Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Hs3st6-201ENSMUST00000044922 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.64■■■■□ 3.94
Ccdc88bQ4QRL3 2410017I17Rik-201ENSMUST00000056774 1509 ntTSL 5 BASIC39.63■■■■□ 3.94
Ccdc88bQ4QRL3 Fus-204ENSMUST00000121616 1102 ntTSL 1 (best) BASIC39.62■■■■□ 3.93
Ccdc88bQ4QRL3 E130304I02Rik-202ENSMUST00000187873 696 ntTSL 1 (best) BASIC39.62■■■■□ 3.93
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC39.61■■■■□ 3.93
Ccdc88bQ4QRL3 Irx4-201ENSMUST00000022095 2589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.6■■■■□ 3.93
Ccdc88bQ4QRL3 Mpp6-202ENSMUST00000036236 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.6■■■■□ 3.93
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp787-201ENSMUST00000094870 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.59■■■■□ 3.93
Ccdc88bQ4QRL3 Rab26-202ENSMUST00000061764 1291 ntTSL 2 BASIC39.59■■■■□ 3.93
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6311-201ENSMUST00000073790 878 ntBASIC39.59■■■■□ 3.93
Ccdc88bQ4QRL3 Pcgf5-210ENSMUST00000225411 1626 ntAPPRIS P5 BASIC39.58■■■■□ 3.93
Ccdc88bQ4QRL3 D16Ertd472e-201ENSMUST00000114218 1271 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.58■■■■□ 3.93
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem98-201ENSMUST00000040865 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.57■■■■□ 3.93
Ccdc88bQ4QRL3 Krtap17-1-201ENSMUST00000105049 761 ntAPPRIS P1 BASIC39.57■■■■□ 3.93
Ccdc88bQ4QRL3 Gsk3a-201ENSMUST00000071739 2260 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC39.54■■■■□ 3.92
Ccdc88bQ4QRL3 St7-202ENSMUST00000052113 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.53■■■■□ 3.92
Ccdc88bQ4QRL3 Mrps15-201ENSMUST00000030675 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.52■■■■□ 3.92
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2i-206ENSMUST00000172618 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.52■■■■□ 3.92
Ccdc88bQ4QRL3 Clk2-203ENSMUST00000121931 2112 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC39.51■■■■□ 3.91
Ccdc88bQ4QRL3 Igfbp7-201ENSMUST00000046746 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.5■■■■□ 3.91
Ccdc88bQ4QRL3 Mta3-201ENSMUST00000067826 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.5■■■■□ 3.91
Ccdc88bQ4QRL3 Vegfb-202ENSMUST00000130048 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.49■■■■□ 3.91
Ccdc88bQ4QRL3 Dnajc19-202ENSMUST00000108195 659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.47■■■■□ 3.91
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37136-201ENSMUST00000194368 194 ntBASIC39.47■■■■□ 3.91
Ccdc88bQ4QRL3 Rp9-201ENSMUST00000034763 1134 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.47■■■■□ 3.91
Ccdc88bQ4QRL3 Nudt9-201ENSMUST00000031250 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.47■■■■□ 3.91
Ccdc88bQ4QRL3 Galnt12-201ENSMUST00000045041 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.46■■■■□ 3.91
Ccdc88bQ4QRL3 Ltb4r1-201ENSMUST00000057569 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.45■■■■□ 3.91
Ccdc88bQ4QRL3 Card19-201ENSMUST00000048946 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.44■■■■□ 3.9
Ccdc88bQ4QRL3 A830010M20Rik-202ENSMUST00000094541 1134 ntTSL 5 BASIC39.44■■■■□ 3.9
Ccdc88bQ4QRL3 3110021N24Rik-201ENSMUST00000178992 1812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.44■■■■□ 3.9
Ccdc88bQ4QRL3 Dcun1d5-201ENSMUST00000034499 1122 ntTSL 1 (best) BASIC39.43■■■■□ 3.9
Ccdc88bQ4QRL3 Srarp-201ENSMUST00000094544 905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.42■■■■□ 3.9
