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| RUNX3 | Q13761 | DMD-201 | ENST00000288447 | 3856 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | DNAH12-201 | ENST00000311202 | 1555 nt | TSL 2 BASIC | 2.95 | □□□□□ -1.94 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TMEM232-201 | ENST00000455884 | 2501 nt | APPRIS P2 TSL 2 BASIC | 2.95 | □□□□□ -1.94 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC010733.2-201 | ENST00000589496 | 5702 nt | BASIC | 2.95 | □□□□□ -1.94 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | RNU6-878P-201 | ENST00000384578 | 110 nt | BASIC | 2.95 | □□□□□ -1.94 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | RPS4XP8-201 | ENST00000402039 | 771 nt | BASIC | 2.95 | □□□□□ -1.94 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HSPE1P26-201 | ENST00000405341 | 275 nt | BASIC | 2.95 | □□□□□ -1.94 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RN7SKP285-201 | ENST00000410137 | 318 nt | BASIC | 2.95 | □□□□□ -1.94 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PSMA6P3-201 | ENST00000428242 | 164 nt | BASIC | 2.95 | □□□□□ -1.94 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LAMTOR3P1-201 | ENST00000428620 | 370 nt | BASIC | 2.95 | □□□□□ -1.94 | | |
| RUNX3 | Q13761 | EZH2P1-201 | ENST00000431167 | 291 nt | BASIC | 2.95 | □□□□□ -1.94 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC00353-201 | ENST00000435401 | 685 nt | TSL 5 BASIC | 2.95 | □□□□□ -1.94 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL512271.1-201 | ENST00000439878 | 434 nt | TSL 3 BASIC | 2.95 | □□□□□ -1.94 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL451164.2-201 | ENST00000445932 | 597 nt | TSL 2 BASIC | 2.95 | □□□□□ -1.94 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HMGN2P21-201 | ENST00000447764 | 270 nt | BASIC | 2.95 | □□□□□ -1.94 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SUMO2P2-201 | ENST00000456482 | 255 nt | BASIC | 2.95 | □□□□□ -1.94 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPS20P24-201 | ENST00000457473 | 361 nt | BASIC | 2.95 | □□□□□ -1.94 | | |
| RUNX3 | Q13761 | NCOR1P1-201 | ENST00000478176 | 406 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.95 | □□□□□ -1.94 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | VCAN-AS1-201 | ENST00000512090 | 424 nt | TSL 3 BASIC | 2.95 | □□□□□ -1.94 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC239860.2-201 | ENST00000525886 | 270 nt | BASIC | 2.95 | □□□□□ -1.94 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC239802.1-201 | ENST00000531288 | 406 nt | TSL 5 BASIC | 2.95 | □□□□□ -1.94 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AP003385.6-201 | ENST00000531603 | 374 nt | BASIC | 2.95 | □□□□□ -1.94 | | |