Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Slc25a31-201ENSMUST00000091184 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Trim45-202ENSMUST00000094048 1815 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Dhfr-201ENSMUST00000022218 5347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Tnfrsf25-201ENSMUST00000025706 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Slc8b1-202ENSMUST00000076051 2661 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Tmem119-201ENSMUST00000067853 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Pqlc1-205ENSMUST00000131780 2080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Rps6ka1-201ENSMUST00000003741 3085 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Slc29a4-201ENSMUST00000058418 2789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Chchd4-201ENSMUST00000040835 3472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Kat2a-202ENSMUST00000103118 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Coq8b-201ENSMUST00000003860 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Gm8189-202ENSMUST00000211035 2039 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Sdk1-202ENSMUST00000085774 10352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 BC024978-204ENSMUST00000179391 1748 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Gm26592-201ENSMUST00000180870 1730 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Zfp740-202ENSMUST00000119168 3932 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Cadps2-202ENSMUST00000069074 3935 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Prss53-201ENSMUST00000121394 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Cgn-204ENSMUST00000155485 2361 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 AC115863.1-201ENSMUST00000214815 1813 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Trmt2a-202ENSMUST00000100099 2235 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Lmbrd1-202ENSMUST00000186096 688 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Gm42884-202ENSMUST00000202523 423 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Pthlh-202ENSMUST00000204197 1281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Gabarapl1-202ENSMUST00000204487 902 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Aga-203ENSMUST00000211424 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Dpys-201ENSMUST00000022915 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Pdgfa-201ENSMUST00000046901 1543 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Dmpk-202ENSMUST00000108473 2588 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Usp27x-201ENSMUST00000115744 3240 ntAPPRIS P1 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Kbtbd2-201ENSMUST00000114321 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Ttll11-202ENSMUST00000112976 3077 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Gm16011-201ENSMUST00000121567 2662 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Thsd7a-202ENSMUST00000119581 5678 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 AC093043.3-201ENSMUST00000226531 2273 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Nfe2-208ENSMUST00000149111 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Nat8l-201ENSMUST00000056355 6529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Msl1-201ENSMUST00000037915 4593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Gm19430-201ENSMUST00000193847 2137 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Fam160a2-203ENSMUST00000118726 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Txnrd2-215ENSMUST00000206151 2874 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Mbnl1-201ENSMUST00000099087 5655 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Tubgcp4-202ENSMUST00000110657 1992 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Pnpo-201ENSMUST00000018803 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 F2rl1-201ENSMUST00000022185 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Zkscan3-208ENSMUST00000224820 5398 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Vmn1r17-204ENSMUST00000228294 2084 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Ckap4-201ENSMUST00000053871 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Sacs-204ENSMUST00000121091 4581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Taf5l-201ENSMUST00000093039 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Dtx2-202ENSMUST00000111142 2650 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Mapk14-201ENSMUST00000004990 3547 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Mapk14-202ENSMUST00000062694 3547 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Tap1-201ENSMUST00000041633 2614 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Atp5g1-203ENSMUST00000107686 691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Gm28374-201ENSMUST00000162374 728 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Fars2-201ENSMUST00000021857 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Lat-201ENSMUST00000032997 1235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Dcdc2c-206ENSMUST00000221349 2209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Spata18-202ENSMUST00000071077 1978 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Zfp277-202ENSMUST00000069692 2438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Mapk14-204ENSMUST00000114754 3592 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Rai1-201ENSMUST00000064190 7348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Mapk8ip3-208ENSMUST00000121787 5431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Dap-201ENSMUST00000044524 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Grina-201ENSMUST00000023225 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Agpat3-202ENSMUST00000105387 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Taf6l-213ENSMUST00000189739 1794 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 G3bp2-202ENSMUST00000164378 3026 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Snrk-201ENSMUST00000118886 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Celf1-201ENSMUST00000005643 4830 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Alox12-202ENSMUST00000108574 2314 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Rgl1-201ENSMUST00000027760 4572 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Kcnq2-204ENSMUST00000103047 2899 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Lhx8-205ENSMUST00000205251 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Irf3-213ENSMUST00000209066 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Prpf3-207ENSMUST00000161476 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Rps5-202ENSMUST00000108539 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Bex3-202ENSMUST00000113112 826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Gm37939-201ENSMUST00000192309 447 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 AC166341.7-201ENSMUST00000221698 126 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Cdk2ap2-201ENSMUST00000025779 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Uchl1-201ENSMUST00000031131 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Plppr5-201ENSMUST00000039564 4670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Tll1-201ENSMUST00000066166 4767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Sgpp1-201ENSMUST00000021450 3323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Rnf103-202ENSMUST00000114178 3431 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Mapk8ip3-205ENSMUST00000119115 4173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Atp8b2-210ENSMUST00000168276 4265 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Fam83f-201ENSMUST00000023044 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Sfrp4-201ENSMUST00000002883 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Rint1-205ENSMUST00000120869 1886 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Gpr180-201ENSMUST00000022728 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Rarg-202ENSMUST00000063339 2718 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Cdc23-201ENSMUST00000025228 2084 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Fbxl15-201ENSMUST00000026256 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Rimbp3-201ENSMUST00000169803 5787 ntAPPRIS P1 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Wbp4-201ENSMUST00000022601 3704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Col28a1Q2UY11 Csnk1e-201ENSMUST00000117786 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 33.5 ms