Protein–RNA interactions for Protein: P08121

Col3a1, Collagen alpha-1(III) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,464 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col3a1P08121 2410017I17Rik-201ENSMUST00000056774 1509 ntTSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
Col3a1P08121 Clk2-203ENSMUST00000121931 2112 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
Col3a1P08121 Pcgf5-210ENSMUST00000225411 1626 ntAPPRIS P5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
Col3a1P08121 Efhd1os-201ENSMUST00000138844 332 ntTSL 3 BASIC28.96■■■□□ 2.23
Col3a1P08121 Caap1-201ENSMUST00000030313 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Col3a1P08121 Arl2bp-201ENSMUST00000034228 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
Col3a1P08121 D16Ertd472e-201ENSMUST00000114218 1271 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
Col3a1P08121 Paqr6-203ENSMUST00000147948 837 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
Col3a1P08121 Mtch1-202ENSMUST00000118366 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
Col3a1P08121 Fus-204ENSMUST00000121616 1102 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
Col3a1P08121 Znrf1-207ENSMUST00000173506 1238 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
Col3a1P08121 Ccnyl1-203ENSMUST00000187170 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
Col3a1P08121 Mpp6-202ENSMUST00000036236 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
Col3a1P08121 Ube2i-206ENSMUST00000172618 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
Col3a1P08121 Krtap17-1-201ENSMUST00000105049 761 ntAPPRIS P1 BASIC28.9■■■□□ 2.22
Col3a1P08121 Gm26917-201ENSMUST00000182520 869 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
Col3a1P08121 Gm37136-201ENSMUST00000194368 194 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
Col3a1P08121 Mta3-201ENSMUST00000067826 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
Col3a1P08121 Rab26-202ENSMUST00000061764 1291 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.22
Col3a1P08121 Tmem98-201ENSMUST00000040865 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
Col3a1P08121 Fam196a-201ENSMUST00000171394 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
Col3a1P08121 E130304I02Rik-202ENSMUST00000187873 696 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
Col3a1P08121 Cadm1-210ENSMUST00000214542 899 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
Col3a1P08121 Rp9-201ENSMUST00000034763 1134 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
Col3a1P08121 Gm6311-201ENSMUST00000073790 878 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
Col3a1P08121 Mrps15-201ENSMUST00000030675 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Col3a1P08121 Tdp2-201ENSMUST00000038039 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
Col3a1P08121 Gsk3a-201ENSMUST00000071739 2260 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
Col3a1P08121 Pate2-201ENSMUST00000098906 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
Col3a1P08121 Zfp131-206ENSMUST00000223813 2561 ntAPPRIS P3 BASIC28.82■■■□□ 2.2
Col3a1P08121 D730045B01Rik-202ENSMUST00000186838 1543 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
Col3a1P08121 Dnajc19-202ENSMUST00000108195 659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
Col3a1P08121 Phox2a-201ENSMUST00000008090 1609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Col3a1P08121 Mtm1-204ENSMUST00000101501 770 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Col3a1P08121 Gm16764-201ENSMUST00000138891 541 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
Col3a1P08121 Gm45580-201ENSMUST00000210430 889 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
Col3a1P08121 Shf-203ENSMUST00000110531 1557 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
Col3a1P08121 3110021N24Rik-201ENSMUST00000178992 1812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
Col3a1P08121 Amer2-203ENSMUST00000225247 2662 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
Col3a1P08121 Ssx2ip-202ENSMUST00000106149 2416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
Col3a1P08121 Ltb4r1-201ENSMUST00000057569 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
Col3a1P08121 St7-202ENSMUST00000052113 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Col3a1P08121 Nudt9-201ENSMUST00000031250 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Col3a1P08121 AC154454.1-201ENSMUST00000225253 216 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
Col3a1P08121 Ybx3-201ENSMUST00000032309 1853 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Col3a1P08121 Irx4-201ENSMUST00000022095 2589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Col3a1P08121 Tmem55b-201ENSMUST00000049312 1594 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
Col3a1P08121 Hs3st6-201ENSMUST00000044922 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
Col3a1P08121 Mapk1-203ENSMUST00000115731 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
