Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 March8-201ENSMUST00000079012 4450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Eif2ak3-201ENSMUST00000034093 4513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Nisch-221ENSMUST00000171735 1763 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Prkag2-203ENSMUST00000114975 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Tmem260-201ENSMUST00000111735 5485 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Gramd4-204ENSMUST00000138134 4292 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Tmem150b-202ENSMUST00000086364 2822 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Ptprj-204ENSMUST00000168621 7634 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Stxbp6-201ENSMUST00000053768 4553 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Wnt2b-201ENSMUST00000029429 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Lactbl1-201ENSMUST00000178843 2954 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Anp32a-201ENSMUST00000085519 2113 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Rflna-201ENSMUST00000036109 1681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Coro1a-202ENSMUST00000106364 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Fev-202ENSMUST00000159232 928 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Exosc3-201ENSMUST00000030003 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Cmtm7-201ENSMUST00000035009 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 1700020N01Rik-201ENSMUST00000057341 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Coa6-201ENSMUST00000059093 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Psmd4-201ENSMUST00000071664 1276 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Rex1bd-201ENSMUST00000075175 671 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Ube2j2-201ENSMUST00000024056 3483 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Rps6kb2-201ENSMUST00000025749 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 AK157302-201ENSMUST00000104942 1924 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Map3k7-201ENSMUST00000037607 5773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Ndufs2-202ENSMUST00000111318 1545 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Gm16759-204ENSMUST00000191455 4272 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Arhgef2-202ENSMUST00000107510 4390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Erich2-201ENSMUST00000100041 1749 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Ptprt-201ENSMUST00000109441 6623 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 Psip1-201ENSMUST00000030207 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Col28a1Q2UY11 AL590614.2-201ENSMUST00000225374 1937 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Tapt1-201ENSMUST00000055128 3513 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Tfap2a-206ENSMUST00000224665 1958 ntAPPRIS ALT1 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Axin1-202ENSMUST00000118904 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Slmap-212ENSMUST00000139075 4508 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Ralgapa1-202ENSMUST00000110687 7874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Mir5122-201ENSMUST00000175004 89 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Gm19391-201ENSMUST00000196653 999 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Gm10138-203ENSMUST00000206952 366 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Sec11c-201ENSMUST00000025394 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Rrp15-201ENSMUST00000001339 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Aifm1-201ENSMUST00000037349 2237 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Doc2g-201ENSMUST00000025806 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 2810408A11Rik-201ENSMUST00000018714 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Dcaf17-203ENSMUST00000112159 2490 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Pde8b-201ENSMUST00000022192 2517 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 K230015D01Rik-201ENSMUST00000211969 1516 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Psmd8-201ENSMUST00000059642 1540 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 2900052L18Rik-201ENSMUST00000139014 1588 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Ssfa2-201ENSMUST00000111784 4999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Pitx2-201ENSMUST00000029657 1680 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Slc9a6-202ENSMUST00000114784 4449 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Kif17-204ENSMUST00000105821 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Atp5a1-201ENSMUST00000026495 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Pskh1-201ENSMUST00000049699 3255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Snrnp35-202ENSMUST00000111453 1181 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Mrps10-204ENSMUST00000120737 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 B430219N15Rik-201ENSMUST00000147230 835 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Gm13563-202ENSMUST00000150375 851 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Serf1-205ENSMUST00000152286 465 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Aldh1a3-204ENSMUST00000174215 1066 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Fau-203ENSMUST00000179142 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Tomm20-202ENSMUST00000212771 458 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Tbc1d7-201ENSMUST00000021797 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Gm26709-202ENSMUST00000223049 819 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Acot7-203ENSMUST00000105652 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Lrrc73-201ENSMUST00000095262 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Aqp2-201ENSMUST00000023752 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Ofd1-201ENSMUST00000049501 4453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Fbxl7-201ENSMUST00000059204 4632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Endov-203ENSMUST00000106245 5126 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Ilk-212ENSMUST00000163389 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Slc38a10-202ENSMUST00000053692 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Slc35a1-201ENSMUST00000029970 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Mtif3-201ENSMUST00000016654 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Men1-203ENSMUST00000079327 2639 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Isg20l2-201ENSMUST00000055984 2893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Tnfaip2-202ENSMUST00000109792 3284 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Vps37a-201ENSMUST00000098817 6379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Sppl3-201ENSMUST00000031530 3204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 A230072E10Rik-203ENSMUST00000175942 2940 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Lonp2-201ENSMUST00000034141 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Esrp1-202ENSMUST00000108310 2781 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Pgap3-202ENSMUST00000090827 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 1700034J05Rik-202ENSMUST00000111622 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 L3hypdh-201ENSMUST00000019862 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Tra2a-204ENSMUST00000204189 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Gm43072-201ENSMUST00000200283 1671 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 2810408A11Rik-203ENSMUST00000102580 1640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Sptbn4-203ENSMUST00000108363 4724 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Sptbn4-204ENSMUST00000108364 4740 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Scrn2-201ENSMUST00000021249 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Derl3-201ENSMUST00000009236 1321 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Tmc6-202ENSMUST00000103025 1279 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Rfesd-202ENSMUST00000167271 595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Gm45337-201ENSMUST00000210537 1267 ntAPPRIS P1 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Nme2-202ENSMUST00000072566 734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Tmem229b-206ENSMUST00000174697 3697 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Plaa-201ENSMUST00000107107 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.2 ms