Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Sh2b2-203ENSMUST00000196397 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Hoxc9-201ENSMUST00000001706 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Ttc13-201ENSMUST00000041614 3038 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Gm10518-201ENSMUST00000097454 1301 ntAPPRIS P1 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Haus4-201ENSMUST00000022784 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Lrrfip2-202ENSMUST00000098340 3191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Lancl2-201ENSMUST00000050077 2509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 AC121598.2-201ENSMUST00000228376 2325 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Itsn1-201ENSMUST00000056482 5364 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Nsmf-202ENSMUST00000074422 2824 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Ebf3-204ENSMUST00000169486 4994 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Pla2g10-201ENSMUST00000023364 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Dlx3-201ENSMUST00000092768 2607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Sept4-205ENSMUST00000107962 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Zbtb25-201ENSMUST00000167011 1681 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Nup85-201ENSMUST00000021085 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Plekha4-206ENSMUST00000211155 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Trmt112-ps2-201ENSMUST00000117987 378 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Mcub-204ENSMUST00000153506 1005 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Tsen15-205ENSMUST00000162371 431 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 4930477E14Rik-201ENSMUST00000181412 621 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 2810030D12Rik-203ENSMUST00000190461 1039 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Gm2213-201ENSMUST00000197485 688 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Rgp1-201ENSMUST00000030190 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Rhog-201ENSMUST00000098230 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Fam98a-201ENSMUST00000112507 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Gm5898-201ENSMUST00000121016 2071 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Fkbp14-202ENSMUST00000117375 1830 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Mterf1a-202ENSMUST00000117463 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Kmt5c-201ENSMUST00000098853 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 D10Jhu81e-201ENSMUST00000001242 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Smad1-202ENSMUST00000066091 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Grip1-201ENSMUST00000041962 5343 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Ankrd9-202ENSMUST00000128353 2577 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Mapre3-201ENSMUST00000031058 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Gcat-202ENSMUST00000171999 1763 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Dok5-201ENSMUST00000029075 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Nr1h2-204ENSMUST00000107912 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Zfp24-203ENSMUST00000153337 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Ocel1-202ENSMUST00000110051 2179 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Fam171a1-204ENSMUST00000115099 4149 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 AC108846.1-201ENSMUST00000214531 513 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Lsmem1-201ENSMUST00000095760 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Rybp-201ENSMUST00000101118 4503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Mmp11-201ENSMUST00000000924 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Fam126a-202ENSMUST00000101513 1679 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 2410002F23Rik-217ENSMUST00000188111 2131 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 AW011738-201ENSMUST00000105140 1848 ntAPPRIS P1 BASIC18.39■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Fam104a-201ENSMUST00000120194 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Tmem125-201ENSMUST00000060214 1864 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.54
Col6a1Q04857 Nfil3-201ENSMUST00000071065 2026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Sox18-201ENSMUST00000054491 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Sytl3-204ENSMUST00000159880 1296 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Fbxo6-208ENSMUST00000168503 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Mir5131-201ENSMUST00000175426 93 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Gm37280-201ENSMUST00000194583 375 ntTSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Gm19935-201ENSMUST00000209208 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 4933406B15Rik-201ENSMUST00000220065 1182 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Gm6296-201ENSMUST00000222599 943 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Gm26627-201ENSMUST00000181540 1487 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Nectin2-202ENSMUST00000108450 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 9930012K11Rik-201ENSMUST00000058240 1986 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Arl1-202ENSMUST00000116234 2080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Ubac2-201ENSMUST00000039803 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Mamstr-201ENSMUST00000148532 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Ercc6l2-203ENSMUST00000067821 2743 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Txndc5-201ENSMUST00000035988 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Ccni-201ENSMUST00000058550 2804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Krt80-201ENSMUST00000077196 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Atp2c1-204ENSMUST00000112558 5642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Rmnd1-201ENSMUST00000042251 3139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Gm15635-204ENSMUST00000208024 2539 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Mrps18c-203ENSMUST00000112901 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Gm12359-203ENSMUST00000153181 680 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Eapp-203ENSMUST00000160085 676 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 1700025J12Rik-201ENSMUST00000205586 630 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Nek4-204ENSMUST00000226833 1252 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Prm2-201ENSMUST00000037996 621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Bean1-203ENSMUST00000167633 3275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Kank3-201ENSMUST00000048560 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Pkp4-202ENSMUST00000102754 4614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Mcl1-201ENSMUST00000037947 3418 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 9030624G23Rik-201ENSMUST00000101538 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Nek9-201ENSMUST00000040992 5386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Usp48-201ENSMUST00000055131 5722 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Fxyd6-203ENSMUST00000217381 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Tmem51os1-202ENSMUST00000141769 2131 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Sft2d2-201ENSMUST00000043338 5535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Arpc4-201ENSMUST00000156898 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 4930503L19Rik-201ENSMUST00000067556 2291 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Zfp804a-201ENSMUST00000047527 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Tm4sf5-201ENSMUST00000019063 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Gm6376-201ENSMUST00000209407 580 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Vegfc-203ENSMUST00000210831 555 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Prm1-201ENSMUST00000023144 469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Lrrc26-201ENSMUST00000028337 1190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Ythdf2-201ENSMUST00000085181 955 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Hps4-201ENSMUST00000035279 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Sh3glb1-205ENSMUST00000199854 1416 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
Col6a1Q04857 Rbm11-201ENSMUST00000046378 1400 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.6 ms