Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufb9-201ENSMUST00000022980 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Epn1-201ENSMUST00000045277 2334 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Atp5b-201ENSMUST00000026459 1916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Csnk1e-203ENSMUST00000122044 3174 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Adgrb1-201ENSMUST00000042035 6228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Pus1-204ENSMUST00000112426 1389 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Clint1-201ENSMUST00000109260 3311 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Inip-202ENSMUST00000107526 1438 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Il10rb-201ENSMUST00000023691 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Dusp14-205ENSMUST00000164891 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Trabd-201ENSMUST00000081702 2439 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14641-201ENSMUST00000136486 452 ntTSL 3 BASIC27.16■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29246-201ENSMUST00000189221 349 ntTSL 3 BASIC27.16■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13830-205ENSMUST00000201195 1155 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Zfyve21-204ENSMUST00000221375 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Ctu1-201ENSMUST00000038332 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Krt81-201ENSMUST00000061185 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Sh2b2-203ENSMUST00000196397 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Ankra2-201ENSMUST00000022164 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Rtn1-201ENSMUST00000021497 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Mef2b-201ENSMUST00000110140 1223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Mef2b-202ENSMUST00000110141 1253 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Mkln1os-202ENSMUST00000144232 964 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Pdcd6-201ENSMUST00000022060 1131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Olfr632-201ENSMUST00000098189 954 ntAPPRIS P1 BASIC27.15■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Magi2-201ENSMUST00000088516 4843 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Coq6-201ENSMUST00000021661 1602 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Snupn-201ENSMUST00000068856 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Chka-202ENSMUST00000072055 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Cmtm3-201ENSMUST00000034343 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7507-201ENSMUST00000183053 1008 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27525-201ENSMUST00000184465 107 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Gm36967-201ENSMUST00000193814 266 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 AC159641.1-201ENSMUST00000221117 177 ntTSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Mon1a-201ENSMUST00000035202 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
Ccdc88bQ4QRL3 Sec61a1-201ENSMUST00000032168 3172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16835-201ENSMUST00000140488 2809 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Msmo1-201ENSMUST00000034015 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Dguok-202ENSMUST00000113888 1007 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Dguok-201ENSMUST00000014698 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Tssc4-208ENSMUST00000208779 647 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Magohb-201ENSMUST00000032307 767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Hspa1l-201ENSMUST00000007248 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11841-201ENSMUST00000117060 1963 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Zc3h14-203ENSMUST00000110104 3146 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Htr3a-201ENSMUST00000003826 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Ppm1b-202ENSMUST00000112304 3262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 C2cd4c-202ENSMUST00000178228 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Gpr161-202ENSMUST00000178700 1827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufb6-202ENSMUST00000108108 480 ntTSL 3 BASIC27.13■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Tpt1-201ENSMUST00000110894 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Bhlhe41-202ENSMUST00000111703 744 ntTSL 3 BASIC27.13■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Naa10-206ENSMUST00000114391 834 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Aurkaip1-201ENSMUST00000084097 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10190-201ENSMUST00000086549 324 ntAPPRIS P1 BASIC27.13■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13283-201ENSMUST00000191112 1463 ntAPPRIS P1 BASIC27.12■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43702-201ENSMUST00000198772 2546 ntBASIC27.12■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Prdm11-201ENSMUST00000111272 3012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Osbpl1a-205ENSMUST00000119512 1947 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 A4galt-201ENSMUST00000049530 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Rbpms-201ENSMUST00000033994 2375 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgap23-202ENSMUST00000107601 5450 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15690-201ENSMUST00000128728 432 ntTSL 3 BASIC27.12■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9449-201ENSMUST00000207265 1011 ntBASIC27.12■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Ydjc-201ENSMUST00000069064 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Mrm2-201ENSMUST00000031536 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Nosip-201ENSMUST00000003513 1814 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Dnase2a-202ENSMUST00000109744 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Acp7-201ENSMUST00000040112 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Tbc1d2b-201ENSMUST00000041767 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Cacfd1-205ENSMUST00000114007 2689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Zufsp-202ENSMUST00000218055 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Fip1l1-203ENSMUST00000113535 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Cbx4-201ENSMUST00000026665 5179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Dohh-201ENSMUST00000072751 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Hsf5-201ENSMUST00000093956 4158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7862-201ENSMUST00000121461 292 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Txnl1-201ENSMUST00000025476 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 P2rx5-201ENSMUST00000006104 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Frmd5-203ENSMUST00000121219 2262 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Cyp21a1-201ENSMUST00000025223 2058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Snx2-201ENSMUST00000037850 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Rnaseh2a-202ENSMUST00000109736 2981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Wdr13-202ENSMUST00000115623 1749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44202-201ENSMUST00000203549 532 ntTSL 3 BASIC27.1■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7506-201ENSMUST00000207758 815 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl18-204ENSMUST00000209693 535 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Timm13-204ENSMUST00000219896 542 ntTSL 3 BASIC27.1■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 4930431F12Rik-201ENSMUST00000079389 429 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Gnao1-201ENSMUST00000034198 2948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Dtx2-201ENSMUST00000005072 2562 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Iqck-201ENSMUST00000098087 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 2700081O15Rik-202ENSMUST00000159348 4989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9821-201ENSMUST00000178895 1953 ntAPPRIS P1 BASIC27.09■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Timm10b-211ENSMUST00000210350 529 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h4j-201ENSMUST00000087714 774 ntAPPRIS P1 BASIC27.09■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Ostm1-201ENSMUST00000040718 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Grk3-203ENSMUST00000197776 1570 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Cerk-201ENSMUST00000044332 4518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Ankrd61-202ENSMUST00000110717 1498 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.4 ms