Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 SYNCRIP-204ENST00000616122 6764 ntTSL 1 (best) BASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 SLC13A1-201ENST00000194130 3815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 TMEM251-201ENST00000283534 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RNU6-288P-201ENST00000363690 104 ntBASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 CFAP126-201ENST00000367974 774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RNU6-14P-201ENST00000384630 106 ntBASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 MIR551A-201ENST00000385042 96 ntBASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC110754.1-201ENST00000399740 601 ntBASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 BX276092.3-201ENST00000424182 230 ntBASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RPL7L1P9-201ENST00000431298 745 ntBASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 PTMAP6-201ENST00000439110 327 ntBASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC009487.1-201ENST00000444164 403 ntTSL 3 BASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC073910.1-201ENST00000445047 438 ntBASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 MRPL48P1-201ENST00000445390 636 ntBASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 GEMIN8P3-201ENST00000445417 720 ntBASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 PCMTD1P1-201ENST00000455560 355 ntBASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RNU7-138P-201ENST00000459479 64 ntBASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RN7SL172P-201ENST00000460535 303 ntBASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC005532.2-201ENST00000467154 373 ntBASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RPS4XP1-201ENST00000482189 787 ntBASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RPL17P19-201ENST00000489069 552 ntBASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC004889.1-208ENST00000489077 423 ntTSL 3 BASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC018437.1-201ENST00000492214 406 ntBASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC008517.1-201ENST00000502383 585 ntTSL 4 BASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC010255.1-201ENST00000504829 731 ntTSL 5 BASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RNU6-513P-201ENST00000516104 104 ntBASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC007991.1-201ENST00000522680 631 ntBASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC023442.3-203ENST00000530946 533 ntTSL 4 BASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 PYM1-205ENST00000547925 499 ntTSL 3 BASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC113418.1-201ENST00000569928 517 ntTSL 1 (best) BASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 MIR5188-201ENST00000583467 113 ntBASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RDM1-226ENST00000619828 687 ntTSL 1 (best) BASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 ALG13-230ENST00000623189 458 ntTSL 3 BASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 SESN1-201ENST00000302071 2718 ntTSL 1 (best) BASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 MAPRE2-202ENST00000413393 4173 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 KLHL28-201ENST00000355081 2177 ntTSL 1 (best) BASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 ZBTB38-202ENST00000441582 3662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 STK31-205ENST00000433467 3085 ntTSL 2 BASIC5.76□□□□□ -1.49
USP4Q13107 HNMT-202ENST00000280097 3295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 ABCB5-201ENST00000258738 2906 ntTSL 1 (best) BASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 DLG1-216ENST00000450955 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 ST7-212ENST00000422922 1887 ntTSL 5 BASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 LRRC49-222ENST00000560158 1898 ntTSL 5 BASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 KCNJ10-205ENST00000638728 4351 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 MTM1-203ENST00000370396 3593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 MPDZ-208ENST00000447879 6262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AMY1C-201ENST00000370079 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 Y_RNA.214-201ENST00000364201 112 ntBASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RNU6-1329P-201ENST00000365664 107 ntBASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 MIR135A2-201ENST00000384854 100 ntBASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC013442.1-201ENST00000397347 228 ntBASIC5.75□□□□□ -1.49
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USP4Q13107 RNU6ATAC16P-201ENST00000408591 138 ntBASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC073521.1-201ENST00000418679 625 ntTSL 3 BASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AL139148.1-201ENST00000427122 680 ntBASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC138761.5-201ENST00000433967 325 ntBASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC008264.1-201ENST00000447612 367 ntBASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC008953.1-201ENST00000497334 318 ntBASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC079226.2-201ENST00000509283 518 ntTSL 2 BASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 SNORA40.14-201ENST00000516543 86 ntBASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC104576.1-201ENST00000524225 88 ntBASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC009643.1-201ENST00000532030 391 ntBASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC069437.1-201ENST00000551372 512 ntTSL 4 BASIC5.75□□□□□ -1.49
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USP4Q13107 AC009019.1-203ENST00000568603 515 ntTSL 5 BASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AP001011.1-202ENST00000581172 667 ntTSL 3 BASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 MIR4660-201ENST00000583549 74 ntBASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC022098.3-201ENST00000590715 315 ntTSL 3 BASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 MIR6130-201ENST00000619419 109 ntBASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 DNAJC2-201ENST00000249270 1846 ntTSL 1 (best) BASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 ZNF891-201ENST00000537226 15455 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 LEPROT-206ENST00000613538 4625 ntTSL 1 (best) BASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC007938.2-201ENST00000604666 2634 ntBASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 BBX-204ENST00000406780 3674 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC5.75□□□□□ -1.49
USP4Q13107 ADH4-207ENST00000505590 1400 ntTSL 5 BASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 DGKH-210ENST00000628433 3449 ntTSL 2 BASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 ZNF248-201ENST00000357328 4795 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RYR3-212ENST00000634891 15591 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 SLC1A2-203ENST00000395753 11689 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 CDK14-203ENST00000406263 5163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 MIR133B-201ENST00000362210 119 ntBASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 Y_RNA.48-201ENST00000362710 103 ntBASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 U3.2-201ENST00000362981 210 ntBASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RNU6-371P-201ENST00000364283 108 ntBASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RNU6-1062P-201ENST00000383908 107 ntBASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 Y_RNA.480-201ENST00000384364 102 ntBASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 Y_RNA.483-201ENST00000384380 101 ntBASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 IGKV5-2-201ENST00000390244 408 ntAPPRIS P1 BASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RNA5SP339-201ENST00000390987 122 ntBASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 CYB5AP4-201ENST00000396692 399 ntBASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 NPS-201ENST00000398023 270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 MRM2-202ENST00000407040 582 ntTSL 3 BASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RNU6-1156P-201ENST00000410365 100 ntBASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 ATP6V1G1P7-201ENST00000415853 349 ntBASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC108032.1-201ENST00000416706 207 ntBASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AL353997.1-201ENST00000432936 108 ntBASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC007327.2-201ENST00000440788 457 ntTSL 3 BASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AL050349.1-201ENST00000441029 401 ntTSL 2 BASIC5.74□□□□□ -1.49
USP4Q13107 RPS3AP12-201ENST00000443616 753 ntBASIC5.74□□□□□ -1.49
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