Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

Predictions only

Length 462 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 ZNF37BP-203ENST00000452306 1352 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 ZNF33BP1-201ENST00000452497 1834 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 OR2B2-201ENST00000303324 1212 ntAPPRIS P1 BASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 RNU6-1243P-201ENST00000364028 107 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 SFR1P1-201ENST00000403720 688 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AP000567.1-201ENST00000406413 156 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AL583834.1-201ENST00000406943 343 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 RNA5SP107-201ENST00000411358 122 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC092745.2-202ENST00000411880 369 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AL135786.1-201ENST00000415892 214 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 RPL7P10-201ENST00000417407 739 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 PCDH9-AS2-201ENST00000419371 538 ntTSL 3 BASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 LINC01611-201ENST00000428896 477 ntTSL 5 BASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AL356475.1-201ENST00000440321 341 ntTSL 5 BASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AL135787.1-201ENST00000450154 302 ntTSL 3 BASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC008280.2-201ENST00000455473 307 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC107029.2-201ENST00000462011 2305 ntTSL 2 BASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 CEP70-205ENST00000464035 1054 ntTSL 1 (best) BASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 VN1R17P-201ENST00000472048 1090 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 RPL21P99-201ENST00000480369 423 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC108860.1-201ENST00000484521 383 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 HMGB1P38-201ENST00000490557 577 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 SNHG27-202ENST00000507933 491 ntTSL 2 BASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC087241.1-201ENST00000508615 429 ntTSL 5 BASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC092542.1-201ENST00000513155 355 ntTSL 2 BASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC093248.1-201ENST00000513197 417 ntTSL 2 BASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 MTATP6P9-201ENST00000515039 680 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 SNORA76.2-201ENST00000517095 137 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC068657.1-201ENST00000520807 306 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC025300.1-201ENST00000526616 384 ntTSL 3 BASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AP003066.2-201ENST00000529375 555 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC026894.1-202ENST00000533843 477 ntTSL 5 BASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC087242.1-201ENST00000536931 572 ntTSL 4 BASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC004217.2-201ENST00000547401 751 ntTSL 3 BASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC130462.1-201ENST00000548144 549 ntTSL 5 BASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC090888.2-201ENST00000559765 1144 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC009712.1-201ENST00000564938 316 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 MTCYBP28-201ENST00000566728 1132 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AGGF1P5-201ENST00000567900 919 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 MTATP6P24-201ENST00000576835 677 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC007938.3-201ENST00000604965 623 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC006023.2-201ENST00000609916 167 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 U73479.1-201ENST00000618062 168 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC109809.1-201ENST00000619665 545 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 ATXN3L-202ENST00000622204 837 ntTSL 5 BASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AL078595.3-201ENST00000623815 1166 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC092608.3-201ENST00000625017 386 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 PISRT1-201ENST00000626175 531 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC245427.3-201ENST00000632041 51 ntAPPRIS P1 BASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AL445984.1-201ENST00000637834 659 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 DMD-203ENST00000357033 13956 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 HSPA8P4-201ENST00000511877 1920 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 TAB3P1-202ENST00000452645 1634 ntBASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 MYOT-202ENST00000421631 1474 ntTSL 2 BASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 ARID2-206ENST00000457135 4356 ntTSL 1 (best) BASIC2.89□□□□□ -1.95
SHHQ15465 ELL2P4-201ENST00000446870 1376 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 MTND4P8-201ENST00000514997 1362 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC093725.1-201ENST00000508135 2672 ntTSL 5 BASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 TAB3-205ENST00000378933 6671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AL365440.2-201ENST00000419738 2597 ntTSL 2 BASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 MTCO1P4-201ENST00000520516 1409 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 ASB17-201ENST00000284142 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 MS4A5-201ENST00000300190 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 RNU6-543P-201ENST00000362576 108 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 SNORA72.3-201ENST00000365074 132 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 RNU6-481P-201ENST00000384194 107 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AL391863.2-201ENST00000411838 681 ntTSL 2 BASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AL159990.1-201ENST00000415119 337 ntTSL 3 BASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AL158050.1-201ENST00000416077 457 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC245291.1-201ENST00000419501 328 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC112220.1-201ENST00000434628 355 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AL159990.2-201ENST00000436491 337 ntTSL 3 BASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AL034418.1-201ENST00000448675 860 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 NF1P3-201ENST00000457709 450 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC090525.1-201ENST00000479116 478 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 LINC01612-201ENST00000504509 469 ntTSL 3 BASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC096571.1-202ENST00000506634 735 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC114322.1-201ENST00000506771 926 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 RNA5SP320-201ENST00000516263 124 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC104012.1-201ENST00000517848 719 ntTSL 3 BASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AP003355.1-201ENST00000518956 587 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC083923.1-201ENST00000523708 376 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 OSBPL9P3-201ENST00000534523 595 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 RERG-IT1-201ENST00000539734 301 ntTSL 3 BASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC010198.2-201ENST00000550612 259 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC009063.1-201ENST00000563342 702 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC005951.1-201ENST00000576706 485 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 ZNF861P-201ENST00000588126 639 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 LINC01533-205ENST00000593056 607 ntTSL 3 BASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC008764.2-201ENST00000597226 376 ntTSL 5 BASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC092364.1-201ENST00000598561 471 ntTSL 3 BASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC068620.3-201ENST00000602749 560 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC018645.2-201ENST00000609151 472 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 MIR1264-201ENST00000616374 69 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC026523.1-201ENST00000617221 490 ntTSL 5 BASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AL161616.2-201ENST00000622001 565 ntTSL 4 BASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AL138955.1-201ENST00000622881 1040 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC068880.4-201ENST00000623082 495 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC024595.1-201ENST00000623088 387 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
SHHQ15465 AC097520.1-201ENST00000624435 385 ntBASIC2.88□□□□□ -1.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 97.7 ms