Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

Predictions only

Length 462 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 AL158840.1-202ENST00000425754 694 ntTSL 3 BASIC3.25□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AP001599.1-201ENST00000426771 361 ntTSL 3 BASIC3.25□□□□□ -1.89
SHHQ15465 HSD52-202ENST00000436225 772 ntTSL 3 BASIC3.25□□□□□ -1.89
SHHQ15465 SKP1P1-201ENST00000438081 489 ntBASIC3.25□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AC114878.1-201ENST00000441166 358 ntBASIC3.25□□□□□ -1.89
SHHQ15465 LINC01698-201ENST00000443636 727 ntTSL 3 BASIC3.25□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AL513328.1-201ENST00000446460 224 ntBASIC3.25□□□□□ -1.89
SHHQ15465 RPL23AP14-201ENST00000468281 468 ntBASIC3.25□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AC078785.3-201ENST00000476607 425 ntBASIC3.25□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AC107398.1-201ENST00000486904 505 ntBASIC3.25□□□□□ -1.89
SHHQ15465 SUMO1P1-201ENST00000497904 306 ntBASIC3.25□□□□□ -1.89
SHHQ15465 SLC7A11-AS1-201ENST00000510066 817 ntTSL 2 BASIC3.25□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AC090833.1-202ENST00000511073 781 ntTSL 3 BASIC3.25□□□□□ -1.89
SHHQ15465 HMGB1P47-201ENST00000511281 589 ntBASIC3.25□□□□□ -1.89
SHHQ15465 RGS5-206ENST00000527988 373 ntTSL 1 (best) BASIC3.25□□□□□ -1.89
SHHQ15465 LINC00871-202ENST00000556071 554 ntTSL 3 BASIC3.25□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AC127540.1-201ENST00000580311 689 ntTSL 5 BASIC3.25□□□□□ -1.89
SHHQ15465 LINC01909-202ENST00000584919 815 ntTSL 3 BASIC3.25□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AC006254.3-201ENST00000603353 884 ntBASIC3.25□□□□□ -1.89
SHHQ15465 MIR663AHG-231ENST00000609044 590 ntTSL 5 BASIC3.25□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AL512506.1-201ENST00000613918 449 ntBASIC3.25□□□□□ -1.89
SHHQ15465 STATH-208ENST00000615994 598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.25□□□□□ -1.89
SHHQ15465 CDC27-207ENST00000531206 3177 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AC004160.1-212ENST00000421121 2078 ntTSL 1 (best) BASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 ASNSP3-201ENST00000451989 1306 ntBASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 ZNF33CP-201ENST00000432492 2030 ntBASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 TTC41P-203ENST00000548527 1475 ntTSL 5 BASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 FAM107B-204ENST00000378465 1052 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AL592148.1-201ENST00000413568 445 ntBASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AL158834.2-201ENST00000415731 696 ntTSL 2 BASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AL049610.1-201ENST00000423374 372 ntBASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 RPL23AP82-202ENST00000427528 469 ntBASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 ELOCP6-201ENST00000429066 328 ntBASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 Z83839.2-201ENST00000436294 274 ntTSL 5 BASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AL353093.1-201ENST00000441292 436 ntBASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AC068580.2-201ENST00000449749 338 ntTSL 5 BASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 MRPS31P2-201ENST00000451581 518 ntBASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 ELOCP12-201ENST00000458706 328 ntBASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 CENPBD1P1-201ENST00000464061 469 ntBASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AC104687.1-201ENST00000485829 412 ntBASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 SNX5P1-201ENST00000505757 1041 ntBASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AC093903.1-201ENST00000507220 405 ntTSL 3 BASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 MTATP6P22-201ENST00000507369 598 ntBASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AC010280.3-201ENST00000515504 587 ntTSL 4 BASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AL512310.1-201ENST00000548639 172 ntBASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AC009803.2-201ENST00000550378 665 ntTSL 5 BASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 RAB3IP-214ENST00000550847 670 ntTSL 3 BASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AL389895.1-201ENST00000554127 252 ntBASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AL160237.1-201ENST00000554526 572 ntTSL 4 BASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 LINC02274-201ENST00000555539 1174 ntTSL 1 (best) BASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 ESRRAP2-204ENST00000606337 280 ntTSL 5 BASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AC104307.1-201ENST00000616142 196 ntBASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AC023490.1-202ENST00000620909 820 ntTSL 5 BASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 KIF15-203ENST00000425755 3460 ntTSL 5 BASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AL353746.1-201ENST00000566293 6881 ntBASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AL021368.2-201ENST00000606125 5352 ntBASIC3.24□□□□□ -1.89
SHHQ15465 CHD9-213ENST00000564845 11504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 LINC01828-203ENST00000452716 3250 ntTSL 5 BASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 STEAP4-201ENST00000301959 2321 ntTSL 1 (best) BASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 OR52N4-201ENST00000317254 1037 ntAPPRIS P1 BASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 Y_RNA.110-201ENST00000363220 99 ntBASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 EQTN-201ENST00000380031 725 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 RNU6-851P-201ENST00000384565 107 ntBASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AC069218.2-201ENST00000411665 344 ntBASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AL049737.1-201ENST00000413920 1403 ntBASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AC100848.1-201ENST00000417298 637 ntTSL 3 BASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AL590385.1-201ENST00000419446 462 ntTSL 3 BASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 NLGN1-AS1-201ENST00000423873 815 ntTSL 3 BASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 ZFAND6P1-201ENST00000434138 605 ntBASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 ELOCP11-201ENST00000436690 332 ntBASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AC020559.1-201ENST00000444229 583 ntTSL 2 BASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 ELOCP16-201ENST00000444494 332 ntBASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 VPS29-202ENST00000447578 996 ntTSL 1 (best) BASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 TTTY19-201ENST00000453955 269 ntTSL 1 (best) BASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 MTCO3P16-201ENST00000454456 754 ntBASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AL365295.1-201ENST00000454942 514 ntTSL 5 BASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 snoU13.15-201ENST00000459407 104 ntBASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 RPL21P103-201ENST00000479921 488 ntBASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AP001086.1-201ENST00000494882 321 ntBASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AC012170.1-201ENST00000495139 359 ntBASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 FCF1P3-201ENST00000496394 590 ntBASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 BCLAF1P1-201ENST00000505813 2752 ntBASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AC112206.4-201ENST00000515142 405 ntBASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AC023202.1-201ENST00000521681 491 ntTSL 3 BASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AC099520.1-205ENST00000524083 316 ntTSL 3 BASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 ALKBH3-AS1-202ENST00000527960 547 ntTSL 4 BASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 MTND5P21-201ENST00000531961 522 ntBASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AP000873.5-201ENST00000533906 236 ntBASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AC078880.1-201ENST00000546696 553 ntTSL 4 BASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AC025260.1-201ENST00000548858 430 ntBASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AC025034.1-201ENST00000552778 1711 ntTSL 3 BASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AL356022.1-201ENST00000557465 483 ntTSL 5 BASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AC027458.1-201ENST00000563639 613 ntTSL 1 (best) BASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AC090330.1-201ENST00000588646 764 ntBASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 ZNF92P3-201ENST00000596594 954 ntBASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 RNA5SP108-201ENST00000605921 117 ntBASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AP004607.9-201ENST00000618202 316 ntBASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 AL358975.1-202ENST00000628133 589 ntTSL 5 BASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 VPS13C-203ENST00000395896 14579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC3.23□□□□□ -1.89
SHHQ15465 C5orf51-201ENST00000381647 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.23□□□□□ -1.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 98.7 ms