| RUNX3 | Q13761 | DTWD2-201 | ENST00000304058 | 4365 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4.02 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SELENOI-201 | ENST00000260585 | 8101 nt | APPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC | 4.02 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | DNAH6-201 | ENST00000237449 | 12666 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 4.02 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CD96-203 | ENST00000438817 | 1565 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4.02 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC00283-201 | ENST00000430111 | 1947 nt | TSL 5 BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PLCB1-233 | ENST00000637919 | 5074 nt | TSL 5 BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PLS3-203 | ENST00000420625 | 3150 nt | TSL 5 BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RANBP2-201 | ENST00000283195 | 11711 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | DDX18P3-201 | ENST00000404856 | 2007 nt | BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FOXP2-226 | ENST00000635638 | 2598 nt | APPRIS ALT1 TSL 5 BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORA63.3-201 | ENST00000362682 | 132 nt | BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.333-201 | ENST00000365274 | 102 nt | BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPL21P17-201 | ENST00000397467 | 475 nt | BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORA3C-201 | ENST00000408792 | 125 nt | BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPL31-206 | ENST00000409650 | 770 nt | APPRIS ALT1 TSL 2 BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC092652.1-202 | ENST00000413315 | 587 nt | TSL 4 BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TTTY12-201 | ENST00000413466 | 979 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL354692.1-201 | ENST00000423044 | 315 nt | BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HSFY1P1-201 | ENST00000423928 | 1178 nt | BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MTCO2P1-201 | ENST00000424648 | 477 nt | BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL138789.1-201 | ENST00000425820 | 960 nt | TSL 2 BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ANKRD10-IT1-201 | ENST00000426991 | 800 nt | TSL 2 BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AL591419.1-201 | ENST00000427423 | 339 nt | BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OR4F13P-201 | ENST00000428478 | 931 nt | BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC093716.1-201 | ENST00000435923 | 377 nt | BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC024084.1-201 | ENST00000440744 | 455 nt | TSL 5 BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL157827.1-201 | ENST00000447622 | 132 nt | BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC017067.1-201 | ENST00000448570 | 447 nt | TSL 5 BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | EPPIN-WFDC6-201 | ENST00000504988 | 1156 nt | APPRIS P1 TSL 2 BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | C1GALT1P2-201 | ENST00000510813 | 1104 nt | BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | MTCYBP19-201 | ENST00000517463 | 1124 nt | BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | DUXAP2-201 | ENST00000519198 | 589 nt | BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC087369.1-201 | ENST00000520775 | 996 nt | BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL161804.1-201 | ENST00000555600 | 708 nt | TSL 3 BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | LINC01900-202 | ENST00000584898 | 603 nt | TSL 5 BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | DNAJC19P3-201 | ENST00000594491 | 331 nt | BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC104662.1-201 | ENST00000604448 | 511 nt | BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC110792.4-201 | ENST00000609843 | 298 nt | BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC019176.2-201 | ENST00000611579 | 315 nt | BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC004241.3-201 | ENST00000611728 | 517 nt | BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC00901.1-201 | ENST00000617252 | 152 nt | BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC023509.5-201 | ENST00000617434 | 807 nt | BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC124312.6-202 | ENST00000623624 | 418 nt | BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC007389.5-201 | ENST00000629214 | 744 nt | TSL 5 BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CASC15-208 | ENST00000636388 | 1174 nt | TSL 5 BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL596275.2-204 | ENST00000641628 | 552 nt | BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL596275.2-206 | ENST00000641957 | 626 nt | BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RC3H2-203 | ENST00000373670 | 9248 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CRB1-201 | ENST00000367397 | 9023 nt | TSL 2 BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TNFAIP6-201 | ENST00000243347 | 1424 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | STEAP2-203 | ENST00000394622 | 6612 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | KLF12-201 | ENST00000377669 | 10637 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RASA1-205 | ENST00000512763 | 3060 nt | APPRIS ALT2 TSL 2 BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC092821.1-204 | ENST00000518709 | 3552 nt | TSL 5 BASIC | 4.01 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC02120-201 | ENST00000505518 | 2008 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ADAM7-201 | ENST00000175238 | 3367 nt | APPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MAPK10-353 | ENST00000641803 | 8483 nt | APPRIS P2 BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ETV1-202 | ENST00000399357 | 6096 nt | TSL 2 BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PCDH11X-205 | ENST00000373094 | 9179 nt | APPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MGST1-201 | ENST00000010404 | 901 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-650P-201 | ENST00000365658 | 111 nt | BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | GCNT6-201 | ENST00000379591 | 934 nt | BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OR51F1-201 | ENST00000380383 | 960 nt | APPRIS P5 BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-761P-201 | ENST00000384148 | 107 nt | BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MGST1-203 | ENST00000396207 | 909 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC073136.2-201 | ENST00000417282 | 849 nt | BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HNRNPDLP3-201 | ENST00000456745 | 380 nt | BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL133162.1-201 | ENST00000463228 | 453 nt | BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC073359.2-201 | ENST00000478814 | 351 nt | TSL 3 BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | DEFB109F-201 | ENST00000491870 | 277 nt | BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | UBE2CP3-201 | ENST00000502715 | 450 nt | BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HMGN1P11-201 | ENST00000508668 | 303 nt | BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC112198.4-201 | ENST00000515450 | 351 nt | BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SCARNA14-201 | ENST00000516903 | 136 nt | BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OPRM1-223 | ENST00000524163 | 1251 nt | APPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC113192.3-201 | ENST00000529152 | 742 nt | BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC004923.2-201 | ENST00000529649 | 369 nt | BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OR4A12P-201 | ENST00000530847 | 918 nt | BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | KBTBD3-204 | ENST00000531482 | 874 nt | TSL 3 BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC073655.2-202 | ENST00000547927 | 401 nt | TSL 3 BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC090680.2-201 | ENST00000550279 | 742 nt | TSL 3 BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ETFRF1-208 | ENST00000556402 | 874 nt | TSL 3 BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL136298.1-201 | ENST00000557371 | 566 nt | TSL 3 BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC023158.1-201 | ENST00000561632 | 1025 nt | BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC008537.2-201 | ENST00000596135 | 482 nt | TSL 3 BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL022097.1-201 | ENST00000602500 | 806 nt | TSL 1 (best) BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | BNIP3P31-201 | ENST00000604515 | 566 nt | BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL049634.3-201 | ENST00000604968 | 457 nt | BASIC | 4 | □□□□□ -1.77 | | |