Protein–RNA interactions for Protein: Q5I043

Usp28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, mousemouse

Predictions only

Length 1,051 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp28Q5I043 Ubp1-204ENSMUST00000214095 2320 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
Usp28Q5I043 Spsb3-205ENSMUST00000120943 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
Usp28Q5I043 Ran-202ENSMUST00000111343 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
Usp28Q5I043 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
Usp28Q5I043 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
Usp28Q5I043 Wnt2-201ENSMUST00000010941 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
Usp28Q5I043 Sh3d21-202ENSMUST00000097891 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
Usp28Q5I043 Foxa2-202ENSMUST00000109964 2070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
Usp28Q5I043 2610307P16Rik-205ENSMUST00000148885 1870 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
Usp28Q5I043 Fam220a-204ENSMUST00000119488 2202 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
Usp28Q5I043 Fam220a-209ENSMUST00000200267 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
Usp28Q5I043 E130309D02Rik-201ENSMUST00000046418 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
Usp28Q5I043 C1qtnf5-201ENSMUST00000114815 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
Usp28Q5I043 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
Usp28Q5I043 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
Usp28Q5I043 Mxra7-201ENSMUST00000021170 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
Usp28Q5I043 Dnpep-201ENSMUST00000066668 2488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
Usp28Q5I043 Psip1-203ENSMUST00000107215 1898 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Usp28Q5I043 Efhd2-201ENSMUST00000036854 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Usp28Q5I043 Ankrd60-202ENSMUST00000119453 1084 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
Usp28Q5I043 Ccdc136-206ENSMUST00000145310 1703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
Usp28Q5I043 St6galnac6-203ENSMUST00000095044 2394 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.84
Usp28Q5I043 Fam126a-206ENSMUST00000197617 2288 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.84
Usp28Q5I043 Snx3-203ENSMUST00000105500 753 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
Usp28Q5I043 Gng13-201ENSMUST00000115108 347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
Usp28Q5I043 Prph-202ENSMUST00000047104 1865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
Usp28Q5I043 Prr5-201ENSMUST00000065499 1830 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
Usp28Q5I043 Anxa5-201ENSMUST00000029266 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Usp28Q5I043 Bod1-202ENSMUST00000109415 799 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
Usp28Q5I043 Serpinb6a-206ENSMUST00000167163 1654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
Usp28Q5I043 Hoxb3-202ENSMUST00000093944 3190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
Usp28Q5I043 Ctage5-218ENSMUST00000177162 2728 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
Usp28Q5I043 Hoxc8-201ENSMUST00000001703 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
Usp28Q5I043 Pdcd4-203ENSMUST00000165617 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
Usp28Q5I043 Ttc9-201ENSMUST00000036116 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
Usp28Q5I043 Pm20d2-202ENSMUST00000119167 1339 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
Usp28Q5I043 Lpcat4-201ENSMUST00000028554 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
Usp28Q5I043 Cnnm3-202ENSMUST00000097776 5292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
Usp28Q5I043 Fam220a-205ENSMUST00000169329 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
Usp28Q5I043 Tmem55b-201ENSMUST00000049312 1594 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Usp28Q5I043 Gm14121-201ENSMUST00000121441 1380 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
Usp28Q5I043 Ccsap-202ENSMUST00000122421 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
Usp28Q5I043 Mapkap1-201ENSMUST00000113123 1530 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
Usp28Q5I043 Gm26536-201ENSMUST00000181072 1196 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
Usp28Q5I043 Il17rd-202ENSMUST00000223942 2186 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
Usp28Q5I043 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
Usp28Q5I043 Cops6-202ENSMUST00000110951 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
Usp28Q5I043 Gemin7-202ENSMUST00000117222 1023 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
Usp28Q5I043 Fam92a-202ENSMUST00000108285 1639 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
