Protein–RNA interactions for Protein: Q9JKE1

Trem3, TREM-3, mousemouse

Predictions only

Length 183 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trem3Q9JKE1 Kras-201ENSMUST00000032399 4678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
Trem3Q9JKE1 Hook1-201ENSMUST00000030306 5517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
Trem3Q9JKE1 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
Trem3Q9JKE1 Gm24970-201ENSMUST00000175582 82 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
Trem3Q9JKE1 Qrich1-209ENSMUST00000194385 975 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
Trem3Q9JKE1 Gm9397-201ENSMUST00000200125 605 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
Trem3Q9JKE1 Il17rd-202ENSMUST00000223942 2186 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
Trem3Q9JKE1 Gm37847-201ENSMUST00000192163 1497 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
Trem3Q9JKE1 Gm31748-201ENSMUST00000194938 1497 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
Trem3Q9JKE1 Tmem243-201ENSMUST00000115365 1040 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
Trem3Q9JKE1 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
Trem3Q9JKE1 Sh3d21-202ENSMUST00000097891 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
Trem3Q9JKE1 Fam149b-203ENSMUST00000090499 2370 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Trem3Q9JKE1 Dlx6os2-201ENSMUST00000178206 1354 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
Trem3Q9JKE1 Aspscr1-202ENSMUST00000103016 1689 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
Trem3Q9JKE1 Gm30023-201ENSMUST00000197970 889 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
Trem3Q9JKE1 St6galnac6-203ENSMUST00000095044 2394 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Trem3Q9JKE1 Phox2a-201ENSMUST00000008090 1609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.58
Trem3Q9JKE1 6430548M08Rik-202ENSMUST00000108948 1762 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Trem3Q9JKE1 Gna13-202ENSMUST00000106702 914 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Trem3Q9JKE1 Plvap-201ENSMUST00000048452 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Trem3Q9JKE1 Fcho2-201ENSMUST00000040340 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
Trem3Q9JKE1 Hoxc8-201ENSMUST00000001703 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
Trem3Q9JKE1 Spsb3-205ENSMUST00000120943 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
Trem3Q9JKE1 Zdhhc2-205ENSMUST00000167766 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
Trem3Q9JKE1 Grin2d-201ENSMUST00000002848 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
Trem3Q9JKE1 Cadps-203ENSMUST00000112658 5458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
Trem3Q9JKE1 Dusp7-201ENSMUST00000172306 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
Trem3Q9JKE1 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
Trem3Q9JKE1 Cadm1-202ENSMUST00000085909 2126 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Trem3Q9JKE1 Gpr137c-205ENSMUST00000227009 771 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
Trem3Q9JKE1 Esrra-201ENSMUST00000025906 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Trem3Q9JKE1 Osbpl10-207ENSMUST00000183104 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
Trem3Q9JKE1 Particl-201ENSMUST00000205370 1560 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
Trem3Q9JKE1 Wwc1-201ENSMUST00000018993 4531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
Trem3Q9JKE1 Kcnq5-206ENSMUST00000173404 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
Trem3Q9JKE1 Pan3-201ENSMUST00000031651 5048 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
Trem3Q9JKE1 Ctage5-218ENSMUST00000177162 2728 ntTSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
Trem3Q9JKE1 Dnttip1-201ENSMUST00000017443 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
Trem3Q9JKE1 Fam204a-201ENSMUST00000065286 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
Trem3Q9JKE1 Usp12-201ENSMUST00000085614 4327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
Trem3Q9JKE1 Adprhl2-201ENSMUST00000102617 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
Trem3Q9JKE1 Ran-202ENSMUST00000111343 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
Trem3Q9JKE1 1810026B05Rik-202ENSMUST00000184554 782 ntTSL 3 BASIC18.63■□□□□ 0.57
Trem3Q9JKE1 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
Trem3Q9JKE1 Onecut3-201ENSMUST00000051773 4776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Trem3Q9JKE1 E130309D02Rik-201ENSMUST00000046418 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Trem3Q9JKE1 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Trem3Q9JKE1 Prr5-201ENSMUST00000065499 1830 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Trem3Q9JKE1 Fam126a-206ENSMUST00000197617 2288 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
