Protein–RNA interactions for Protein: P08121

Col3a1, Collagen alpha-1(III) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,464 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col3a1P08121 Adprhl2-201ENSMUST00000102617 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Col3a1P08121 Azin2-202ENSMUST00000106068 2049 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
Col3a1P08121 Nt5c3-201ENSMUST00000031793 1676 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Col3a1P08121 Crct1-201ENSMUST00000029521 718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Col3a1P08121 Marveld2-202ENSMUST00000163163 2187 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Col3a1P08121 Pex10-201ENSMUST00000103180 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Col3a1P08121 Scarna2-201ENSMUST00000157560 414 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
Col3a1P08121 Dctpp1-201ENSMUST00000035276 676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Col3a1P08121 A830010M20Rik-202ENSMUST00000094541 1134 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
Col3a1P08121 Gm12818-201ENSMUST00000117562 1349 ntBASIC28.51■■■□□ 2.16
Col3a1P08121 Gm9806-201ENSMUST00000051080 552 ntBASIC28.51■■■□□ 2.15
Col3a1P08121 Gjd3-201ENSMUST00000062931 837 ntAPPRIS P1 BASIC28.51■■■□□ 2.15
Col3a1P08121 Stbd1-202ENSMUST00000200941 523 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
Col3a1P08121 Gm16049-201ENSMUST00000155166 616 ntTSL 3 BASIC28.47■■■□□ 2.15
Col3a1P08121 Esrra-201ENSMUST00000025906 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Col3a1P08121 B230322F03Rik-201ENSMUST00000181932 1569 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
Col3a1P08121 Dtnb-203ENSMUST00000164578 2355 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Col3a1P08121 Gm20512-201ENSMUST00000172483 618 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Col3a1P08121 Nnat-208ENSMUST00000173595 927 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
Col3a1P08121 Cdc14b-207ENSMUST00000221634 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
Col3a1P08121 Mogs-201ENSMUST00000032114 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
Col3a1P08121 Nkx2-4-201ENSMUST00000067020 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
Col3a1P08121 Trappc6b-201ENSMUST00000021380 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
Col3a1P08121 AC122317.2-201ENSMUST00000218708 1248 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
Col3a1P08121 Crlf2-201ENSMUST00000044579 1323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
Col3a1P08121 Gm40983-202ENSMUST00000222598 1198 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
Col3a1P08121 Rab4b-201ENSMUST00000093040 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Col3a1P08121 Cpsf4-205ENSMUST00000160629 1713 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Col3a1P08121 Gm11687-201ENSMUST00000118911 886 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
Col3a1P08121 Klhl15-203ENSMUST00000113911 1227 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Col3a1P08121 Gm9812-201ENSMUST00000061934 968 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
Col3a1P08121 Ppp1r14c-202ENSMUST00000217573 2013 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Col3a1P08121 Ybx2-205ENSMUST00000149194 1235 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
Col3a1P08121 Gm26536-201ENSMUST00000181072 1196 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Col3a1P08121 Klhl25-205ENSMUST00000206019 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Col3a1P08121 Ppp4c-201ENSMUST00000032936 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Col3a1P08121 Dnttip1-201ENSMUST00000017443 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Col3a1P08121 Azin2-203ENSMUST00000119354 1921 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Col3a1P08121 Map2k7-201ENSMUST00000003027 1626 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Col3a1P08121 Eif4e2-204ENSMUST00000113231 1119 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Col3a1P08121 Aspscr1-203ENSMUST00000106158 1690 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
Col3a1P08121 Arhgap22-201ENSMUST00000111955 2148 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Col3a1P08121 Ndufs3-201ENSMUST00000005647 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
Col3a1P08121 Gm37847-201ENSMUST00000192163 1497 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
Col3a1P08121 Gm31748-201ENSMUST00000194938 1497 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
Col3a1P08121 Smagp-201ENSMUST00000066068 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Col3a1P08121 Hdac3-201ENSMUST00000043498 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Col3a1P08121 Hook1-202ENSMUST00000107083 1506 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Col3a1P08121 Phf23-201ENSMUST00000018716 2006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Col3a1P08121 Atp5j-201ENSMUST00000023608 809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Col3a1P08121 Slc30a2-203ENSMUST00000105873 1224 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
