Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC097467.3-205ENST00000597955 594 ntTSL 5 BASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AP000787.2-201ENST00000604432 568 ntBASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC006077.1-201ENST00000604746 343 ntBASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC044839.1-205ENST00000614989 542 ntTSL 5 BASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AL450345.1-202ENST00000605741 3881 ntBASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 SKP1-202ENST00000353411 9474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 HMBOX1-202ENST00000355231 1694 ntTSL 5 BASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 SEMG1-201ENST00000372781 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AHCTF1-201ENST00000326225 8633 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 ATPAF1-212ENST00000542495 1779 ntTSL 2 BASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 FMN2-207ENST00000545751 1913 ntTSL 5 BASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 DDX18P3-201ENST00000404856 2007 ntBASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 OR2L3-201ENST00000359959 2792 ntAPPRIS P1 BASIC5.36□□□□□ -1.55
USP4Q13107 ZNF285-205ENST00000614994 6012 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AP002512.4-201ENST00000641310 4672 ntAPPRIS P1 BASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 SCARNA15-201ENST00000607520 4325 ntBASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 KLHL13-201ENST00000262820 3972 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 ANKRD36C-201ENST00000295246 2272 ntTSL 5 BASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 ZNF573-208ENST00000536220 2257 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 PSG7-202ENST00000446844 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 DNAH7-202ENST00000409063 1845 ntTSL 1 (best) BASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 SKP1-209ENST00000522552 1683 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 RCOR3-201ENST00000367005 4246 ntTSL 1 (best) BASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 RN7SKP95-201ENST00000362860 303 ntBASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 SNORD50.1-201ENST00000362987 71 ntBASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 U3.13-201ENST00000364804 214 ntBASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 RNA5SP455-201ENST00000365190 119 ntBASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 OR1L6-202ENST00000373684 1044 ntBASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 Y_RNA.439-201ENST00000384119 94 ntBASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 RNU6-886P-201ENST00000384319 105 ntBASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 MS4A4E-201ENST00000398984 479 ntTSL 5 BASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 RN7SKP114-201ENST00000410327 279 ntBASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 Y_RNA.625-201ENST00000411256 107 ntBASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 MS4A4E-203ENST00000425663 350 ntTSL 1 (best) BASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AL353689.2-201ENST00000433837 440 ntTSL 3 BASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 RPL19P16-201ENST00000433839 588 ntBASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC048351.1-202ENST00000449483 735 ntTSL 3 BASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AL445433.1-201ENST00000457507 257 ntBASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 snoU13.20-201ENST00000459180 104 ntBASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 UBE2Q2P9-201ENST00000490086 202 ntBASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC024587.2-201ENST00000509458 805 ntTSL 3 BASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 RNU4-71P-201ENST00000516258 113 ntBASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AL590705.4-201ENST00000532209 134 ntBASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 HMGB1P14-201ENST00000557424 591 ntBASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC087501.4-201ENST00000574460 235 ntTSL 5 BASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 MIR4480-201ENST00000582492 71 ntBASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC129510.2-201ENST00000582774 345 ntTSL 5 BASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AL161798.1-201ENST00000604630 131 ntBASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AP005432.2-201ENST00000608162 