Protein–RNA interactions for Protein: Q04887

Sox9, Transcription factor SOX-9, mousemouse

Predictions only

Length 507 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sox9Q04887 Aga-201ENSMUST00000033920 1181 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Spr-201ENSMUST00000045986 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Npb-201ENSMUST00000061309 418 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Abcc5-203ENSMUST00000096199 1136 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 A530016L24Rik-202ENSMUST00000223266 1547 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 A4galt-201ENSMUST00000049530 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Fgfr2-211ENSMUST00000120187 4311 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Tmem51os1-202ENSMUST00000141769 2131 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Gfi1-201ENSMUST00000031205 2860 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Gapvd1-201ENSMUST00000028224 5695 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Rtkn-201ENSMUST00000065512 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Meox1-201ENSMUST00000057054 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Gnb1-202ENSMUST00000105616 3088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Alg3-201ENSMUST00000045918 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Cacnb3-201ENSMUST00000003442 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Ccdc3-201ENSMUST00000027988 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Cacng4-201ENSMUST00000021066 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 1700008O03Rik-201ENSMUST00000107933 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Wdr61-203ENSMUST00000121204 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Rpl28-201ENSMUST00000032597 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Chtop-204ENSMUST00000107342 2411 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Anks1b-208ENSMUST00000182053 1649 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Ocel1-201ENSMUST00000002469 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Cops6-201ENSMUST00000019638 1787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Hs6st1-201ENSMUST00000088174 3719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Ube2q2-201ENSMUST00000059555 3456 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Wnt10b-204ENSMUST00000226655 1807 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Snx16-202ENSMUST00000099223 2512 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Grk6-201ENSMUST00000001115 2994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Styxl1-204ENSMUST00000111163 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Cdkn1a-203ENSMUST00000122348 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Gm16194-203ENSMUST00000141239 362 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Rbm14-203ENSMUST00000180008 370 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 AC127349.1-201ENSMUST00000224590 266 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Krtap9-3-201ENSMUST00000062683 759 ntAPPRIS P1 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Crxos-201ENSMUST00000098801 934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 1500011B03Rik-202ENSMUST00000112160 1333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Ahr-202ENSMUST00000116436 5548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Sptbn4-201ENSMUST00000011895 8747 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Atf6b-201ENSMUST00000015605 2566 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Rbm18-201ENSMUST00000028251 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Aifm1-201ENSMUST00000037349 2237 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Rilpl1-201ENSMUST00000062153 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Zdhhc16-201ENSMUST00000026154 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Tmem8-201ENSMUST00000025010 3464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 2810425M01Rik-201ENSMUST00000180790 1850 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 AC123834.2-201ENSMUST00000224038 2340 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Nectin2-202ENSMUST00000108450 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Maneal-201ENSMUST00000064444 2727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Cxadr-201ENSMUST00000023572 5734 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Trmt112-202ENSMUST00000116551 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Gm14701-201ENSMUST00000117156 348 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Psmb5-ps-201ENSMUST00000119744 798 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 1300002E11Rik-207ENSMUST00000211443 767 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Frmd5-213ENSMUST00000212518 922 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 4921511I17Rik-201ENSMUST00000220545 1341 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Sec61a2-202ENSMUST00000102981 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Mafg-201ENSMUST00000058162 4923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Mtmr14-201ENSMUST00000113146 2676 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Evc-202ENSMUST00000114148 2119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Rtn1-201ENSMUST00000021497 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Gm10505-201ENSMUST00000151398 1587 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Tspan31-201ENSMUST00000060991 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Bmt2-201ENSMUST00000045235 4143 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Nfix-204ENSMUST00000109764 5476 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Nrn1-201ENSMUST00000037623 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Isyna1-201ENSMUST00000019283 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Orai3-201ENSMUST00000061587 1996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Rhox7b-201ENSMUST00000115156 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Gm11536-201ENSMUST00000130733 535 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Hmgb1-208ENSMUST00000139443 923 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Sec61g-206ENSMUST00000166950 754 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Sec61g-207ENSMUST00000178855 779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Gm36972-201ENSMUST00000194000 676 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 H2-Bl-209ENSMUST00000194244 862 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Msantd1-204ENSMUST00000212362 798 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Higd1a-206ENSMUST00000215300 605 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Gdpd3-201ENSMUST00000032944 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Rhox7a-201ENSMUST00000096454 983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Matn4-204ENSMUST00000109359 2179 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Gm37500-201ENSMUST00000192059 1443 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Gm14317-201ENSMUST00000151754 1464 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Fuz-213ENSMUST00000209039 1453 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Adgrv1-207ENSMUST00000128585 2580 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Ada-201ENSMUST00000017841 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Nr1h3-202ENSMUST00000111354 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Mfsd10-203ENSMUST00000114331 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Notch4-201ENSMUST00000015612 6591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Nr1h2-213ENSMUST00000167197 1944 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Tulp1-201ENSMUST00000041819 2017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Caskin1-201ENSMUST00000024958 6172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Zdhhc6-207ENSMUST00000224897 2168 ntAPPRIS P1 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Abcd4-210ENSMUST00000223107 2410 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Ciz1-205ENSMUST00000113338 2666 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Adprm-201ENSMUST00000116363 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 H2af-ps-201ENSMUST00000119066 295 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Gm11025-201ENSMUST00000140773 466 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Flg-204ENSMUST00000178752 756 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Mir8117-201ENSMUST00000184773 107 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
Sox9Q04887 Gm27321-201ENSMUST00000185021 205 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.8 ms