Col3a1P08121 Gm28529-202ENSMUST00000189675 670 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
Col3a1P08121 Ssbp4-205ENSMUST00000210369 1828 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
Col3a1P08121 Kcnip2-208ENSMUST00000161886 693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Col3a1P08121 Gm16437-201ENSMUST00000025669 507 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
Col3a1P08121 Cnep1r1-201ENSMUST00000095214 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Col3a1P08121 Gpr25-201ENSMUST00000086395 1077 ntAPPRIS P1 BASIC28.34■■■□□ 2.13
Col3a1P08121 2510046G10Rik-202ENSMUST00000187458 1052 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
Col3a1P08121 AC153366.1-201ENSMUST00000218132 1056 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Col3a1P08121 B3gat1-201ENSMUST00000115269 1665 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Col3a1P08121 Nog-201ENSMUST00000061728 1695 ntAPPRIS P1 BASIC28.32■■■□□ 2.12
Col3a1P08121 Rps2-ps13-201ENSMUST00000117295 882 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
Col3a1P08121 Gm12366-201ENSMUST00000121722 873 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
Col3a1P08121 Rps2-206ENSMUST00000146867 962 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
Col3a1P08121 Rps2-ps10-201ENSMUST00000076842 879 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
Col3a1P08121 Gm5786-201ENSMUST00000085368 882 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
Col3a1P08121 2410017I17Rik-202ENSMUST00000090537 2053 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Col3a1P08121 Fezf2-202ENSMUST00000224023 1917 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
Col3a1P08121 Cox11-201ENSMUST00000020851 1224 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Col3a1P08121 Ablim1-208ENSMUST00000111544 2231 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
Col3a1P08121 Gm44957-202ENSMUST00000205137 448 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Col3a1P08121 Fra10ac1-201ENSMUST00000067167 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Col3a1P08121 A230005M16Rik-201ENSMUST00000137661 1605 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Col3a1P08121 Rnaseh2c-201ENSMUST00000025864 1126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Col3a1P08121 Gm45051-201ENSMUST00000206838 963 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Col3a1P08121 Tceal6-201ENSMUST00000033783 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Col3a1P08121 Bag2-201ENSMUST00000044691 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Col3a1P08121 Arl8a-201ENSMUST00000027684 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Col3a1P08121 Plpp2-204ENSMUST00000166804 1566 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
Col3a1P08121 Arpc2-201ENSMUST00000006467 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Col3a1P08121 Txndc9-207ENSMUST00000195032 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
Col3a1P08121 Gm8098-201ENSMUST00000146985 1499 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Col3a1P08121 Mlf2-202ENSMUST00000180095 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Col3a1P08121 Slc50a1-201ENSMUST00000029565 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Col3a1P08121 Klhl15-202ENSMUST00000113908 1235 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Col3a1P08121 Gli3-204ENSMUST00000141194 466 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Col3a1P08121 Anxa5-201ENSMUST00000029266 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Col3a1P08121 Prrx2-201ENSMUST00000041659 1441 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Col3a1P08121 Terf2-203ENSMUST00000116425 2471 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Col3a1P08121 Sh3gl3-201ENSMUST00000032874 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Col3a1P08121 Cox4i1-205ENSMUST00000181586 765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Col3a1P08121 A530095I07Rik-201ENSMUST00000070942 847 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Col3a1P08121 Hmox2-202ENSMUST00000118885 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Col3a1P08121 Psmg1-201ENSMUST00000023630 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Col3a1P08121 Ubp1-203ENSMUST00000116492 2111 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Col3a1P08121 Hoxb3os-202ENSMUST00000147410 1945 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Col3a1P08121 Mpped1-208ENSMUST00000163723 1064 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Col3a1P08121 Gm9910-201ENSMUST00000195385 1550 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
Col3a1P08121 AC151971.4-201ENSMUST00000214717 704 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
Col3a1P08121 AC153911.1-201ENSMUST00000220378 758 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 65.3 ms