Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 TRAPPC13-201ENST00000231526 2715 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 ADGRG4-202ENST00000394141 8971 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 OR4N5-201ENST00000333629 927 ntAPPRIS P1 BASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 RNA5SP305-201ENST00000362665 119 ntBASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 GTSF1L-201ENST00000373003 835 ntAPPRIS P3 BASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 Y_RNA.471-201ENST00000384312 102 ntBASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 Y_RNA.533-201ENST00000384596 114 ntBASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 Y_RNA.534-201ENST00000384599 112 ntBASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 RNU6-1179P-201ENST00000384667 107 ntBASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 TRAJ58-201ENST00000390481 63 ntAPPRIS P1 BASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AL513475.1-201ENST00000406602 315 ntBASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC092423.1-201ENST00000430165 186 ntBASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 ARHGEF7-AS1-201ENST00000435037 321 ntTSL 3 BASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 NDUFB4P8-201ENST00000435351 367 ntBASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 PSMD10P3-201ENST00000437000 448 ntBASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 EIF4A1P11-201ENST00000451239 222 ntBASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AL359715.2-201ENST00000452402 682 ntTSL 2 BASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 RNU6-789P-201ENST00000517105 102 ntBASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 SNORA31.22-201ENST00000517204 135 ntBASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 MIR4472-2-201ENST00000582069 67 ntBASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AL158827.2-201ENST00000602494 330 ntBASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 NEK3-211ENST00000629912 141 ntTSL 5 BASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AL691447.3-201ENST00000635020 330 ntBASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 CASP1-217ENST00000640184 327 ntTSL 1 (best) BASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 ARID2-202ENST00000422737 5481 ntTSL 1 (best) BASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AL672167.1-205ENST00000641112 3080 ntBASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 KBTBD8-201ENST00000417314 4680 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 DNTTIP2-202ENST00000436063 5897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 PSG1-204ENST00000436291 2047 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 KCNH5-201ENST00000322893 11290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.55□□□□□ -1.52
USP4Q13107 OR10G4-203ENST00000641722 3301 ntAPPRIS P1 BASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 GAS2L3-202ENST00000537247 2742 ntTSL 2 BASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 SLITRK4-202ENST00000356928 3074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 ESRRG-202ENST00000360012 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 TNRC6B-201ENST00000301923 15958 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 ZFX-211ENST00000539115 6801 ntTSL 1 (best) BASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 ARHGAP24-201ENST00000264343 4572 ntTSL 1 (best) BASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 GPR34-201ENST00000378138 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 OR1E2-201ENST00000248384 972 ntAPPRIS P1 BASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 RNU6-212P-201ENST00000362642 104 ntBASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 RNU6-76P-201ENST00000384060 104 ntBASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 SNORD56.6-201ENST00000384569 71 ntBASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 SAR1AP2-201ENST00000392696 594 ntBASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 RNU6ATAC21P-201ENST00000408656 126 ntBASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 CTSL3P-202ENST00000412179 788 ntBASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AL353621.1-201ENST00000418219 243 ntBASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AL451062.2-201ENST00000427515 271 ntBASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC092811.1-201ENST00000428642 397 ntTSL 3 BASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 RPL12P46-201ENST00000436610 195 ntBASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 SIRPG-AS1-201ENST00000437384 410 ntTSL 3 BASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 RANP8-201ENST00000444720 713 ntBASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC108161.1-201ENST00000461060 402 ntBASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC092754.1-201ENST00000472975 479 ntBASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 NDUFB4P9-201ENST00000511646 388 ntBASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 RNU4ATAC18P-201ENST00000516179 126 ntBASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC008694.2-201ENST00000517591 306 ntBASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AMZ2P1-203ENST00000565833 850 ntBASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 CPDP1-201ENST00000579660 283 ntBASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 BDH2P1-201ENST00000602288 736 ntBASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC010201.1-201ENST00000605051 540 ntBASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC010632.3-201ENST00000611377 369 ntBASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 PTPRB-202ENST00000334414 12316 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 ABI1-210ENST00000376170 3362 ntTSL 1 (best) BASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AL034549.2-201ENST00000618285 3373 ntBASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 NCOA3-203ENST00000372004 7939 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 LDAH-211ENST00000541941 3807 ntTSL 2 BASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 SLC9B1-202ENST00000394789 1735 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 STAMBPL1-202ENST00000371924 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 CASP10-204ENST00000346817 3926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.54□□□□□ -1.52
USP4Q13107 OBSCN-214ENST00000636875 23907 ntTSL 5 BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 LINC01289-201ENST00000519550 3712 ntTSL 1 (best) BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 ACE2-201ENST00000252519 3393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 ADAM29-213ENST00000615367 3386 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 TTBK2-201ENST00000267890 10905 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 CCNB3-201ENST00000276014 4513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 RNF19A-205ENST00000519449 4330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 IL7R-201ENST00000303115 4626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 ZNF230-201ENST00000429154 4115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 CEP164P1-202ENST00000456938 2472 ntTSL 1 (best) BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 SEC31A-201ENST00000264405 3447 ntTSL 2 BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AL360270.2-201ENST00000562952 5985 ntBASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 STX3-208ENST00000641815 3236 ntBASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 HIST1H2BD-201ENST00000289316 789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 SNORD27-201ENST00000363981 72 ntBASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 WFDC6-202ENST00000372670 620 ntTSL 1 (best) BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 Y_RNA.518-201ENST00000384552 113 ntBASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 TTTY8-202ENST00000426035 518 ntTSL 1 (best) BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 TTTY8B-202ENST00000455570 518 ntTSL 1 (best) BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AL138787.2-202ENST00000479395 385 ntTSL 2 BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC008716.1-201ENST00000511084 513 ntBASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC008574.1-201ENST00000514240 433 ntTSL 3 BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AP006287.2-201ENST00000529036 502 ntTSL 2 BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC103796.1-201ENST00000530663 358 ntTSL 1 (best) BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC068446.3-201ENST00000555285 382 ntBASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 BNIP3P5-201ENST00000562290 498 ntBASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 MIR3936-201ENST00000584304 110 ntBASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC022154.1-203ENST00000594850 493 ntTSL 3 BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AL121917.1-203ENST00000605534 577 ntBASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 SNORD91B-202ENST00000608459 222 ntBASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AL139124.1-201ENST00000609123 421 ntBASIC5.53□□□□□ -1.52
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