586 ntBASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC009318.2-201ENST00000610917 651 ntBASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 HIKESHI-208ENST00000618164 499 ntTSL 5 BASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 C4orf22-209ENST00000621014 228 ntTSL 3 BASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 PCBP1-AS1-278ENST00000625518 864 ntTSL 5 BASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 PRPSAP2-229ENST00000628609 192 ntTSL 5 BASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 CLCN5-202ENST00000376088 10108 ntTSL 2 BASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 ERVW-1-201ENST00000493463 2925 ntAPPRIS P1 BASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 BCLAF1P2-201ENST00000624956 2609 ntBASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 SLC15A2-201ENST00000295605 2379 ntTSL 2 BASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 FAM216B-201ENST00000313851 3243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.35□□□□□ -1.55
USP4Q13107 SLC17A1-204ENST00000476801 1704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.34□□□□□ -1.55
USP4Q13107 RNY1-201ENST00000364228 113 ntBASIC5.34□□□□□ -1.55
USP4Q13107 RN7SKP153-201ENST00000365026 316 ntBASIC5.34□□□□□ -1.55
USP4Q13107 Y_RNA.358-201ENST00000365491 99 ntBASIC5.34□□□□□ -1.55
USP4Q13107 RNA5SP87-201ENST00000384155 118 ntBASIC5.34□□□□□ -1.55
USP4Q13107 MIR589-201ENST00000385238 99 ntBASIC5.34□□□□□ -1.55
USP4Q13107 SNORD58.1-201ENST00000391313 66 ntBASIC5.34□□□□□ -1.55
USP4Q13107 LAP3P1-201ENST00000403648 294 ntBASIC5.34□□□□□ -1.55
USP4Q13107 COX6B1P1-201ENST00000415962 213 ntBASIC5.34□□□□□ -1.55
USP4Q13107 MTND3P9-201ENST00000429526 346 ntBASIC5.34□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC010975.1-201ENST00000443301 669 ntTSL 3 BASIC5.34□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AL138752.1-201ENST00000452964 351 ntBASIC5.34□□□□□ -1.55
USP4Q13107 RPL23AP45-201ENST00000476406 468 ntBASIC5.34□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC022133.1-201ENST00000490961 571 ntBASIC5.34□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC026784.1-201ENST00000507986 352 ntBASIC5.34□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC098976.1-201ENST00000513014 541 ntBASIC5.34□□□□□ -1.55
USP4Q13107 UTP23-205ENST00000520733 369 ntTSL 3 BASIC5.34□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC027369.5-201ENST00000533838 755 ntBASIC5.34□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC093023.1-201ENST00000547375 507 ntBASIC5.34□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC021979.1-201ENST00000553822 336 ntTSL 3 BASIC5.34□□□□□ -1.55
USP4Q13107 MIR376A1-201ENST00000616574 68 ntBASIC5.34□□□□□ -1.55
USP4Q13107 Metazoa_SRP.93-201ENST00000622525 276 ntBASIC5.34□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC243829.7-201ENST00000633081 225 ntBASIC5.34□□□□□ -1.55
USP4Q13107 ANKRD36B-202ENST00000359901 4297 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.34□□□□□ -1.55
USP4Q13107 RALGAPA1-204ENST00000553892 6271 ntTSL 5 BASIC5.34□□□□□ -1.55
USP4Q13107 LRRTM4-203ENST00000409282 2451 ntTSL 1 (best) BASIC5.34□□□□□ -1.56
USP4Q13107 FAM197Y3-202ENST00000427622 2325 ntTSL 5 BASIC5.34□□□□□ -1.56
USP4Q13107 FAM197Y7-202ENST00000433321 2325 ntTSL 2 BASIC5.34□□□□□ -1.56
USP4Q13107 CLSPN-203ENST00000373220 3977 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.33□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AC112198.2-201ENST00000426589 6996 ntBASIC5.33□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AC026951.1-201ENST00000559530 2459 ntBASIC5.33□□□□□ -1.56
USP4Q13107 FAM196B-201ENST00000377365 2999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.33□□□□□ -1.56
USP4Q13107 RGS22-214ENST00000523287 4033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.33□□□□□ -1.56
USP4Q13107 XIRP2-203ENST00000409195 12675 ntTSL 5 BASIC5.33□□□□□ -1.56
USP4Q13107 LRRC53-201ENST00000294635 3859 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.33□□□□□ -1.56
USP4Q13107 CTXN2-201ENST00000417307 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.33□□□□□ -1.56
USP4Q13107 MIR412-201ENST00000362142 91 ntBASIC5.33□□□□□ -1.56
USP4Q13107 Y_RNA.269-201ENST00000364685 89 ntBASIC5.33□□□□□ -1.56
USP4Q13107 RNU6-746P-201ENST00000384112 109 ntBASIC5.33□□□□□ -1.56
USP4Q13107 MIR190B-201ENST00000401119 79 ntBASIC5.33□□□□□ -1.56
USP4Q13107 MTCO2P33-201ENST00000402100 465 ntBASIC5.33□□□□□ -1.56
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