Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Zkscan2-203ENSMUST00000128217 2218 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Aspscr1-204ENSMUST00000106159 1615 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Misp-205ENSMUST00000219305 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Fkbp14-202ENSMUST00000117375 1830 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Tmx1-201ENSMUST00000021471 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 BC005561-201ENSMUST00000096452 5409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Gm2694-204ENSMUST00000181898 1303 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Fbxo45-201ENSMUST00000042732 4179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Agap2-202ENSMUST00000217941 5573 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Upf1-201ENSMUST00000075666 4618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Cadps-202ENSMUST00000112657 5455 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Btn1a1-202ENSMUST00000110434 1077 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Hnrnpa1l2-ps-201ENSMUST00000129154 964 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 AV026068-207ENSMUST00000187718 400 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Hmgb1-rs17-201ENSMUST00000210634 972 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 AC159641.1-201ENSMUST00000221117 177 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Gm36858-201ENSMUST00000194501 2391 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Dohh-201ENSMUST00000072751 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Tmem198-201ENSMUST00000050899 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Csnk1e-201ENSMUST00000117786 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 D10Jhu81e-201ENSMUST00000001242 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Olah-203ENSMUST00000194918 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Tlk2-201ENSMUST00000015107 3212 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Magi3-203ENSMUST00000122303 3827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Ggnbp1-201ENSMUST00000053683 1525 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Gm27029-201ENSMUST00000107257 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Oip5-202ENSMUST00000123818 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Zfp133-ps-202ENSMUST00000124788 1079 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Tsen15-201ENSMUST00000015124 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Ckap4-202ENSMUST00000167671 2606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Alyref-201ENSMUST00000026125 3527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Klhl5-204ENSMUST00000204097 3149 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Lrch2-201ENSMUST00000112819 4892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 AK157302-201ENSMUST00000104942 1924 ntAPPRIS P1 BASIC21.61■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Nat8f3-202ENSMUST00000168531 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Cd82-205ENSMUST00000116457 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Ankrd29-201ENSMUST00000118525 3242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Scube2-202ENSMUST00000106728 2890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Agk-201ENSMUST00000031977 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Fgf4-201ENSMUST00000060336 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Eefsec-201ENSMUST00000165242 2679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Krt28-201ENSMUST00000006963 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Dcdc2c-201ENSMUST00000020963 1041 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Gm31727-201ENSMUST00000210102 360 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 AC160338.1-201ENSMUST00000214232 705 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 AC133183.1-201ENSMUST00000221229 429 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 AC114585.2-202ENSMUST00000228094 426 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Polr2f-201ENSMUST00000040077 543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Idnk-201ENSMUST00000051490 764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Mterf1a-202ENSMUST00000117463 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Gm3248-201ENSMUST00000163885 2055 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Hist1h1c-201ENSMUST00000040914 1560 ntAPPRIS P1 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Fhl2-201ENSMUST00000008280 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Slc35g1-201ENSMUST00000054098 3471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 F830208F22Rik-202ENSMUST00000143732 2891 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Ccdc30-201ENSMUST00000044781 1464 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Bud23-201ENSMUST00000071677 1607 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Zfp92-202ENSMUST00000086470 2050 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Nfs1-202ENSMUST00000109600 709 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Gm13884-201ENSMUST00000118103 829 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Msh3-205ENSMUST00000187424 666 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Tm4sf5-201ENSMUST00000019063 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Snrpf-201ENSMUST00000020203 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Icam4-202ENSMUST00000215077 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 AC159301.1-201ENSMUST00000225130 1182 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Fcnb-201ENSMUST00000028179 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Timm8a2-201ENSMUST00000045976 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 4931422A03Rik-201ENSMUST00000056170 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Cdc42ep3-201ENSMUST00000068958 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Pgc-201ENSMUST00000024782 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Chaf1b-201ENSMUST00000023666 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Cap1-202ENSMUST00000106255 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Gm13446-201ENSMUST00000124555 2033 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Xrcc6-202ENSMUST00000100399 3296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Stradb-201ENSMUST00000027185 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Gpaa1-201ENSMUST00000023221 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Actg1-202ENSMUST00000071555 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Gm32996-201ENSMUST00000199828 1447 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Tle4-202ENSMUST00000167776 4545 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Plppr2-203ENSMUST00000190387 2608 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Ccl27a-202ENSMUST00000108032 350 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Cgrrf1-204ENSMUST00000140114 419 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Gm5864-201ENSMUST00000202263 970 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Dupd1-201ENSMUST00000073870 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Magi2-203ENSMUST00000115267 4478 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Trim28Q62318 Vac14-201ENSMUST00000034190 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Gm8839-201ENSMUST00000121279 1645 ntBASIC21.58■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Sh3bp1-201ENSMUST00000001226 2510 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 1700066B19Rik-201ENSMUST00000097617 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Nrxn1-217ENSMUST00000174337 3021 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Rpf1-203ENSMUST00000199079 1978 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Gde1-201ENSMUST00000038791 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Ncoa5-201ENSMUST00000040381 3179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Synm-205ENSMUST00000208815 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Tmed9-201ENSMUST00000109905 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Lonp2-201ENSMUST00000034141 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Tmem255b-201ENSMUST00000167071 1138 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Gm8349-201ENSMUST00000182720 1003 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Gm7507-201ENSMUST00000183053 1008 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Mrps18a-201ENSMUST00000024763 884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
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