Trem3Q9JKE1 Pan3-209ENSMUST00000176600 5541 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
Trem3Q9JKE1 Mapk1-201ENSMUST00000023462 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Trem3Q9JKE1 Mxra7-201ENSMUST00000021170 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Trem3Q9JKE1 1810049J17Rik-201ENSMUST00000180521 462 ntAPPRIS P1 BASIC18.61■□□□□ 0.57
Trem3Q9JKE1 Psip1-203ENSMUST00000107215 1898 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Trem3Q9JKE1 Fam220a-201ENSMUST00000067145 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Trem3Q9JKE1 Ttc9-201ENSMUST00000036116 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Trem3Q9JKE1 Cdkn2b-201ENSMUST00000097981 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Trem3Q9JKE1 1110008F13Rik-201ENSMUST00000029165 1045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Trem3Q9JKE1 Gm9887-201ENSMUST00000053451 624 ntAPPRIS P1 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Trem3Q9JKE1 Tmem260-210ENSMUST00000227440 2222 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Trem3Q9JKE1 Elf2-203ENSMUST00000108051 2514 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Trem3Q9JKE1 Osbpl1a-209ENSMUST00000122175 1203 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Trem3Q9JKE1 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
Trem3Q9JKE1 Prph-202ENSMUST00000047104 1865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Trem3Q9JKE1 Tmpo-203ENSMUST00000092219 1854 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Trem3Q9JKE1 Lrrc4b-201ENSMUST00000058667 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Trem3Q9JKE1 Slc16a11-211ENSMUST00000171032 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
Trem3Q9JKE1 E130102H24Rik-201ENSMUST00000144604 741 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Trem3Q9JKE1 Gm26536-201ENSMUST00000181072 1196 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Trem3Q9JKE1 Gm45855-201ENSMUST00000212546 880 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
Trem3Q9JKE1 D130020L05Rik-201ENSMUST00000180800 2431 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Trem3Q9JKE1 Hdac1-201ENSMUST00000102597 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Trem3Q9JKE1 Evl-201ENSMUST00000021689 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Trem3Q9JKE1 Ip6k1-208ENSMUST00000176854 2251 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Trem3Q9JKE1 Kcnc3-202ENSMUST00000107907 5281 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Trem3Q9JKE1 Kansl1l-202ENSMUST00000113987 2342 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Trem3Q9JKE1 Fam168b-203ENSMUST00000167518 5058 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Trem3Q9JKE1 Kif1c-205ENSMUST00000152618 1943 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Trem3Q9JKE1 Rundc3b-202ENSMUST00000115378 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Trem3Q9JKE1 1190005I06Rik-201ENSMUST00000123927 844 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Trem3Q9JKE1 Shb-201ENSMUST00000061986 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Trem3Q9JKE1 Brwd1-203ENSMUST00000113827 2382 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Trem3Q9JKE1 B230208H11Rik-201ENSMUST00000180529 1112 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Trem3Q9JKE1 Dut-202ENSMUST00000082122 1020 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Trem3Q9JKE1 Anxa5-201ENSMUST00000029266 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Trem3Q9JKE1 Ccdc122-201ENSMUST00000048208 1721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Trem3Q9JKE1 AC117232.3-201ENSMUST00000217817 338 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Trem3Q9JKE1 Kat2b-201ENSMUST00000000724 4653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Trem3Q9JKE1 Tgfbrap1-202ENSMUST00000186694 5385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Trem3Q9JKE1 Grin2d-203ENSMUST00000211713 5244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Trem3Q9JKE1 Gm10499-202ENSMUST00000174778 1698 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Trem3Q9JKE1 Dusp5-201ENSMUST00000038287 2473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Trem3Q9JKE1 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Trem3Q9JKE1 Smarcc1-201ENSMUST00000088716 5717 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Trem3Q9JKE1 Lor-201ENSMUST00000058150 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Trem3Q9JKE1 Tmpo-204ENSMUST00000099355 1953 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Trem3Q9JKE1 Fam92a-202ENSMUST00000108285 1639 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Trem3Q9JKE1 Rundc3a-203ENSMUST00000107103 1822 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Trem3Q9JKE1 Pdcd4-203ENSMUST00000165617 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.1 ms