Ccdc88bQ4QRL3 Nelfe-202ENSMUST00000165953 1381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.41■■■■□ 3.9
Ccdc88bQ4QRL3 Ybx3-201ENSMUST00000032309 1853 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC39.41■■■■□ 3.9
Ccdc88bQ4QRL3 Shf-203ENSMUST00000110531 1557 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC39.4■■■■□ 3.9
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26917-201ENSMUST00000182520 869 ntTSL 5 BASIC39.4■■■■□ 3.9
Ccdc88bQ4QRL3 Eva1b-202ENSMUST00000106150 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.38■■■■□ 3.9
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45364-201ENSMUST00000210883 159 ntBASIC39.38■■■■□ 3.9
Ccdc88bQ4QRL3 Arpc5l-202ENSMUST00000112862 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.38■■■■□ 3.89
Ccdc88bQ4QRL3 Rab4b-201ENSMUST00000093040 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.37■■■■□ 3.89
Ccdc88bQ4QRL3 Mapk1-203ENSMUST00000115731 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.37■■■■□ 3.89
Ccdc88bQ4QRL3 Det1-201ENSMUST00000032839 2269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.37■■■■□ 3.89
Ccdc88bQ4QRL3 Nr2f6-201ENSMUST00000002466 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.36■■■■□ 3.89
Ccdc88bQ4QRL3 Unc119-203ENSMUST00000108295 1371 ntTSL 3 BASIC39.35■■■■□ 3.89
Ccdc88bQ4QRL3 Cap2-205ENSMUST00000225824 1634 ntBASIC39.34■■■■□ 3.89
Ccdc88bQ4QRL3 Kdf1-202ENSMUST00000105901 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.34■■■■□ 3.89
Ccdc88bQ4QRL3 Serpinb6a-206ENSMUST00000167163 1654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.34■■■■□ 3.89
Ccdc88bQ4QRL3 Slc30a2-203ENSMUST00000105873 1224 ntTSL 5 BASIC39.34■■■■□ 3.89
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl38-203ENSMUST00000106599 457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.33■■■■□ 3.89
Ccdc88bQ4QRL3 D730045B01Rik-202ENSMUST00000186838 1543 ntTSL 1 (best) BASIC39.31■■■■□ 3.88
Ccdc88bQ4QRL3 A030005K14Rik-201ENSMUST00000193762 1093 ntAPPRIS P1 BASIC39.31■■■■□ 3.88
Ccdc88bQ4QRL3 Pate2-201ENSMUST00000098906 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC39.31■■■■□ 3.88
Ccdc88bQ4QRL3 Cldnd1-201ENSMUST00000023426 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.3■■■■□ 3.88
Ccdc88bQ4QRL3 Reps1-206ENSMUST00000154718 2402 ntTSL 5 BASIC39.3■■■■□ 3.88
Ccdc88bQ4QRL3 AC154454.1-201ENSMUST00000225253 216 ntBASIC39.26■■■■□ 3.88
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem192-202ENSMUST00000079896 916 ntTSL 1 (best) BASIC39.26■■■■□ 3.88
Ccdc88bQ4QRL3 Hibadh-201ENSMUST00000031788 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.26■■■■□ 3.88
Ccdc88bQ4QRL3 Tbr1-202ENSMUST00000102737 1406 ntTSL 2 BASIC39.26■■■■□ 3.88
Ccdc88bQ4QRL3 Tmpo-205ENSMUST00000105293 1842 ntTSL 1 (best) BASIC39.25■■■■□ 3.87
Ccdc88bQ4QRL3 Upp2-202ENSMUST00000071543 2150 ntTSL 1 (best) BASIC39.24■■■■□ 3.87
Ccdc88bQ4QRL3 Phox2a-201ENSMUST00000008090 1609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.24■■■■□ 3.87
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem55b-201ENSMUST00000049312 1594 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC39.23■■■■□ 3.87
Ccdc88bQ4QRL3 Pde6d-201ENSMUST00000027444 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.23■■■■□ 3.87
Ccdc88bQ4QRL3 Marveld2-202ENSMUST00000163163 2187 ntTSL 1 (best) BASIC39.23■■■■□ 3.87
Ccdc88bQ4QRL3 Arl2bp-201ENSMUST00000034228 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.22■■■■□ 3.87
