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| RUNX3 | Q13761 | AL645638.1-201 | ENST00000440519 | 361 nt | BASIC | 3.84 | □□□□□ -1.79 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPL21P23-201 | ENST00000446654 | 460 nt | BASIC | 3.84 | □□□□□ -1.79 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL121760.1-201 | ENST00000447206 | 346 nt | TSL 2 BASIC | 3.84 | □□□□□ -1.79 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPL7P55-201 | ENST00000450522 | 746 nt | BASIC | 3.84 | □□□□□ -1.79 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PPIAP3-201 | ENST00000450588 | 505 nt | BASIC | 3.84 | □□□□□ -1.79 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ETV5-AS1-201 | ENST00000453370 | 560 nt | TSL 4 BASIC | 3.84 | □□□□□ -1.79 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | GABRA2-202 | ENST00000381620 | 2525 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.84 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MAP3K7-202 | ENST00000369325 | 4633 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.84 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | BBX-203 | ENST00000402543 | 3980 nt | TSL 5 BASIC | 3.84 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MBD5-202 | ENST00000407073 | 9512 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.83 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | KNTC1-201 | ENST00000333479 | 6975 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.83 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FGD4-211 | ENST00000531134 | 2924 nt | TSL 2 BASIC | 3.83 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC007685.1-201 | ENST00000329806 | 452 nt | BASIC | 3.83 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CD84-205 | ENST00000368051 | 965 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 3.83 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-481P-201 | ENST00000384194 | 107 nt | BASIC | 3.83 | □□□□□ -1.8 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | LINC01201-201 | ENST00000412420 | 294 nt | TSL 3 BASIC | 3.83 | □□□□□ -1.8 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | DPY19L1P2-201 | ENST00000426647 | 915 nt | BASIC | 3.83 | □□□□□ -1.8 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | ST6GAL2-IT1-201 | ENST00000446058 | 388 nt | TSL 2 BASIC | 3.83 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LRRC69-202 | ENST00000448384 | 1044 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 3.83 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC073387.1-201 | ENST00000453261 | 709 nt | BASIC | 3.83 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC096554.1-201 | ENST00000458182 | 529 nt | TSL 5 BASIC | 3.83 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPL21P18-201 | ENST00000469899 | 480 nt | BASIC | 3.83 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FAM107B-218 | ENST00000479731 | 570 nt | APPRIS P1 TSL 3 BASIC | 3.83 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPL31P61-201 | ENST00000496160 | 376 nt | BASIC | 3.83 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OR5H3P-201 | ENST00000502817 | 919 nt | BASIC | 3.83 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | WBP1LP4-201 | ENST00000505043 | 344 nt | BASIC | 3.83 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC112518.2-201 | ENST00000508565 | 425 nt | BASIC | 3.83 | □□□□□ -1.8 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AL392088.2-201 | ENST00000637607 | 285 nt | BASIC | 3.83 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MTND5P1-201 | ENST00000445440 | 1375 nt | BASIC | 3.83 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPS6KA6-204 | ENST00000620340 | 8169 nt | TSL 5 BASIC | 3.83 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC01187-201 | ENST00000506431 | 2314 nt | TSL 5 BASIC | 3.83 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ZNF99-201 | ENST00000397104 | 3114 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 3.83 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SLC6A15-203 | ENST00000450363 | 4229 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.83 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ZNF28-203 | ENST00000438150 | 5171 nt | TSL 2 BASIC | 3.83 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | UTRN-204 | ENST00000367545 | 12339 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 3.82 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ANKRD36C-202 | ENST00000456556 | 5428 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 3.82 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OR4E2-202 | ENST00000641524 | 2855 nt | APPRIS P1 BASIC | 3.82 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LLPH-201 | ENST00000266604 | 7746 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.82 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MYOZ2-201 | ENST00000307128 | 2597 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.82 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PRO1804-201 | ENST00000623780 | 2050 nt | BASIC | 3.82 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SLAIN2-205 | ENST00000512093 | 4219 nt | TSL 5 BASIC | 3.82 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ZRANB3-201 | ENST00000264159 | 4046 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 3.82 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MFSD8-213 | ENST00000641134 | 1327 nt | BASIC | 3.82 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CREM-201 | ENST00000337656 | 900 nt | APPRIS ALT1 TSL 5 BASIC | 3.82 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FAM24A-201 | ENST00000368894 | 596 nt | APPRIS P1 TSL 3 BASIC | 3.82 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SPINK9-201 | ENST00000377906 | 453 nt | APPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC | 3.82 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNVU1-14-201 | ENST00000384770 | 164 nt | BASIC | 3.82 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1000P-201 | ENST00000391066 | 106 nt | BASIC | 3.82 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OR6C4-201 | ENST00000394256 | 1046 nt | APPRIS P1 BASIC | 3.82 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HSPD1P16-201 | ENST00000402302 | 394 nt | BASIC | 3.82 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Z85994.1-201 | ENST00000406912 | 606 nt | TSL 2 BASIC | 3.82 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RN7SKP222-201 | ENST00000410651 | 315 nt | BASIC | 3.82 | □□□□□ -1.8 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC008280.1-201 | ENST00000418851 | 412 nt | BASIC | 3.82 | □□□□□ -1.8 | | |