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| STX4 | Q12846 | CHD1-201 | ENST00000284049 | 6457 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
| STX4 | Q12846 | AGTR1-208 | ENST00000475347 | 1669 nt | APPRIS P1 TSL 3 BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
| STX4 | Q12846 | DNAJC12-202 | ENST00000339758 | 1064 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
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| STX4 | Q12846 | AC008568.2-201 | ENST00000623862 | 2313 nt | BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
| STX4 | Q12846 | ZNF883-201 | ENST00000619044 | 2051 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.02 | | |
| STX4 | Q12846 | RAPGEF6-210 | ENST00000512052 | 3535 nt | TSL 2 BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.02 | | |
| STX4 | Q12846 | HSFY1P1-202 | ENST00000425038 | 1381 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.02 | | |
| STX4 | Q12846 | ANKRD62P1-201 | ENST00000434304 | 1623 nt | BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| STX4 | Q12846 | CACNB4-228 | ENST00000636598 | 7808 nt | TSL 5 BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| STX4 | Q12846 | OR52E2-201 | ENST00000321522 | 978 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| STX4 | Q12846 | RNU6-657P-201 | ENST00000383904 | 107 nt | BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| STX4 | Q12846 | RNU6-878P-201 | ENST00000384578 | 110 nt | BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
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| STX4 | Q12846 | AC090136.1-201 | ENST00000520009 | 240 nt | BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
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| STX4 | Q12846 | AC243972.3-201 | ENST00000539655 | 198 nt | BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| STX4 | Q12846 | MGST1-215 | ENST00000540056 | 546 nt | TSL 3 BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| STX4 | Q12846 | MIR5092-201 | ENST00000583139 | 88 nt | BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| STX4 | Q12846 | AC015688.2-201 | ENST00000584523 | 262 nt | BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| STX4 | Q12846 | AP005380.1-201 | ENST00000584896 | 547 nt | TSL 4 BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| STX4 | Q12846 | RNASEH2B-AS1-202 | ENST00000593369 | 648 nt | TSL 5 BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| STX4 | Q12846 | AC011890.2-201 | ENST00000613393 | 294 nt | BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| STX4 | Q12846 | WARS-244 | ENST00000627608 | 123 nt | TSL 5 BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| STX4 | Q12846 | HPVC1-201 | ENST00000629899 | 1198 nt | BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| STX4 | Q12846 | TEX9-207 | ENST00000560582 | 2005 nt | TSL 3 BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| STX4 | Q12846 | KERA-201 | ENST00000266719 | 2162 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| STX4 | Q12846 | OR5T1-202 | ENST00000641665 | 1471 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.39 | □□□□□ -2.03 | | |
| STX4 | Q12846 | AL512283.1-201 | ENST00000606756 | 1384 nt | BASIC | 2.39 | □□□□□ -2.03 | | |
| STX4 | Q12846 | ZBTB26-202 | ENST00000373656 | 4443 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.39 | □□□□□ -2.03 | | |
| STX4 | Q12846 | AL136360.1-201 | ENST00000503377 | 1900 nt | BASIC | 2.39 | □□□□□ -2.03 | | |
| STX4 | Q12846 | DIRC1-201 | ENST00000308100 | 1037 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.39 | □□□□□ -2.03 | | |
| STX4 | Q12846 | DEFB108F-201 | ENST00000344638 | 222 nt | BASIC | 2.39 | □□□□□ -2.03 | | |
| STX4 | Q12846 | MDM4-202 | ENST00000367180 | 547 nt | TSL 3 BASIC | 2.39 | □□□□□ -2.03 | | |
| STX4 | Q12846 | Y_RNA.510-201 | ENST00000384511 | 114 nt | BASIC | 2.39 | □□□□□ -2.03 | | |
| STX4 | Q12846 | RPS4XP8-201 | ENST00000402039 | 771 nt | BASIC | 2.39 | □□□□□ -2.03 | | |