Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 ZNF480-202ENST00000335090 2722 ntTSL 3 BASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 RN7SKP224-201ENST00000364140 325 ntBASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 TRAV7-201ENST00000390429 337 ntAPPRIS P1 BASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 SNORA40C-201ENST00000391285 128 ntBASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 RNU6-493P-201ENST00000391321 108 ntBASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 RN7SKP100-201ENST00000411258 284 ntBASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 Z85995.1-201ENST00000415547 335 ntBASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC007919.1-201ENST00000429380 217 ntBASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 Z82188.1-201ENST00000436709 154 ntBASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AL136369.1-201ENST00000437825 244 ntTSL 5 BASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC011753.3-201ENST00000443436 406 ntBASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 snoU109.2-201ENST00000459316 135 ntBASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 RNU7-120P-201ENST00000459334 63 ntBASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 RPS20P22-201ENST00000473700 357 ntBASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC008897.1-201ENST00000494006 347 ntBASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 RNU6-496P-201ENST00000516145 99 ntBASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 IGKV1-32-201ENST00000519290 311 ntBASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 ATP5F1P5-201ENST00000526403 760 ntBASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC087441.2-201ENST00000529141 262 ntBASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC090510.1-201ENST00000567456 425 ntTSL 3 BASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AL391358.1-201ENST00000605342 190 ntBASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 U2.14-201ENST00000615943 113 ntBASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 MIR7703-201ENST00000620784 77 ntBASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC006065.5-201ENST00000623427 349 ntBASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 MME-201ENST00000360490 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 CSMD3-204ENST00000455883 12485 ntTSL 1 (best) BASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 ZNF845-201ENST00000458035 4311 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 MED23-203ENST00000368058 4576 ntTSL 5 BASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 GUCY1A3-201ENST00000296518 4400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 PLCB1-210ENST00000612075 6576 ntTSL 5 BASIC5.17□□□□□ -1.58
USP4Q13107 DEPDC1-202ENST00000456315 5331 ntTSL 1 (best) BASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 CFAP47-203ENST00000378653 9943 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 ERI2-202ENST00000357967 3499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 PARP11-201ENST00000228820 4424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 PARP11-203ENST00000427057 4406 ntTSL 1 (best) BASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 MIR411-201ENST00000362239 96 ntBASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 RNU5E-7P-201ENST00000365290 117 ntBASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 RNU6-102P-201ENST00000384485 104 ntBASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 RNU6-125P-201ENST00000384505 107 ntBASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 SNORA68.2-201ENST00000391263 128 ntBASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 FAR2P2-201ENST00000413041 594 ntBASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC017079.2-201ENST00000416102 485 ntBASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AL136320.1-201ENST00000417273 430 ntTSL 3 BASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC069257.1-202ENST00000425275 422 ntTSL 3 BASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 Z73495.1-201ENST00000444982 147 ntTSL 3 BASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC114501.3-201ENST00000453648 164 ntTSL 5 BASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 CYP4F62P-203ENST00000455215 552 ntTSL 4 BASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AL354824.2-201ENST00000458004 446 ntTSL 3 BASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 RN7SL738P-201ENST00000470264 297 ntBASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 RN7SL441P-201ENST00000492388 296 ntBASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 ZCCHC10-206ENST00000509008 608 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 SNORA31.20-201ENST00000517111 133 ntBASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC215217.1-201ENST00000562162 347 ntTSL 3 BASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC090617.3-201ENST00000573670 475 ntBASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC131274.4-201ENST00000577879 398 ntTSL 3 BASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 LINC01630-204ENST00000582689 539 ntTSL 4 BASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 RN7SL52P-201ENST00000584271 284 ntBASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC060766.3-201ENST00000591442 263 ntBASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 RN7SL722P-201ENST00000617780 284 ntBASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 RN7SL565P-201ENST00000618246 284 ntBASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AL513314.2-204ENST00000619187 459 ntTSL 5 BASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC005911.1-201ENST00000619883 456 ntTSL 5 BASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC007785.2-201ENST00000598627 1916 ntBASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 LINC01566-202ENST00000569242 2801 ntTSL 1 (best) BASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AC099654.2-201ENST00000433031 1980 ntBASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 FMN1-202ENST00000334528 12355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 FEZ2-201ENST00000305852 1782 ntTSL 5 BASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 CLSPN-206ENST00000520551 4010 ntTSL 1 (best) BASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AL139811.1-201ENST00000424779 2299 ntBASIC5.16□□□□□ -1.58
USP4Q13107 OR2H1-203ENST00000377136 3024 ntAPPRIS P1 BASIC5.15□□□□□ -1.58
USP4Q13107 SCOC-201ENST00000338517 1864 ntTSL 4 BASIC5.15□□□□□ -1.58
USP4Q13107 SCN3A-203ENST00000409101 6599 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.15□□□□□ -1.58
USP4Q13107 STXBP4-204ENST00000434978 2807 ntTSL 1 (best) BASIC5.15□□□□□ -1.58
USP4Q13107 FGF12-204ENST00000445105 5406 ntTSL 1 (best) BASIC5.15□□□□□ -1.58
USP4Q13107 DNAH14-208ENST00000430092 13763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.15□□□□□ -1.58
USP4Q13107 ZBED6-201ENST00000545588 7979 ntTSL 1 (best) BASIC5.15□□□□□ -1.58
USP4Q13107 LINC01102-204ENST00000451400 3778 ntTSL 2 BASIC5.15□□□□□ -1.58
USP4Q13107 AL133243.3-201ENST00000617415 3004 ntBASIC5.15□□□□□ -1.58
USP4Q13107 ABCA13-204ENST00000435803 17184 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC5.15□□□□□ -1.58
USP4Q13107 PCDH9-203ENST00000456367 5072 ntTSL 1 (best) BASIC5.15□□□□□ -1.58
USP4Q13107 CASP1-201ENST00000353247 423 ntTSL 1 (best) BASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 RNA5SP191-201ENST00000362585 102 ntBASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 Y_RNA.76-201ENST00000362931 109 ntBASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 RNU6-336P-201ENST00000364891 107 ntBASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 RNU6-166P-201ENST00000384371 107 ntBASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 Y_RNA.506-201ENST00000384494 102 ntBASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 SNORA70.10-201ENST00000384515 134 ntBASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 SNORD78.2-201ENST00000391076 69 ntBASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 DEFB115-201ENST00000400552 267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AL033519.2-201ENST00000403958 392 ntBASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AC016397.1-201ENST00000412463 242 ntBASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AC104333.2-201ENST00000422630 192 ntBASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 DPYD-AS1-201ENST00000422980 533 ntTSL 3 BASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AL355303.1-201ENST00000428920 680 ntTSL 3 BASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AC122136.1-201ENST00000443971 478 ntTSL 3 BASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AC073264.2-201ENST00000448886 166 ntBASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 NHS-AS1-201ENST00000452788 366 ntTSL 3 BASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AL392086.1-201ENST00000457632 299 ntTSL 3 BASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AC092798.1-201ENST00000458542 409 ntBASIC5.15□□□□□ -1.59
USP4Q13107 AC022795.1-201ENST00000473808 480 ntBASIC5.15□□□□□ -1.59
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