Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Serbp1-203ENSMUST00000203077 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Ache-201ENSMUST00000024099 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Rtkn-201ENSMUST00000065512 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Gm8258-201ENSMUST00000055593 1449 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Gm9774-202ENSMUST00000192538 1392 ntAPPRIS P1 BASIC15.79■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Snx30-201ENSMUST00000030080 7314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Praf2-201ENSMUST00000033489 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Dach1-202ENSMUST00000071533 5219 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Pex6-201ENSMUST00000002840 3200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Pitx2-207ENSMUST00000174661 1942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Ccdc58-202ENSMUST00000163352 970 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Ccdc58-203ENSMUST00000164916 1096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Calm2-201ENSMUST00000040440 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Ptpdc1-204ENSMUST00000222028 3164 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Cdv3-207ENSMUST00000190226 3107 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Fam171b-201ENSMUST00000051454 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ShhQ62226 AW011738-201ENSMUST00000105140 1848 ntAPPRIS P1 BASIC15.79■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Ttc39a-201ENSMUST00000064129 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Eif1a-202ENSMUST00000168382 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Hpn-209ENSMUST00000168884 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Ntn1-202ENSMUST00000108674 5874 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Mink1-202ENSMUST00000072873 4610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Scube2-202ENSMUST00000106728 2890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Shroom3-204ENSMUST00000168878 5630 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Nfs1-201ENSMUST00000029147 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Rsu1-201ENSMUST00000028059 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Iqsec2-203ENSMUST00000112605 6017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Bmp8a-201ENSMUST00000040496 2405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ShhQ62226 AC125311.2-201ENSMUST00000227477 1940 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Zfp119b-201ENSMUST00000056147 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Trap1-201ENSMUST00000006137 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Hsf5-201ENSMUST00000093956 4158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Lpgat1-202ENSMUST00000110856 2792 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ShhQ62226 C030014I23Rik-201ENSMUST00000080911 1810 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Cep57-208ENSMUST00000147115 2262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Ecel1-201ENSMUST00000027463 2695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Gm37519-201ENSMUST00000191687 2210 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Gm17112-201ENSMUST00000163194 432 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Gm26829-201ENSMUST00000180581 934 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Gm17807-201ENSMUST00000186869 298 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Anapc13-203ENSMUST00000188398 727 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Coq7-201ENSMUST00000032887 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Fam167b-201ENSMUST00000052835 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Hoxa6-201ENSMUST00000062829 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Asnsd1-201ENSMUST00000027264 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Cep68-204ENSMUST00000162811 2788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ShhQ62226 4430402I18Rik-205ENSMUST00000162110 1559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Zmynd19-201ENSMUST00000028350 3903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Slc7a5-201ENSMUST00000045557 3517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Ikzf1-203ENSMUST00000065433 4697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Gbe1-206ENSMUST00000170464 2736 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Rgmb-201ENSMUST00000170578 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Bend6-202ENSMUST00000115161 2231 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Aida-206ENSMUST00000193625 1810 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Ubac2-201ENSMUST00000039803 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Slc25a31-201ENSMUST00000091184 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Pitx1-201ENSMUST00000021968 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Ncoa5-203ENSMUST00000122070 3117 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Ppp1r1b-204ENSMUST00000137634 1343 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Hspa5-202ENSMUST00000100171 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
ShhQ62226 A830018L16Rik-208ENSMUST00000171690 6158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Snx3-202ENSMUST00000105499 1057 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Hmga1-205ENSMUST00000118599 529 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
ShhQ62226 1700022H01Rik-201ENSMUST00000219142 387 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
ShhQ62226 4930505A04Rik-201ENSMUST00000041763 904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Aqp5-202ENSMUST00000169082 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Proc-201ENSMUST00000171765 1566 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Fjx1-201ENSMUST00000099678 3134 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Ppme1-201ENSMUST00000032963 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Ogg1-201ENSMUST00000032406 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Kcnj4-201ENSMUST00000057801 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Prdm11-201ENSMUST00000111272 3012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Pced1a-202ENSMUST00000110277 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Kdm2a-202ENSMUST00000075856 7242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Mroh5-201ENSMUST00000071419 2766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Fxr1-201ENSMUST00000001620 2459 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Sec1-201ENSMUST00000040636 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Mag-201ENSMUST00000040548 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Ispd-201ENSMUST00000062041 2690 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Nat8f3-202ENSMUST00000168531 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Ndor1-202ENSMUST00000114349 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Fkrp-201ENSMUST00000061390 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Cyp4f41-ps-201ENSMUST00000126790 1077 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Aicda-202ENSMUST00000160685 1292 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Gm28626-201ENSMUST00000187004 520 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Atp6v1g2-201ENSMUST00000068261 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Acvr1c-204ENSMUST00000112608 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
ShhQ62226 2810408A11Rik-201ENSMUST00000018714 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Apbb1-214ENSMUST00000189378 2878 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
ShhQ62226 0610012G03Rik-201ENSMUST00000202722 1445 ntAPPRIS P1 BASIC15.76■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Dab2-208ENSMUST00000160134 1374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Osgin2-201ENSMUST00000037198 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
ShhQ62226 9930012K11Rik-201ENSMUST00000058240 1986 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Lrrc14-202ENSMUST00000127208 4849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Gm20517-202ENSMUST00000132397 4807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Gm10418-201ENSMUST00000100943 576 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
ShhQ62226 1810010H24Rik-201ENSMUST00000106767 1100 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Gm3764-202ENSMUST00000180582 440 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
ShhQ62226 1700007L15Rik-201ENSMUST00000180923 737 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Umpk-ps-201ENSMUST00000211897 827 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 14.2 ms