Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 RPL7P60-201ENST00000397636 735 ntBASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 Z98745.1-201ENST00000402553 494 ntBASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AL354714.4-201ENST00000427339 575 ntTSL 3 BASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AC005019.1-201ENST00000436455 431 ntBASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AC004869.2-201ENST00000436501 229 ntTSL 3 BASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AF228730.2-201ENST00000438784 848 ntBASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AC010157.1-201ENST00000440589 527 ntTSL 4 BASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AL392103.1-201ENST00000447000 198 ntBASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 GSTA11P-201ENST00000452866 669 ntBASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 SNAP25-AS1-205ENST00000453544 368 ntTSL 5 BASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AC109635.4-202ENST00000531666 412 ntBASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AC010185.1-201ENST00000542489 456 ntTSL 3 BASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AC044873.1-201ENST00000580487 399 ntTSL 3 BASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 MIR3672-201ENST00000584290 82 ntBASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AL732372.2-225ENST00000642124 456 ntBASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 FAM19A2-215ENST00000551619 2718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 WDR35-202ENST00000345530 6960 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 LINC01416-201ENST00000563553 2310 ntTSL 1 (best) BASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 DNAJC16-210ENST00000616884 5882 ntTSL 1 (best) BASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 FGF1-202ENST00000359370 3660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 E2F5-208ENST00000521429 1551 ntTSL 5 BASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 CCNYL2-202ENST00000637719 3311 ntTSL 2 BASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 PRG4-204ENST00000445192 5044 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 CRISP3-201ENST00000263045 2170 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 LINC01676-202ENST00000435253 1849 ntTSL 1 (best) BASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 GABRG1-201ENST00000295452 6785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 OSBPL9P1-201ENST00000604744 1469 ntBASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 RAD51AP1-202ENST00000352618 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 OR2J1-202ENST00000641659 2144 ntAPPRIS P1 BASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 EXPH5-201ENST00000265843 10187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 RNF6P1-201ENST00000444889 1784 ntBASIC5.83□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 CENPI-201ENST00000372926 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AC119744.1-201ENST00000454746 1715 ntBASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 NUP35-201ENST00000295119 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 DPP8-203ENST00000341861 8699 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 ZNF732-202ENST00000619749 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 SRGAP1-201ENST00000355086 23331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 C9orf72-202ENST00000379997 1873 ntTSL 2 BASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AL512646.1-201ENST00000269395 1077 ntBASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 Y_RNA.117-201ENST00000363294 101 ntBASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 RNU6-853P-201ENST00000364306 107 ntBASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 SNORA70.2-201ENST00000364506 135 ntBASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 RNU4-7P-201ENST00000364758 141 ntBASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 MIR659-201ENST00000384963 97 ntBASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AL606923.1-201ENST00000406616 190 ntBASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 RNU2-36P-201ENST00000410361 191 ntBASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 LINC02542-201ENST00000418567 822 ntTSL 5 BASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 E2F6P2-201ENST00000420708 748 ntBASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AC104777.1-203ENST00000423428 554 ntTSL 3 BASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 OR2AS1P-201ENST00000427827 319 ntBASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 RPS20P5-201ENST00000434808 360 ntBASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AL138916.1-201ENST00000436295 455 ntTSL 3 BASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 MTCO3P45-201ENST00000443036 613 ntBASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AC092666.1-202ENST00000493400 442 ntTSL 2 BASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 GZMAP1-201ENST00000503054 631 ntBASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AC092546.1-202ENST00000505628 499 ntTSL 2 BASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AC097473.1-201ENST00000508142 408 ntBASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 LINC02501-201ENST00000510420 426 ntTSL 2 BASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AC024958.1-201ENST00000519364 902 ntTSL 5 BASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AC104316.1-201ENST00000521258 625 ntTSL 3 BASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AP000857.1-201ENST00000532151 543 ntBASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 OR8R1P-201ENST00000543943 764 ntBASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AC090751.1-201ENST00000566966 267 ntBASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AC087749.2-201ENST00000583910 352 ntTSL 5 BASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 LINC01928-201ENST00000591029 504 ntTSL 3 BASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AC133104.2-201ENST00000615272 193 ntBASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AL669831.3-213ENST00000636676 183 ntBASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 SEC24D-211ENST00000511481 2626 ntTSL 1 (best) BASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 CENPI-204ENST00000423383 2314 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 ZNF24-202ENST00000399061 6282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 KCNJ16-204ENST00000585558 4014 ntTSL 1 (best) BASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 MPDZ-208ENST00000447879 6262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.82□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 DOPEY1-202ENST00000349129 8210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.81□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 PPIG-201ENST00000260970 6368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.81□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 PRR14L-201ENST00000327423 10826 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC5.81□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 CAST-201ENST00000309190 4282 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.81□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 API5-210ENST00000534600 1760 ntTSL 5 BASIC5.81□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 RPGRIP1L-212ENST00000621565 6038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.81□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 ZNF845-201ENST00000458035 4311 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC5.81□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 RNU6-552P-201ENST00000362869 119 ntBASIC5.81□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 Y_RNA.80-201ENST00000362996 102 ntBASIC5.81□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 RNU6-249P-201ENST00000363016 102 ntBASIC5.81□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 RNU6-266P-201ENST00000364225 107 ntBASIC5.81□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 Y_RNA.378-201ENST00000365652 113 ntBASIC5.81□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AKAP14-204ENST00000371431 977 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.81□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 RNU6-890P-201ENST00000384121 107 ntBASIC5.81□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AL109755.1-201ENST00000401791 649 ntBASIC5.81□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 VDAC1P9-201ENST00000412766 841 ntBASIC5.81□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 ZNRF3-IT1-201ENST00000412798 674 ntTSL 5 BASIC5.81□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AL356387.2-201ENST00000422272 243 ntBASIC5.81□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 OR4K11P-201ENST00000431829 904 ntBASIC5.81□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 RPL23AP50-201ENST00000434149 455 ntBASIC5.81□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AC012442.1-201ENST00000436885 529 ntTSL 4 BASIC5.81□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AC004938.1-201ENST00000438468 308 ntBASIC5.81□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 LINC01307-201ENST00000439146 474 ntTSL 3 BASIC5.81□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 RPL10P17-201ENST00000453852 316 ntBASIC5.81□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AC126389.1-201ENST00000477436 290 ntBASIC5.81□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AC111000.4-201ENST00000504301 569 ntTSL 5 BASIC5.81□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 AC092436.1-201ENST00000506450 503 ntBASIC5.81□□□□□ -1.48
TRIM28Q13263 MEG8-218ENST00000556720 456 ntTSL 3 BASIC5.81□□□□□ -1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 100.6 ms