Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC103710.2-202ENST00000641454 2853 ntBASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 TAX1BP1-203ENST00000409980 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 MCM10-202ENST00000378714 4547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 LINC00309-201ENST00000431020 3307 ntTSL 1 (best) BASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 RFFL-202ENST00000394597 4227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AL158163.1-201ENST00000603915 1649 ntBASIC6.07□□□□□ -1.44
USP4Q13107 LINC01676-202ENST00000435253 1849 ntTSL 1 (best) BASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 FBXL13-207ENST00000455112 2274 ntTSL 1 (best) BASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 MTCO1P24-201ENST00000515438 1558 ntBASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC011755.1-201ENST00000623763 2049 ntBASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 MYBPC1-209ENST00000547509 3749 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC087257.1-201ENST00000506925 2639 ntTSL 4 BASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 NFE2L2-206ENST00000446151 2399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 IL15-204ENST00000477265 6026 ntTSL 1 (best) BASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 DNM1P47-203ENST00000571780 12667 ntBASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 SENP1-205ENST00000549595 1932 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 DNAH3-201ENST00000261383 12394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 XIAPP3-201ENST00000312918 795 ntBASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 VNN2-201ENST00000326499 2118 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 RNU6-490P-201ENST00000362985 107 ntBASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 RNA5SP132-201ENST00000364725 118 ntBASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 U3.29-201ENST00000391296 212 ntBASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AL603908.1-201ENST00000406098 201 ntBASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 Y_RNA.594-201ENST00000410373 140 ntBASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 RNU2-47P-201ENST00000410649 186 ntBASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 OR2AT2P-201ENST00000413438 905 ntBASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AL590632.1-201ENST00000424289 371 ntBASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 GAPDHP48-201ENST00000436626 961 ntBASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 RPL35AP22-201ENST00000436855 335 ntBASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AL442224.1-201ENST00000443771 391 ntTSL 2 BASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 EEF1A1P1-201ENST00000447052 739 ntBASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AL162739.1-201ENST00000450606 307 ntBASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AL356289.2-201ENST00000455238 292 ntTSL 5 BASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC053481.1-201ENST00000467217 306 ntBASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC092451.1-201ENST00000480211 153 ntBASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 RN7SL466P-201ENST00000497546 295 ntBASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 RRM2B-207ENST00000519962 201 ntTSL 1 (best) BASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AL035078.3-201ENST00000525382 241 ntTSL 3 BASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 DEFB108D-201ENST00000527787 222 ntBASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 FRMD6-AS2-201ENST00000556617 548 ntTSL 4 BASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC018552.1-201ENST00000562099 811 ntBASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 LCMT1-AS1-204ENST00000569920 474 ntTSL 2 BASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC005357.1-201ENST00000588399 301 ntBASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 Z98949.1-203ENST00000597284 851 ntTSL 5 BASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AL589674.2-201ENST00000604304 337 ntBASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC100812.1-201ENST00000607622 580 ntBASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AL121612.2-201ENST00000612261 482 ntBASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC123768.4-201ENST00000616244 701 ntBASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 MOSPD2-201ENST00000380492 4163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 IQCG-201ENST00000265239 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 RASGRP1-203ENST00000450598 2296 ntTSL 1 (best) BASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 MYBPC1-201ENST00000361466 3899 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 DAZ2-203ENST00000382424 3853 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC005592.1-201ENST00000566527 1640 ntBASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 PSG7-201ENST00000406070 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 ZNF615-201ENST00000376716 4048 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 INSL4-201ENST00000239316 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.06□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC010127.1-209ENST00000447809 2305 ntTSL 1 (best) BASIC6.05□□□□□ -1.44
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USP4Q13107 ZNF85-201ENST00000300540 1531 ntTSL 1 (best) BASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 MROH9-202ENST00000367759 3165 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.05□□□□□ -1.44
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USP4Q13107 PCDH15-205ENST00000373957 7032 ntTSL 5 BASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 ZNF195-201ENST00000005082 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 CLDN12-203ENST00000394605 3488 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC6.05□□□□□ -1.44
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USP4Q13107 RNA5-8SP7-201ENST00000363443 155 ntBASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AL391361.1-201ENST00000405580 489 ntBASIC6.05□□□□□ -1.44
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USP4Q13107 OR3A2-201ENST00000408891 1076 ntBASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC112721.2-201ENST00000409910 541 ntTSL 4 BASIC6.05□□□□□ -1.44
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USP4Q13107 AF241725.1-201ENST00000416182 480 ntTSL 3 BASIC6.05□□□□□ -1.44
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USP4Q13107 VTI1BP4-201ENST00000427516 527 ntBASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC068481.1-202ENST00000428379 555 ntTSL 4 BASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AL592494.1-201ENST00000437523 309 ntTSL 5 BASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 PTCHD1-AS-201ENST00000455399 718 ntTSL 3 BASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 ACA64.4-201ENST00000459070 127 ntBASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC092916.1-201ENST00000497896 411 ntTSL 3 BASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC016065.2-201ENST00000514530 444 ntBASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 RNU6-615P-201ENST00000516065 106 ntBASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 RNU6-27P-201ENST00000516146 107 ntBASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 RNU6-1332P-201ENST00000516666 104 ntBASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 RNU6-685P-201ENST00000517088 95 ntBASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 DEFB130C-201ENST00000528518 237 ntTSL 1 (best) BASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 LINC01405-202ENST00000547607 674 ntTSL 3 BASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 DYNLL1P4-201ENST00000549314 266 ntBASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC090115.3-201ENST00000553218 849 ntBASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 IGBP1P1-201ENST00000554337 1009 ntBASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC005726.5-201ENST00000585189 298 ntTSL 5 BASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC018462.2-201ENST00000605375 395 ntBASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AL022394.1-201ENST00000606979 292 ntBASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 U2.1-201ENST00000618978 145 ntBASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 PXT1-202ENST00000619547 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 AC097495.1-201ENST00000637675 546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.05□□□□□ -1.44
USP4Q13107 ENKUR-205ENST00000615958 3294 ntTSL 1 (best) BASIC6.05□□□□□ -1.44
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