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9888-201ENSMUST00000150678 965 ntTSL 1 (best) BASIC39.2■■■■□ 3.87
Ccdc88bQ4QRL3 Gjd3-201ENSMUST00000062931 837 ntAPPRIS P1 BASIC39.2■■■■□ 3.87
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc136-206ENSMUST00000145310 1703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC39.2■■■■□ 3.87
Ccdc88bQ4QRL3 Amer2-203ENSMUST00000225247 2662 ntBASIC39.19■■■■□ 3.86
Ccdc88bQ4QRL3 Pth1r-202ENSMUST00000166716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.19■■■■□ 3.86
Ccdc88bQ4QRL3 Esrra-201ENSMUST00000025906 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.19■■■■□ 3.86
Ccdc88bQ4QRL3 Azin2-202ENSMUST00000106068 2049 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.19■■■■□ 3.86
Ccdc88bQ4QRL3 Ssx2ip-202ENSMUST00000106149 2416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.19■■■■□ 3.86
Ccdc88bQ4QRL3 Scarna2-201ENSMUST00000157560 414 ntBASIC39.18■■■■□ 3.86
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45580-201ENSMUST00000210430 889 ntTSL 5 BASIC39.18■■■■□ 3.86
Ccdc88bQ4QRL3 Wdr34-201ENSMUST00000113711 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.18■■■■□ 3.86
Ccdc88bQ4QRL3 Pkd1-207ENSMUST00000228550 1050 ntBASIC39.17■■■■□ 3.86
Ccdc88bQ4QRL3 A930035D04Rik-201ENSMUST00000064013 543 ntBASIC39.17■■■■□ 3.86
Ccdc88bQ4QRL3 Bcl7b-201ENSMUST00000031692 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.17■■■■□ 3.86
Ccdc88bQ4QRL3 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.17■■■■□ 3.86
Ccdc88bQ4QRL3 4931440P22Rik-201ENSMUST00000099076 1786 ntTSL 1 (best) BASIC39.17■■■■□ 3.86
Ccdc88bQ4QRL3 Mir3960-201ENSMUST00000198213 73 ntBASIC39.17■■■■□ 3.86
Ccdc88bQ4QRL3 Fbl-201ENSMUST00000042405 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.17■■■■□ 3.86
Ccdc88bQ4QRL3 Rarres1-201ENSMUST00000054825 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.16■■■■□ 3.86
Ccdc88bQ4QRL3 Adap1-201ENSMUST00000110865 2557 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.16■■■■□ 3.86
Ccdc88bQ4QRL3 Nt5c3-201ENSMUST00000031793 1676 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.15■■■■□ 3.86
Ccdc88bQ4QRL3 Thap8-202ENSMUST00000108187 1184 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC39.15■■■■□ 3.86
Ccdc88bQ4QRL3 Adprhl2-201ENSMUST00000102617 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.14■■■■□ 3.86
Ccdc88bQ4QRL3 Gadd45a-201ENSMUST00000043098 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.13■■■■□ 3.85
Ccdc88bQ4QRL3 Gsk3a-202ENSMUST00000108411 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC39.13■■■■□ 3.85
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15918-201ENSMUST00000137259 689 ntTSL 3 BASIC39.12■■■■□ 3.85
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnip2-208ENSMUST00000161886 693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.12■■■■□ 3.85
Ccdc88bQ4QRL3 Hdgf-201ENSMUST00000005017 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.1■■■■□ 3.85
Ccdc88bQ4QRL3 AC125444.1-201ENSMUST00000223536 639 ntAPPRIS P1 BASIC39.09■■■■□ 3.85
Ccdc88bQ4QRL3 Ablim1-208ENSMUST00000111544 2231 ntTSL 5 BASIC39.07■■■■□ 3.85
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9806-201ENSMUST00000051080 552 ntBASIC39.07■■■■□ 3.85
Ccdc88bQ4QRL3 Acvr2b-202ENSMUST00000165044 2093 ntTSL 2 BASIC39.07■■■■□ 3.85
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13889-201ENSMUST00000099689 1386 ntBASIC39.07■■■■□ 3.84
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16049-201ENSMUST00000155166 616 ntTSL 3 BASIC39.06■■■■□ 3.84
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 488.7 ms