Protein–RNA interactions for Protein: Q3UDK1

Trafd1, TRAF-type zinc finger domain-containing protein 1, mousemouse

Predictions only

Length 580 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trafd1Q3UDK1 Col18a1-202ENSMUST00000081654 5063 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 5830415G21Rik-201ENSMUST00000192543 1332 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Zfp318-201ENSMUST00000113481 7850 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Rbm33-204ENSMUST00000114884 6256 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Hs3st2-201ENSMUST00000084628 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Shroom3-201ENSMUST00000113051 6435 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Ascl2-201ENSMUST00000009392 1605 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Trip6-201ENSMUST00000024119 2168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 H2-Q4-201ENSMUST00000081435 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Gaa-202ENSMUST00000106258 1369 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Dcaf17-203ENSMUST00000112159 2490 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Dpys-201ENSMUST00000022915 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Gm10516-201ENSMUST00000180598 2615 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Xpo4-209ENSMUST00000174545 8680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Nek2-201ENSMUST00000027931 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Usp49-201ENSMUST00000024779 8252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Bpifb3-201ENSMUST00000088950 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Pdxdc1-203ENSMUST00000115803 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Fam83f-201ENSMUST00000023044 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Xpa-201ENSMUST00000030013 955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Ube2e1-201ENSMUST00000022296 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Itga6-201ENSMUST00000028522 4310 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Serinc2-203ENSMUST00000122374 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Ina-201ENSMUST00000037636 3240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Olah-203ENSMUST00000194918 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Kcnj14-201ENSMUST00000071937 2681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Dgkz-201ENSMUST00000028667 3584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Pick1-202ENSMUST00000053926 2415 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Prr5l-201ENSMUST00000043845 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Fars2-201ENSMUST00000021857 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Myo9b-206ENSMUST00000212935 6316 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Enah-202ENSMUST00000111024 3572 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Epor-201ENSMUST00000006397 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Tmem229a-201ENSMUST00000127247 5157 ntAPPRIS P1 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Dnah9-202ENSMUST00000108691 2671 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Coq8b-201ENSMUST00000003860 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Gja4-201ENSMUST00000053753 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Ntn1-202ENSMUST00000108674 5874 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Snx8-204ENSMUST00000196130 2547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Ranbp9-201ENSMUST00000144326 3371 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Eme2-202ENSMUST00000121542 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Gm6583-201ENSMUST00000051117 2233 ntAPPRIS P1 BASIC16.39■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 Hace1-201ENSMUST00000037044 3785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
Trafd1Q3UDK1 A230072E10Rik-203ENSMUST00000175942 2940 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Myo5b-201ENSMUST00000074157 6745 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Vmn1r17-204ENSMUST00000228294 2084 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Gm45723-201ENSMUST00000212135 1783 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Rasip1-201ENSMUST00000057927 3202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Tfap2a-206ENSMUST00000224665 1958 ntAPPRIS ALT1 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Ppfibp1-201ENSMUST00000016631 4851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Zswim1-201ENSMUST00000017908 2705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Psip1-201ENSMUST00000030207 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Pskh1-201ENSMUST00000049699 3255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Smim14-202ENSMUST00000121661 1056 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Gtf3a-204ENSMUST00000146511 1298 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 U2af1-201ENSMUST00000014684 907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 U2af1-202ENSMUST00000166526 907 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Rps2-ps2-201ENSMUST00000194305 881 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Gm21814-202ENSMUST00000203277 873 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Gm35240-201ENSMUST00000218335 661 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Lce1m-201ENSMUST00000029520 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Grhpr-201ENSMUST00000045078 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Limd2-202ENSMUST00000064545 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Ptpdc1-201ENSMUST00000035824 4402 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Lncpint-201ENSMUST00000115107 1676 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Stxbp3-201ENSMUST00000102621 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Agbl5-208ENSMUST00000201168 3199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Agpat3-202ENSMUST00000105387 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Mpdu1-201ENSMUST00000018905 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Zfp281-201ENSMUST00000047734 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Dpm1-209ENSMUST00000154111 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Actl10-201ENSMUST00000104928 1501 ntAPPRIS P1 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Actl10-202ENSMUST00000226583 1501 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Fmnl3-202ENSMUST00000088233 4423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Mxd4-201ENSMUST00000042701 3872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Gm26697-201ENSMUST00000180898 1760 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Psmd12-203ENSMUST00000106752 1955 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Clip2-202ENSMUST00000100647 4994 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Acvrl1-203ENSMUST00000119063 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Ing4-205ENSMUST00000140131 1446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Gm4425-201ENSMUST00000172838 2857 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Itpripl2-201ENSMUST00000178344 6865 ntAPPRIS P1 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Pofut1-204ENSMUST00000109794 1688 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Gfra2-202ENSMUST00000227633 1480 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Nkx2-2-203ENSMUST00000109970 1053 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Tmtc4-204ENSMUST00000126867 2952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Gm15889-201ENSMUST00000159142 1083 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Gm26709-202ENSMUST00000223049 819 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 AC121577.1-201ENSMUST00000227302 707 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Coa6-201ENSMUST00000059093 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Psmd4-201ENSMUST00000071664 1276 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Lrrn2-201ENSMUST00000027706 3428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Rabl6-201ENSMUST00000058137 3230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Nkx2-1-201ENSMUST00000001536 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Dnajc2-204ENSMUST00000115195 1994 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Kcnh2-202ENSMUST00000115098 3193 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Cyp46a1-201ENSMUST00000021684 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Zscan29-203ENSMUST00000146243 2894 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Taok3-202ENSMUST00000111975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Trafd1Q3UDK1 Snx9-201ENSMUST00000002436 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 58.5 ms