Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Dnajc19-201ENSMUST00000011029 2499 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Nsmf-201ENSMUST00000006646 2922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Hotairm1-202ENSMUST00000132559 713 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Gm19553-201ENSMUST00000175723 494 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Ankrd40-201ENSMUST00000021227 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Sdhaf4-201ENSMUST00000027338 683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Bcar1-201ENSMUST00000166232 3142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Parg-208ENSMUST00000170840 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Abl1-202ENSMUST00000075759 6327 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 3110002H16Rik-201ENSMUST00000025276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Isyna1-204ENSMUST00000210005 1914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Ran-201ENSMUST00000031383 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Zfand5-201ENSMUST00000025659 2834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Tacc1-201ENSMUST00000084030 7788 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Pdss2-201ENSMUST00000095725 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Slit1-201ENSMUST00000025993 5045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Git2-215ENSMUST00000178440 4944 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Git2-201ENSMUST00000043283 4938 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Nhsl1-209ENSMUST00000207038 4854 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Ascl2-201ENSMUST00000009392 1605 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Uchl5-201ENSMUST00000018333 1845 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Sncaip-205ENSMUST00000178011 3433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Gdf15-201ENSMUST00000003808 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Hdhd2-202ENSMUST00000097521 1716 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp2r2d-207ENSMUST00000155672 1938 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Bfsp2-201ENSMUST00000124310 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Rhobtb1-202ENSMUST00000067908 4422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Kxd1-202ENSMUST00000117580 696 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Mir8098-201ENSMUST00000184011 137 ntBASIC16■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Gm43347-201ENSMUST00000200226 580 ntBASIC16■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Thrsp-201ENSMUST00000043077 1277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Cebpzos-201ENSMUST00000063817 753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Sult2b1-201ENSMUST00000075571 1193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Piezo2-201ENSMUST00000046860 2849 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Gm45244-201ENSMUST00000211328 2200 ntBASIC16■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Rhof-201ENSMUST00000031401 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Cldn4-201ENSMUST00000051401 1816 ntAPPRIS P1 BASIC16■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Zfc3h1-201ENSMUST00000036044 6957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Ankrd9-202ENSMUST00000128353 2577 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Gm7292-201ENSMUST00000194706 2527 ntBASIC16■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Tubb6-201ENSMUST00000001513 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Dok7-202ENSMUST00000101298 2443 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Yipf2-202ENSMUST00000078572 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Relb-201ENSMUST00000049912 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Hsd17b1-201ENSMUST00000019445 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Fgf17-201ENSMUST00000022697 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Apaf1-202ENSMUST00000159110 6433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Ccdc126-201ENSMUST00000055559 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Abcg5-202ENSMUST00000163375 1613 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Nat9-203ENSMUST00000103040 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Nat9-204ENSMUST00000103041 953 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Adal-203ENSMUST00000110662 1231 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Gm12895-201ENSMUST00000122214 226 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Mtif3-201ENSMUST00000016654 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Fbxo6-208ENSMUST00000168503 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Gm27459-201ENSMUST00000184860 107 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Gm43077-201ENSMUST00000200602 491 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Gm19935-201ENSMUST00000209208 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Med29-201ENSMUST00000003536 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Hist1h2ad-201ENSMUST00000090776 572 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Synpo-206ENSMUST00000130360 5159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Gnb1-203ENSMUST00000165335 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Sh3gl2-203ENSMUST00000107188 2286 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Ptprd-206ENSMUST00000107289 9899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Asph-204ENSMUST00000084915 2884 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Pld2-203ENSMUST00000108557 3655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Sec61a1-201ENSMUST00000032168 3172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Pcsk5-202ENSMUST00000050715 5783 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Ptp4a2-201ENSMUST00000030578 3646 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Ell2-201ENSMUST00000001583 4382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Wnt10b-204ENSMUST00000226655 1807 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Phf7-203ENSMUST00000226565 1971 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Pex6-201ENSMUST00000002840 3200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Sh3rf3-205ENSMUST00000153031 5682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Trim14-202ENSMUST00000102924 1582 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Edf1-201ENSMUST00000015236 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Sytl3-204ENSMUST00000159880 1296 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Erdr1-203ENSMUST00000179077 887 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Yipf2-204ENSMUST00000213809 1883 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Hist1h2ai-201ENSMUST00000070124 393 ntAPPRIS P1 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Hist1h2an-201ENSMUST00000091751 393 ntAPPRIS P1 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Espnl-201ENSMUST00000088904 5445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Rad23a-202ENSMUST00000109761 1842 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Iqcd-202ENSMUST00000094391 1673 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Col17a1-201ENSMUST00000026045 5588 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Urgcp-206ENSMUST00000170116 5528 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Atp6v1c1-201ENSMUST00000022904 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Rbm12b1-202ENSMUST00000069128 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Nisch-221ENSMUST00000171735 1763 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Uhrf2-201ENSMUST00000025739 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Coq8b-202ENSMUST00000108378 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Rala-201ENSMUST00000009003 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Fgfr1-214ENSMUST00000178276 4741 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 A930017K11Rik-201ENSMUST00000162431 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Zmym3-206ENSMUST00000120107 5882 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Plppr2-203ENSMUST00000190387 2608 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Lcn12-202ENSMUST00000114245 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13186-201ENSMUST00000118031 316 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26871-202ENSMUST00000180774 695 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Ccdc3Q9D6Y1 Gm43514-201ENSMUST00000198852 424 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.8 ms