Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Abhd11-206ENSMUST00000154469 1473 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Sbno2-204ENSMUST00000217972 2462 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Naprt-201ENSMUST00000023237 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Cdkn1b-201ENSMUST00000003115 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Asb2-204ENSMUST00000149431 2283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Tfap2d-201ENSMUST00000037294 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Tmc6-202ENSMUST00000103025 1279 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Pigp-202ENSMUST00000113906 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
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Rnf40Q3U319 Moap1-202ENSMUST00000178384 1284 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Gm12522-201ENSMUST00000142833 2439 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Kif26a-201ENSMUST00000128402 6918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Tmem185b-202ENSMUST00000183952 2824 ntAPPRIS P1 BASIC16.93■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Vcan-201ENSMUST00000109543 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Snx14-206ENSMUST00000173039 2970 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Ebf3-208ENSMUST00000210774 2994 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Slc4a5-203ENSMUST00000113900 3630 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
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Rnf40Q3U319 Hist1h1c-201ENSMUST00000040914 1560 ntAPPRIS P1 BASIC16.93■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Spata18-202ENSMUST00000071077 1978 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Cryzl1-201ENSMUST00000073466 1965 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Nid1-201ENSMUST00000005532 6091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Plekha4-207ENSMUST00000211227 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Las1l-201ENSMUST00000079987 2530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Ttc13-210ENSMUST00000214828 3301 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Ntng1-207ENSMUST00000131027 1485 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Ntng1-209ENSMUST00000138344 1452 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Tbx3-202ENSMUST00000079719 4982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Tesk2-203ENSMUST00000106459 2444 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Matn1-201ENSMUST00000102576 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Glis1-202ENSMUST00000106738 2744 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Ncf1-205ENSMUST00000144086 2882 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Lsr-202ENSMUST00000098553 1930 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Rsu1-201ENSMUST00000028059 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Cd164-201ENSMUST00000019962 2922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Tnfaip8l1-201ENSMUST00000077788 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Zhx1-201ENSMUST00000070143 4764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Tm2d1-202ENSMUST00000102793 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 2310068J16Rik-201ENSMUST00000188271 1124 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 AC164441.1-202ENSMUST00000223430 442 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Slc35b2-207ENSMUST00000226086 850 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 AC158982.1-201ENSMUST00000228377 901 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Abraxas1-202ENSMUST00000055245 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Phospho2-201ENSMUST00000028494 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Flywch1-202ENSMUST00000086325 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Poli-201ENSMUST00000043286 2591 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Prdm4-201ENSMUST00000037646 3877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Ccdc115-201ENSMUST00000042493 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Arrb2-202ENSMUST00000084954 1732 ntTSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
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Rnf40Q3U319 Golt1a-201ENSMUST00000094557 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Kat5-201ENSMUST00000113641 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Osr1-201ENSMUST00000057021 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Btd-201ENSMUST00000090147 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Abcb4-201ENSMUST00000003717 4079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Rdx-201ENSMUST00000000590 4380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Arpc2-202ENSMUST00000113819 1313 ntTSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Ccdc88b-201ENSMUST00000113440 4959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Akap1-201ENSMUST00000018572 3758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Shroom1-204ENSMUST00000109013 3312 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Sgk1-202ENSMUST00000092673 2576 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
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Rnf40Q3U319 Lrrc73-201ENSMUST00000095262 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Fdx1-202ENSMUST00000214013 2759 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
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Rnf40Q3U319 Snx17-201ENSMUST00000031029 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
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Rnf40Q3U319 Ttl-201ENSMUST00000035812 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
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Rnf40Q3U319 Khdc1c-201ENSMUST00000070223 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
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Rnf40Q3U319 Cadm2-203ENSMUST00000120898 2768 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
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Rnf40Q3U319 Rbm15-201ENSMUST00000061772 4343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Gm14634-201ENSMUST00000139163 1662 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Pitx2-201ENSMUST00000029657 1680 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
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Rnf40Q3U319 Phf21b-203ENSMUST00000159939 3639 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
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Rnf40Q3U319 Casc4-204ENSMUST00000110586 4032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Hsp90b1-201ENSMUST00000020238 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Gm10676-201ENSMUST00000098778 3221 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Chst14-202ENSMUST00000110837 1991 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Oas1g-201ENSMUST00000086368 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Prmt6-203ENSMUST00000190378 3051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Arl4aos-201ENSMUST00000135883 748 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Gm3764-202ENSMUST00000180582 440 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 CT009738.1-201ENSMUST00000219031 809 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Col2a1-201ENSMUST00000023123 5104 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Safb-201ENSMUST00000095224 3106 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Gm26860-201ENSMUST00000181674 1489 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Syt3-201ENSMUST00000118831 2627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Pacsin3-201ENSMUST00000028694 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Cyp2f2-201ENSMUST00000003100 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 R74862-202ENSMUST00000133630 2482 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Slc35f4-205ENSMUST00000146164 2480 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Bptf-201ENSMUST00000057892 11488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
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