | 978 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OFD1P6Y-202 | ENST00000451061 | 2724 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CR848007.1-201 | ENST00000442354 | 1699 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | NOX4-202 | ENST00000343727 | 3347 nt | TSL 2 BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.22-201 | ENST00000362492 | 102 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-181P-201 | ENST00000363225 | 107 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.159-201 | ENST00000363674 | 87 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1284P-201 | ENST00000363701 | 100 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD114-30-201 | ENST00000364448 | 72 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | SNORA20.2-201 | ENST00000383922 | 131 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU5A-6P-201 | ENST00000384136 | 116 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1042P-201 | ENST00000384204 | 107 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | EIF2AK2-204 | ENST00000405334 | 1533 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNA5SP425-201 | ENST00000410336 | 112 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU2-62P-201 | ENST00000410868 | 191 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC004014.1-201 | ENST00000413406 | 538 nt | TSL 4 BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | UBE2V1P10-201 | ENST00000414685 | 269 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC080125.1-201 | ENST00000414888 | 684 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ELOCP4-201 | ENST00000420090 | 333 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PIGFP2-201 | ENST00000421400 | 651 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | NDUFB4P7-201 | ENST00000423198 | 363 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC035139.1-201 | ENST00000423256 | 273 nt | TSL 3 BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC01037-201 | ENST00000427337 | 424 nt | TSL 5 BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC093151.1-201 | ENST00000427711 | 313 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC133104.1-201 | ENST00000429100 | 218 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL139289.1-201 | ENST00000436713 | 731 nt | TSL 3 BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MACC1-AS1-201 | ENST00000439285 | 639 nt | TSL 3 BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC104389.3-201 | ENST00000445629 | 235 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL390961.1-201 | ENST00000446557 | 319 nt | TSL 2 BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | SRRM1P2-201 | ENST00000464531 | 1192 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPS3AP17-201 | ENST00000472594 | 777 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC103975.1-201 | ENST00000482506 | 483 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL049874.1-201 | ENST00000489560 | 388 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SAR1B-211 | ENST00000509937 | 455 nt | TSL 5 BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SCARNA15.2-201 | ENST00000516409 | 127 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-445P-201 | ENST00000516949 | 107 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FAM92A1P1-201 | ENST00000528023 | 890 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | NTS-203 | ENST00000551529 | 801 nt | TSL 3 BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC009269.3-201 | ENST00000558429 | 472 nt | TSL 5 BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | BLOC1S6-206 | ENST00000564765 | 706 nt | TSL 4 BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TPRKBP2-201 | ENST00000565969 | 475 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC010547.2-201 | ENST00000568523 | 409 nt | TSL 5 BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC01482-203 | ENST00000589610 | 468 nt | TSL 3 BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC245014.2-201 | ENST00000603689 | 287 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC246785.4-201 | ENST00000605374 | 287 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SDR42E1P2-201 | ENST00000614861 | 481 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC010133.1-201 | ENST00000615809 | 842 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC072046.2-201 | ENST00000618366 | 268 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OR4G2P-202 | ENST00000641004 | 1759 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL161431.1-201 | ENST00000618966 | 4205 nt | BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LIG4-203 | ENST00000442234 | 3982 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.55 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ZMYM2-203 | ENST00000382874 | 10139 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.54 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNA5SP432-201 | ENST00000362480 | 116 nt | BASIC | 2.54 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.554-201 | ENST00000384672 | 102 nt | BASIC | 2.54 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR493-201 | ENST00000385254 | 89 nt | BASIC | 2.54 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC068050.1-201 | ENST00000394891 | 380 nt | BASIC | 2.54 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CALM2P3-201 | ENST00000400429 | 449 nt | BASIC | 2.54 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | GSTA9P-201 | ENST00000406231 | 611 nt | BASIC | 2.54 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR548F1-201 | ENST00000408667 | 84 nt | BASIC | 2.54 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU2-8P-201 | ENST00000410727 | 190 nt | BASIC | 2.54 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNA5SP344-201 | ENST00000411081 | 104 nt | BASIC | 2.54 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL135786.1-201 | ENST00000415892 | 214 nt | BASIC | 2.54 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPL7P10-201 | ENST00000417407 | 739 nt | BASIC | 2.54 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL589765.2-201 | ENST00000420382 | 424 nt | TSL 3 BASIC | 2.54 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL353193.1-201 | ENST00000421444 | 268 nt | BASIC | 2.54 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MTCO2P19-201 | ENST00000427513 | 598 nt | BASIC | 2.54 | □□□□□ -2 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC008067.1-203 | ENST00000430876 | 359 nt | TSL 3 BASIC | 2.54 | □□□□□ -2 | | |