Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 KIF23-206ENST00000558585 2296 ntTSL 2 BASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 TNP2-201ENST00000312693 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 RNU6-545P-201ENST00000362681 104 ntBASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 RNU6-173P-201ENST00000364215 104 ntBASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 RCAN3-201ENST00000374393 382 ntTSL 1 (best) BASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 Y_RNA.464-201ENST00000384282 110 ntBASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 Y_RNA.541-201ENST00000384640 113 ntBASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 Y_RNA.602-201ENST00000410535 92 ntBASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 SNRPG-202ENST00000413456 398 ntTSL 3 BASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AL451107.1-201ENST00000416310 408 ntTSL 2 BASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AL627311.1-201ENST00000431514 115 ntBASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC112498.1-201ENST00000444401 332 ntBASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 SNRPG-205ENST00000449935 428 ntTSL 1 (best) BASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AL136097.1-201ENST00000456945 913 ntBASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 RN7SL443P-201ENST00000464331 290 ntBASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 RN7SL244P-201ENST00000493405 297 ntBASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 MLLT10P2-201ENST00000506434 249 ntBASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 SERF1AP1-201ENST00000514575 187 ntBASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 RNU7-175P-201ENST00000515915 61 ntBASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 Y_RNA.706-201ENST00000516933 99 ntBASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC109479.2-201ENST00000517842 174 ntBASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC025755.1-201ENST00000521306 278 ntBASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC021713.1-201ENST00000526554 510 ntTSL 1 (best) BASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 MIR4643-201ENST00000577473 78 ntBASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC023575.1-201ENST00000580510 358 ntBASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC073657.2-201ENST00000605661 303 ntBASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC099669.2-201ENST00000616549 437 ntBASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 LINC01232-203ENST00000625369 576 ntTSL 4 BASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AL359313.1-202ENST00000635073 544 ntTSL 4 BASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 PLCH1-201ENST00000334686 6128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC092821.1-201ENST00000640129 4180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 PARP8-201ENST00000281631 7177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 SCEL-205ENST00000535157 3096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 FAT3-201ENST00000409404 19030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 NEAT1-202ENST00000501122 22743 ntBASIC5.25□□□□□ -1.57
USP4Q13107 ROS1-201ENST00000368507 7417 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 MUC7-203ENST00000456088 2479 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 TCHHL1-201ENST00000368806 3603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 ANKRD36BP1-201ENST00000358576 1779 ntBASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 CAST-207ENST00000395813 4356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 KCNJ16-204ENST00000585558 4014 ntTSL 1 (best) BASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 GLMN-201ENST00000370360 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 MPDZ-204ENST00000381022 7589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC021355.1-202ENST00000519996 1633 ntTSL 2 BASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 INPP4B-201ENST00000262992 3741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 Y_RNA.123-201ENST00000363338 102 ntBASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 RNA5SP223-201ENST00000365174 120 ntBASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 RNY3P4-201ENST00000384428 101 ntBASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 TRAV34-201ENST00000390461 349 ntAPPRIS P1 BASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AL080315.1-201ENST00000406055 466 ntBASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 MIR1271-201ENST00000408537 86 ntBASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 MORN2-203ENST00000409131 544 ntTSL 5 BASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC012506.4-201ENST00000421563 541 ntTSL 4 BASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AF064858.2-201ENST00000440714 292 ntTSL 3 BASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 GAS5-221ENST00000450589 632 ntTSL 1 (best) BASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 LINC01032-201ENST00000451690 276 ntTSL 5 BASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 FABP5P15-201ENST00000453566 214 ntBASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AL356981.1-201ENST00000454879 684 ntBASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 U8.22-201ENST00000459141 133 ntBASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC092919.1-201ENST00000467896 229 ntTSL 2 BASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC104164.2-201ENST00000496953 495 ntBASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 CASP1P1-201ENST00000526345 212 ntBASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 THEMIS-204ENST00000537166 3830 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC144836.1-201ENST00000575911 340 ntTSL 2 BASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 MIR4330-201ENST00000579077 105 ntBASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AP000569.1-201ENST00000607953 591 ntTSL 2 BASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 DEC1-204ENST00000614246 210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 SCAF11-212ENST00000549162 3934 ntTSL 1 (best) BASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 SPAG5-AS1-202ENST00000424210 1551 ntTSL 2 BASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 FILIP1-201ENST00000237172 4580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 SEL1L2-202ENST00000378072 1892 ntTSL 2 BASIC5.24□□□□□ -1.57
USP4Q13107 UGT2A3-201ENST00000251566 2965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.23□□□□□ -1.57
USP4Q13107 ZNF705A-204ENST00000610508 3378 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.23□□□□□ -1.57
USP4Q13107 NBPF10-201ENST00000583866 13042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.23□□□□□ -1.57
USP4Q13107 SRRM1-203ENST00000447431 3691 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.23□□□□□ -1.57
USP4Q13107 LINC01355-201ENST00000566551 5444 ntBASIC5.23□□□□□ -1.57
USP4Q13107 SNORA77-201ENST00000408716 125 ntBASIC5.23□□□□□ -1.57
USP4Q13107 MTATP6P29-201ENST00000415057 132 ntBASIC5.23□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AL358472.1-201ENST00000431295 329 ntBASIC5.23□□□□□ -1.57
USP4Q13107 NIP7P2-201ENST00000485801 544 ntBASIC5.23□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC108043.1-201ENST00000512696 574 ntBASIC5.23□□□□□ -1.57
USP4Q13107 ABCA17P-206ENST00000512848 467 ntTSL 2 BASIC5.23□□□□□ -1.57
USP4Q13107 RNU6-377P-201ENST00000515965 102 ntBASIC5.23□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC064807.2-201ENST00000521188 672 ntTSL 3 BASIC5.23□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC023824.2-201ENST00000566185 400 ntBASIC5.23□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC010618.3-202ENST00000598141 476 ntTSL 3 BASIC5.23□□□□□ -1.57
USP4Q13107 B3GNTL1P2-201ENST00000603673 288 ntBASIC5.23□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AC013727.1-201ENST00000618581 839 ntTSL 5 BASIC5.23□□□□□ -1.57
USP4Q13107 FAP-203ENST00000443424 2598 ntTSL 2 BASIC5.23□□□□□ -1.57
USP4Q13107 PLS3-203ENST00000420625 3150 ntTSL 5 BASIC5.23□□□□□ -1.57
USP4Q13107 PRUNE2-207ENST00000428286 12437 ntTSL 5 BASIC5.23□□□□□ -1.57
USP4Q13107 SLC1A3-216ENST00000613445 4030 ntTSL 5 BASIC5.23□□□□□ -1.57
USP4Q13107 RPGRIP1L-201ENST00000262135 8195 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC5.23□□□□□ -1.57
USP4Q13107 ORC3-201ENST00000257789 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.23□□□□□ -1.57
USP4Q13107 DSG2-AS1-202ENST00000583706 2024 ntTSL 5 BASIC5.23□□□□□ -1.57
USP4Q13107 PCDH15-201ENST00000320301 6845 ntTSL 1 (best) BASIC5.23□□□□□ -1.57
USP4Q13107 ZNF678-201ENST00000343776 8556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 C3orf58-202ENST00000441925 3260 ntTSL 2 BASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 AL365440.1-201ENST00000436135 2167 ntBASIC5.22□□□□□ -1.57
USP4Q13107 SDAD1P1-202ENST00000524156 2051 ntBASIC5.22□□□□□ -1.57
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