Col3a1P08121 Srarp-201ENSMUST00000094544 905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
Col3a1P08121 Dcun1d5-201ENSMUST00000034499 1122 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Col3a1P08121 Hdgf-201ENSMUST00000005017 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Col3a1P08121 Nelfe-202ENSMUST00000165953 1381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Col3a1P08121 Rpl38-203ENSMUST00000106599 457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Col3a1P08121 Vegfb-202ENSMUST00000130048 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Col3a1P08121 Card19-201ENSMUST00000048946 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Col3a1P08121 Tbr1-202ENSMUST00000102737 1406 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
Col3a1P08121 Serpinb6a-206ENSMUST00000167163 1654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
Col3a1P08121 Kdm2a-203ENSMUST00000116571 2413 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
Col3a1P08121 Tmpo-205ENSMUST00000105293 1842 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
Col3a1P08121 Gm45364-201ENSMUST00000210883 159 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
Col3a1P08121 Arpc5l-202ENSMUST00000112862 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
Col3a1P08121 Nr2f6-201ENSMUST00000002466 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Col3a1P08121 A930035D04Rik-201ENSMUST00000064013 543 ntBASIC28.69■■■□□ 2.18
Col3a1P08121 Mypop-203ENSMUST00000131087 1951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
Col3a1P08121 Det1-201ENSMUST00000032839 2269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
Col3a1P08121 4931440P22Rik-201ENSMUST00000099076 1786 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
Col3a1P08121 Igfbp7-201ENSMUST00000046746 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
Col3a1P08121 Gm960-202ENSMUST00000177696 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
Col3a1P08121 Kdf1-202ENSMUST00000105901 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Col3a1P08121 Tmem189-201ENSMUST00000006587 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Col3a1P08121 Eva1b-202ENSMUST00000106150 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Col3a1P08121 Ccdc136-206ENSMUST00000145310 1703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
Col3a1P08121 Gsk3a-202ENSMUST00000108411 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
Col3a1P08121 Mir3960-201ENSMUST00000198213 73 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
Col3a1P08121 Tmem192-202ENSMUST00000079896 916 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Col3a1P08121 Thap8-202ENSMUST00000108187 1184 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.17
Col3a1P08121 Pde6d-201ENSMUST00000027444 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
Col3a1P08121 Gm13889-201ENSMUST00000099689 1386 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
Col3a1P08121 Gm9888-201ENSMUST00000150678 965 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Col3a1P08121 Hibadh-201ENSMUST00000031788 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Col3a1P08121 Bcl7b-201ENSMUST00000031692 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Col3a1P08121 Pkd1-207ENSMUST00000228550 1050 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
Col3a1P08121 Unc119-203ENSMUST00000108295 1371 ntTSL 3 BASIC28.61■■■□□ 2.17
Col3a1P08121 E2f5-201ENSMUST00000029069 1779 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
Col3a1P08121 A030005K14Rik-201ENSMUST00000193762 1093 ntAPPRIS P1 BASIC28.6■■■□□ 2.17
Col3a1P08121 AC125444.1-201ENSMUST00000223536 639 ntAPPRIS P1 BASIC28.6■■■□□ 2.17
Col3a1P08121 Fbl-201ENSMUST00000042405 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
Col3a1P08121 Zbtb12-201ENSMUST00000052778 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
Col3a1P08121 Gm15918-201ENSMUST00000137259 689 ntTSL 3 BASIC28.59■■■□□ 2.17
Col3a1P08121 E130218I03Rik-208ENSMUST00000144222 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Col3a1P08121 Klhl35-201ENSMUST00000037359 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Col3a1P08121 Wdr34-201ENSMUST00000113711 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Col3a1P08121 Tsg101-201ENSMUST00000014546 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Col3a1P08121 Gadd45a-201ENSMUST00000043098 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Col3a1P08121 Gm4799-201ENSMUST00000095396 657 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
Col3a1P08121 Gm14121-201ENSMUST00000121441 1380 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
Col3a1P08121 Rarres1-201ENSMUST00000054825 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
Col3a1P08121 Acvr2b-202ENSMUST00000165044 2093 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
Col3a1P08121 Cap2-205ENSMUST00000225824 1634 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 33.6 ms