Usp28Q5I043 Tmpo-203ENSMUST00000092219 1854 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
Usp28Q5I043 Kif1c-205ENSMUST00000152618 1943 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
Usp28Q5I043 A330023F24Rik-201ENSMUST00000181226 955 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
Usp28Q5I043 Ppp1r14b-201ENSMUST00000070850 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
Usp28Q5I043 Hibadh-201ENSMUST00000031788 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
Usp28Q5I043 Rbmxl2-201ENSMUST00000098135 1472 ntAPPRIS P1 BASIC26.41■■□□□ 1.82
Usp28Q5I043 3110021N24Rik-201ENSMUST00000178992 1812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
Usp28Q5I043 Map2k7-207ENSMUST00000110999 1578 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
Usp28Q5I043 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.39■■□□□ 1.82
Usp28Q5I043 Phf23-201ENSMUST00000018716 2006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
Usp28Q5I043 A230005M16Rik-201ENSMUST00000137661 1605 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
Usp28Q5I043 Osbpl10-207ENSMUST00000183104 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.81
Usp28Q5I043 Tmem200b-201ENSMUST00000094666 1370 ntAPPRIS P1 BASIC26.38■■□□□ 1.81
Usp28Q5I043 Tsen34-203ENSMUST00000108629 1238 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
Usp28Q5I043 Scx-201ENSMUST00000043089 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
Usp28Q5I043 Ip6k1-208ENSMUST00000176854 2251 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
Usp28Q5I043 Shb-201ENSMUST00000061986 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
Usp28Q5I043 Dnajc21-201ENSMUST00000136591 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
Usp28Q5I043 Tmem260-210ENSMUST00000227440 2222 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
Usp28Q5I043 Fank1-204ENSMUST00000209511 1392 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
Usp28Q5I043 Slc16a11-211ENSMUST00000171032 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
Usp28Q5I043 Dusp7-201ENSMUST00000172306 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
Usp28Q5I043 Gmeb1-202ENSMUST00000105964 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
Usp28Q5I043 Plvap-201ENSMUST00000048452 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
Usp28Q5I043 Elf2-203ENSMUST00000108051 2514 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
Usp28Q5I043 Cetn4-202ENSMUST00000075537 762 ntTSL 3 BASIC26.35■■□□□ 1.81
Usp28Q5I043 Kansl1l-202ENSMUST00000113987 2342 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
Usp28Q5I043 Gm10499-202ENSMUST00000174778 1698 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
Usp28Q5I043 Cadm1-202ENSMUST00000085909 2126 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
Usp28Q5I043 Rasgef1c-203ENSMUST00000093142 2216 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
Usp28Q5I043 Nkain2-201ENSMUST00000092602 558 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
Usp28Q5I043 Mapk1-201ENSMUST00000023462 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
Usp28Q5I043 D130020L05Rik-201ENSMUST00000180800 2431 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
Usp28Q5I043 Etfa-201ENSMUST00000034866 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
Usp28Q5I043 Spg7-201ENSMUST00000108868 845 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
Usp28Q5I043 Gm42809-201ENSMUST00000198429 1138 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
Usp28Q5I043 Lor-201ENSMUST00000058150 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
Usp28Q5I043 Wnt5b-203ENSMUST00000119369 2339 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
Usp28Q5I043 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
Usp28Q5I043 Hgh1-201ENSMUST00000023213 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
Usp28Q5I043 Iffo2-203ENSMUST00000174078 5716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
Usp28Q5I043 Hdac1-201ENSMUST00000102597 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
Usp28Q5I043 Dusp5-201ENSMUST00000038287 2473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
Usp28Q5I043 2310061I04Rik-202ENSMUST00000146451 2081 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Usp28Q5I043 A330041J22Rik-201ENSMUST00000150367 1825 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Usp28Q5I043 Coro1b-201ENSMUST00000008893 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Usp28Q5I043 Nudt9-201ENSMUST00000031250 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Usp28Q5I043 Arl8a-201ENSMUST00000027684 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
Usp28Q5I043 Fam204a-201ENSMUST00000065286 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
Usp28Q5I043 Upf3a-201ENSMUST00000043767 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
Usp28Q5I043 Ccdc142-201ENSMUST00000101254 2317 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.2 ms